LXL04_008691 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008691

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 106373733-106377312 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2974 bp · LXL04_008691|LXL04_008691|OH1004|cDNA

ATGTCTCTCGTCGCCTTCAACATGTGTATAAAGCGTTTCGTCACTTCTCTCATCCATCAATTGGAAAAAATCTCCAAATACGTGAGTAAATTCGCACAAGCAAATCTTCATAGAAACGCACTCATACTCGCTAGTTCGAGTCGTTTGATTCTGATTGGTTTCGTACGCCGTTGAAGGAACATTTTAAGGTAACAATATATCTCTTCTTCCTGGTTTATACGAGTCATTATCCGAAATGAATCCCGACAAATTCACCCACA...

CDS

下载 CDS FASTA

2739 bp · LXL04_008691|LXL04_008691|OH1004|CDS

ATGAATCCCGACAAATTCACCCACAAGACAAACGAGGCGTTGGCTTCAGGCCATGAACTCGCAATGAATGCCGGACACGCCCAATTCACACCGCTACATATTGCAGCAGCTCTAATCTCCGACCCTAACGGCATATTCCGGCAAGCAGTAAGCAATGCCGGCGGTGAAGAAGCAGGCAATTCAGCCGAGAGGGTTTTCAATCAAGCATTGAAGAAACTTCCTTCCCAGTCCCCTGCTCCTGACGAAGTTCCAGCAAGTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

912 aa · LXL04_008691|LXL04_008691|OH1004|PROTEIN

MNPDKFTHKTNEALASGHELAMNAGHAQFTPLHIAAALISDPNGIFRQAVSNAGGEEAGNSAERVFNQALKKLPSQSPAPDEVPASTSLIKTIRRAQSSQKSRGDTHLAVDQLILGLLEDSQISELLKESGVGASRVKSEVEKLRGKEGKKVESASGDTNFQALKTYGRDLVEQAGKLDPVIGRDEEIRRVIRILSRRTKNNPVLIGEPGVGKTAVVEGLAQRILRGDVPSNLADVRVVALDMGALIAGAKYRGEFEERL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008691`
TK1151 ID	TkA03G344420
OH-1004 ID	LXL04_008691
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.606 / OH-1004 83.114 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008691

位置 Chr02:106373733-106377312 (+)

描述 Similar to CLPB1: Chaperone protein ClpB1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g74310`	在耐热性中发挥重要作用的分子伴侣。	Heat shock protein 101 plays a crucial role in thermotolerance in Arabidopsis.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.4.479 Mutants of Arabidopsis thaliana defective in the acquisition of tolerance to high temperature stress.2000 · DOI: 10.1073/pnas.97.8.4392 Hsp101 is necessary for heat tolerance but dispensable for development and germination in the absence of stress.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.01066.x Genetic analysis reveals domain interactions of Arabidopsis Hsp100/ClpB and cooperation with the small heat shock protein chaperone system.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.027540 The Arabidopsis ClpB/Hsp100 family of proteins: chaperones for stress and chloroplast development.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02940.x Interplay between heat shock proteins HSP101 and HSA32 prolongs heat acclimation memory posttranscriptionally in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1104/pp.112.212589 An Arabidopsis heat shock protein complements a thermotolerance defect in yeast.1994 · DOI: 10.1105/tpc.6.12.1899

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0519700`	参与热应激反应的分子伴侣。	Molecular characterization of rice hsp101: complementation of yeast hsp104 mutation by disaggregation of protein granules and differential expression in indica and japonica rice types.2003 · DOI: 10.1023/a:1022324920316

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008691 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009644 response to high light intensity 生物过程

GO:0034605 cellular response to heat 生物过程

GO:0042026 protein refolding 生物过程

GO:0043335 protein unfolding 生物过程

GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G74310

dosa:Os05g0519700

dvu:DVU_1874

gvi:gll3577

syf:Synpcc7942_1089

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.604

排名 1 · LXL04_008691 · OH-1004

细胞核0.341

排名 2 · LXL04_008691 · OH-1004

细胞膜0.118

排名 3 · LXL04_008691 · OH-1004

线粒体0.065

排名 4 · LXL04_008691 · OH-1004

内质网0.059

排名 5 · LXL04_008691 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02861.26Clp_N5-129 aa

PF13191.13AAA_16181-232 aa

PF23569.2NBD_SMAX1185-287 aa

PF13401.13AAA_22198-299 aa

PF00004.36AAA204-317 aa

PF17871.8AAA_lid_9343-444 aa

PF00158.33Sigma54_activat593-717 aa

PF07724.21AAA_2597-761 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008691	`PF02861.26`	Clp_N	5	129	3.1e-28	99.2
LXL04_008691	`PF13191.13`	AAA_16	181	232	1.6e-10	42.5
LXL04_008691	`PF23569.2`	NBD_SMAX1	185	287	1.7e-09	38.5
LXL04_008691	`PF13401.13`	AAA_22	198	299	5e-13	50.2
LXL04_008691	`PF00004.36`	AAA	204	317	5.1e-25	89.2
LXL04_008691	`PF17871.8`	AAA_lid_9	343	444	2.3e-34	118.2
LXL04_008691	`PF00158.33`	Sigma54_activat	593	717	2.1e-09	38.0
LXL04_008691	`PF07724.21`	AAA_2	597	761	1.6e-71	240.4
LXL04_008691	`PF13401.13`	AAA_22	599	696	5e-13	50.2
LXL04_008691	`PF07728.21`	AAA_5	601	722	4e-17	63.2
LXL04_008691	`PF00004.36`	AAA	602	720	5.1e-25	89.2
LXL04_008691	`PF10431.16`	ClpB_D2-small	767	846	5.3e-22	78.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P42730`	拟南芥	Chaperone protein ClpB1	84.684%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6F2Y7`	水稻	Chaperone protein ClpB1	83.151%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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