LXL04_000940 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000940

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 16995590-16998198 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

843 bp · LXL04_000940|LXL04_000940|OH1004|cDNA

ATGGAGAAGAGAACTCCATTTTTTCTTACAAGATTGTTGAGAAGAAGCCCGCAGAATTCTGAATCTAGTGAACAAAGTGGTTGGGAGAACATAGAAGAAGAAAACACCCGGTTTGGTGGTTGGGGATCATCCCCTGTTTCCACTAGTTCTGGAGCAATCGCCAATGGTTGGGCAGATGAACCACctaaacacgagtataatggATGGGGGTCTAGCTACCCAGATGGTAAATCTACAACCCCTGAAACAAGTACCAATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

843 bp · LXL04_000940|LXL04_000940|OH1004|CDS

ATGGAGAAGAGAACTCCATTTTTTCTTACAAGATTGTTGAGAAGAAGCCCGCAGAATTCTGAATCTAGTGAACAAAGTGGTTGGGAGAACATAGAAGAAGAAAACACCCGGTTTGGTGGTTGGGGATCATCCCCTGTTTCCACTAGTTCTGGAGCAATCGCCAATGGTTGGGCAGATGAACCACCTAAACACGAGTATAATGGATGGGGGTCTAGCTACCCAGATGGTAAATCTACAACCCCTGAAACAAGTACCAATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

280 aa · LXL04_000940|LXL04_000940|OH1004|PROTEIN

MEKRTPFFLTRLLRRSPQNSESSEQSGWENIEEENTRFGGWGSSPVSTSSGAIANGWADEPPKHEYNGWGSSYPDGKSTTPETSTNGWLTDDNQLAESEPEFVNGESFPCPPVPSAPPLPDNDLNDHDASNTFNHLGFDFVKKDVVSMDQSKNGDGSCVVCWEAPVDGACVPCGHMHLIIWFAVGGCYKDNAGDEEEKLSTEMQLKSQKNFDATAIRDRSLPGFGVGVAFIDESEIHPIITSTDFNQSTKNLLLVPISNI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000940`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000940

位置 Chr01:16995590-16998198 (+)

描述 Similar to XBOS34: Probable E3 ubiquitin-protein ligase XBOS34

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g35910`	在 tRNA 的摇摆位点（tRNA(Lys)、tRNA(Glu) 和 tRNA(Gln)）的 mcm(5)S(2)U 的 2-硫化中起核心作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0446100`	可能的E3泛素蛋白连接酶XBOS34。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000940 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002143 tRNA wobble position uridine thiolation 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0032447 protein urmylation 生物过程

GO:0034227 tRNA thio-modification 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0000049 tRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0016779 nucleotidyltransferase activity 分子功能

GO:0016783 sulfurtransferase activity 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G35910

dosa:Os07g0446100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.425

排名 1 · LXL04_000940 · OH-1004

细胞质0.379

排名 2 · LXL04_000940 · OH-1004

细胞膜0.174

排名 3 · LXL04_000940 · OH-1004

内质网0.127

排名 4 · LXL04_000940 · OH-1004

高尔基体0.078

排名 5 · LXL04_000940 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O65628`	拟南芥	Cytoplasmic tRNA 2-thiolation protein 2	32.967%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7XI08`	水稻	Probable E3 ubiquitin-protein ligase XBOS34	27.222%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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