TkA06G307720 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G307720

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 77279163-77282754 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1995 bp · TkA06G307720|TK1151|cDNA

CACACACTTTAGTATCCCCTAAACTTAATTCACACCAGACCCGGATCCGCCAATTTTACCCAAATATCGTCTTTACGTAATTTGCAATTACAGTAGGATTTGGATTTCTGAAAGTTGAGAACCTGCTGCGCTATTGCCTTCTTGTTGTTGGTTAAACCAAACTGACAAAAGGGCTCGCGGTTATTACTAAAACCCTAAACCTTCCACTGATAGAGACGACACAGTGCGATGTCTGCCCTAGAAATCGAAGCTCGCGATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1239 bp · TkA06G307720|TK1151|CDS

ATGTCTGCCCTAGAAATCGAAGCTCGCGATGTGATAAAAATAGTTCTTCAATTCTGCAAAGAGAACTCTTTGCATCAAACATTCCAAACATTACAAAGCGAGTGCCAAGTGTCTTTAAACACAGTGGACAGCCTTGAAACATTTGTAGCTGATATCAACAGTGGTAGATGGGATACAATATTACCTCAAGTGGCACAACTTAAGCTTCCTAGAAAGAAACTTGAAGATTTATATGAGCAGATTGTTCTAGAAATGATTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

412 aa · TkA06G307720|TK1151|PROTEIN

MSALEIEARDVIKIVLQFCKENSLHQTFQTLQSECQVSLNTVDSLETFVADINSGRWDTILPQVAQLKLPRKKLEDLYEQIVLEMIELRELDTARAILRQTQAMTVMKQEQPERYLRLEHLLVRTYFDPNEAYQESTKEKRRSQIAQGITEEVSVVPPSRLMALIGQALKWQQHQGLLPPGTQFDLFRGTAAMKQDVDDKYPTTLGHTIKFGKKSHPESARFSPDGQFLVSCSVDGFIEVWDHISGKLKKDLQYQAEESF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G307720`
TK1151 ID	TkA06G307720
OH-1004 ID	LXL04_035553
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.029 / OH-1004 79.532 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G307720

位置 Chr06:77279163-77282754 (-)

描述 Similar to SMU1: Suppressor of mec-8 and unc-52 protein homolog 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g73720`	辅助剪接体蛋白，参与影响发育多个方面的特定前 mRNA 的剪接。	Plant SMU-1 and SMU-2 homologues regulate pre-mRNA splicing and multiple aspects of development.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.141705

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035553 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016607 nuclear speck 细胞组分

GO:0071005 U2-type precatalytic spliceosome 细胞组分

GO:0071011 precatalytic spliceosome 细胞组分

GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G73720

bta:540842

cge:100736555

hsa:55234

mmu:74255

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.529

排名 1 · TkA06G307720 · TK1151

细胞核0.473

排名 2 · TkA06G307720 · TK1151

细胞膜0.060

排名 3 · TkA06G307720 · TK1151

线粒体0.052

排名 4 · TkA06G307720 · TK1151

溶酶体／液泡0.043

排名 5 · TkA06G307720 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17814LisH_TPL7-37 aa

PF25391WD40_Gbeta11-59 aa

PF076977TMR-HDED44-151 aa

PF21359zf_topless159-174 aa

PF25391WD40_Gbeta198-387 aa

PF25047Beta-prop_TEP1_2nd207-247 aa

PF11715Beta-prop_Nup120_160208-248 aa

PF21029RMC1_N209-240 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G307720	`PF17814`	LisH_TPL	7	37	9e-16	57.9
TkA06G307720	`PF25391`	WD40_Gbeta	11	59	1.9e-14	54.1
TkA06G307720	`PF07697`	7TMR-HDED	44	151	0.4	11.4
TkA06G307720	`PF21359`	zf_topless	159	174	0.082	13.2
TkA06G307720	`PF25391`	WD40_Gbeta	198	387	1.9e-14	54.1
TkA06G307720	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	207	247	1.1e-19	71.4
TkA06G307720	`PF11715`	Beta-prop_Nup120_160	208	248	5e-06	26.2
TkA06G307720	`PF21029`	RMC1_N	209	240	0.076	13.8
TkA06G307720	`PF23409`	Beta-prop_EML	210	253	4.9e-17	63.0
TkA06G307720	`PF16529`	Ge1_WD40	210	242	1.8e-07	31.2
TkA06G307720	`PF23383`	Beta-prop_IFT140_1st	210	295	7.4e-07	28.9
TkA06G307720	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	212	256	1.2e-07	32.2
TkA06G307720	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	213	300	1.8e-19	70.9
TkA06G307720	`PF24814`	WD40_Prp19	214	322	6.3e-27	95.1
TkA06G307720	`PF23769`	Beta-prop_WDR75_2nd	214	252	0.00082	19.0
TkA06G307720	`PF23749`	DUF7165	216	329	0.0011	18.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W117`	拟南芥	sp\|Q8W117\|SMU1_ARATH Suppressor of mec-8 and unc-52 protein homolog 1	85.000%	Swiss-Prot	高置信

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