LXL04_035553 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035553

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 24479478-24482308 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1542 bp · LXL04_035553|LXL04_035553|OH1004|cDNA

ATGTCTGCCCTAGAAATCGAAGCTCGCGATGTGATAAAAATAGTTCTTCAATTCTGCAAAGAGAACTCTTTGCATCAAACATTCCAAACATTACAAAGCGAGTGCCAAGTGCCTTTAAACACAGTGGACAGCCTTGAAACATTTGTAGCTGATATCAACAGTGGTAGATGGGATACAATATTACCTCAAGTGGCACAACTTAAGCTTCCTAGAAAGAAACTTGAAGATTTATATGAGCAGATTGTTCTAGAAATGATTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1542 bp · LXL04_035553|LXL04_035553|OH1004|CDS

ATGTCTGCCCTAGAAATCGAAGCTCGCGATGTGATAAAAATAGTTCTTCAATTCTGCAAAGAGAACTCTTTGCATCAAACATTCCAAACATTACAAAGCGAGTGCCAAGTGCCTTTAAACACAGTGGACAGCCTTGAAACATTTGTAGCTGATATCAACAGTGGTAGATGGGATACAATATTACCTCAAGTGGCACAACTTAAGCTTCCTAGAAAGAAACTTGAAGATTTATATGAGCAGATTGTTCTAGAAATGATTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

513 aa · LXL04_035553|LXL04_035553|OH1004|PROTEIN

MSALEIEARDVIKIVLQFCKENSLHQTFQTLQSECQVPLNTVDSLETFVADINSGRWDTILPQVAQLKLPRKKLEDLYEQIVLEMIELRELDTARAILRQTQAMTVMKQEQPERYLRLEHLLVRTYFDPNEAYQESTKEKRRSQIAQGITEEVSVVPPSRLMALIGQALKWQQHQGLLPPGTQFDLFRGTAAMKQDVDDKYPTTLGHTIKFGKKSHPESARFSPDGQFLVSCSVDGFIEVWDHISGKLKKDLQYQAEESF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035553`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035553

位置 Chr08:24479478-24482308 (-)

描述 Similar to SMU1: Suppressor of mec-8 and unc-52 protein homolog 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g73720`	辅助剪接体蛋白，参与影响发育多个方面的特定前 mRNA 的剪接。	Plant SMU-1 and SMU-2 homologues regulate pre-mRNA splicing and multiple aspects of development.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.141705

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035553 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016607 nuclear speck 细胞组分

GO:0071005 U2-type precatalytic spliceosome 细胞组分

GO:0071011 precatalytic spliceosome 细胞组分

GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G73720

bta:540842

cge:100736555

hsa:55234

mmu:74255

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.510

排名 1 · LXL04_035553 · OH-1004

细胞质0.491

排名 2 · LXL04_035553 · OH-1004

细胞膜0.063

排名 3 · LXL04_035553 · OH-1004

线粒体0.048

排名 4 · LXL04_035553 · OH-1004

溶酶体／液泡0.039

排名 5 · LXL04_035553 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17814.8LisH_TPL7-37 aa

PF23383.2Beta-prop_IFT140_1st209-295 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_2213-300 aa

PF24814.2WD40_Prp19214-322 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5217-512 aa

PF00400.39WD40218-242 aa

PF24796.2WDR55218-301 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3219-303 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035553	`PF17814.8`	LisH_TPL	7	37	1.3e-15	57.4
LXL04_035553	`PF23383.2`	Beta-prop_IFT140_1st	209	295	5.2e-07	29.4
LXL04_035553	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	213	300	2.8e-26	93.2
LXL04_035553	`PF24814.2`	WD40_Prp19	214	322	2.4e-36	125.9
LXL04_035553	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	217	512	4.3e-57	194.3
LXL04_035553	`PF00400.39`	WD40	218	242	6.3e-46	153.6
LXL04_035553	`PF24796.2`	WDR55	218	301	5.4e-26	92.0
LXL04_035553	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	219	303	9.3e-44	150.2
LXL04_035553	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	219	328	4e-18	66.2
LXL04_035553	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	220	332	7.2e-44	150.9
LXL04_035553	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	220	336	7e-17	62.1
LXL04_035553	`PF24805.2`	EIF3I	221	303	1e-25	91.3
LXL04_035553	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	221	376	2.4e-25	90.1
LXL04_035553	`PF23342.2`	WDR90_beta-prop_4th	221	348	1.5e-11	44.7
LXL04_035553	`PF23098.2`	Beta-prop_NOL10_N	221	367	2.5e-09	37.5
LXL04_035553	`PF23389.2`	Beta-prop_WDR19_1st	224	381	5.4e-07	29.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W117`	拟南芥	Suppressor of mec-8 and unc-52 protein homolog 1	84.149%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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