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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G389450
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 96798956-96801159 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1866 bp · TkA05G389450|TK1151|cDNA

GAATTGGCATTGTTTATCGGCTGGGCTTGGCTCAGTTGCTTTAGCCGGCTTCGTACTTGGCTTCCGTTCCTAATTTTGGCTTTCCGTTCTGTAAACTCAGGGAACTATCTTTAAACATGCTACCGCTCTCGTCCTTTCCGTCTATCTCGCCTGTACTTTCACCATTTCCAATCGAAAAAGATTCTACGAGCAAAAGTCACTTTCAACATCAAGGTAACAAGTAACGACCCCTTTCCCTCCTTTTCTCACTCTGTCTCTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1533 bp · TkA05G389450|TK1151|CDS

ATGCAAACCGTTTGTTTCAACTCAAATGTAACACTTGGTTCTAGACATATCTTATCTTTACCATTCAATCACACCTCCTACATGTTCGATGAAATGTCTGAAAGAAGCCCAATAATATCTTCATCGCGAAAGTGTTGTTGTCCTTGTTGTTGCTGCTATTCTGCTGCCAATATATCAATGTGTAATAGATTGATTGCAATAAGCCCTAGCTTTCGTCAATCGACTTTGTATCAATGGTCGCTTACTAAAACACTACTCTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

510 aa · TkA05G389450|TK1151|PROTEIN

MQTVCFNSNVTLGSRHILSLPFNHTSYMFDEMSERSPIISSSRKCCCPCCCCYSAANISMCNRLIAISPSFRQSTLYQWSLTKTLLFHGTSSRGFYTVSSFTDRNYHHEKLSSFNEKRKQRAFGHKRKKQFLCNASDDYVNDVEVMLSLLTDEVNLDPKKIDKKQIICNNKEKKNICSGIVNKDPKCNNEQGKISEKKDIEKGYRNKSEKKLIEEVSSLNCEEISTEVSNTIKEMNKEKHQKTNHLNFTTTVSNEKSQVH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G389450
TK1151 IDTkA05G389450
OH-1004 IDLXL04_021419
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G389450
位置Chr05:96798956-96801159 (-)
描述Similar to TADA: tRNA(adenine(34)) deaminase, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g68720 在 tRNA-Arg(ACG) 中将腺苷脱氨为次黄嘌呤。
Identification of the chloroplast adenosine-to-inosine tRNA editing enzyme.2009 · DOI: 10.1261/rna.1600609
Arabidopsis tRNA adenosine deaminase arginine edits the wobble nucleotide of chloroplast tRNAArg(ACG) and is essential for efficient chloroplast translation.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.066654

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021419 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002100 tRNA wobble adenosine to inosine editing 生物过程
GO:0010311 lateral root formation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0008251 tRNA-specific adenosine deaminase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0046872 metal ion binding 分子功能
GO:0052717 tRNA-specific adenosine-34 deaminase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G68720
bsu:BSU00180
spa:M6_Spy0214
spg:SpyM3_0153
sps:SPs0158
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.784
排名 1 · TkA05G389450 · TK1151
线粒体0.165
排名 2 · TkA05G389450 · TK1151
细胞核0.071
排名 3 · TkA05G389450 · TK1151
细胞质0.055
排名 4 · TkA05G389450 · TK1151
细胞膜0.024
排名 5 · TkA05G389450 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28483TAXIMIN16-55 aa
PF14439Bd3614-deam39-52 aa
PF00383dCMP_cyt_deam_145-65 aa
PF09930DUF216247-69 aa
PF18782APOBEC3119-136 aa
PF18772APOBEC2119-154 aa
PF18772APOBEC2204-304 aa
PF18782APOBEC3215-244 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G389450PF28483TAXIMIN16550.008817.1
TkA05G389450PF14439Bd3614-deam39524e-0627.5
TkA05G389450PF00383dCMP_cyt_deam_145657.8e-30103.5
TkA05G389450PF09930DUF216247690.1812.0
TkA05G389450PF18782APOBEC31191360.005617.5
TkA05G389450PF18772APOBEC21191540.008516.6
TkA05G389450PF18772APOBEC22043040.008516.6
TkA05G389450PF18782APOBEC32152440.005617.5
TkA05G389450PF00383dCMP_cyt_deam_13024007.8e-30103.5
TkA05G389450PF14437MafB19-deam3034033.9e-2795.5
TkA05G389450PF14439Bd3614-deam3263924e-0627.5
TkA05G389450PF18782APOBEC33453900.005617.5
TkA05G389450PF18772APOBEC23473890.008516.6
TkA05G389450PF09930DUF21623663900.1812.0
TkA05G389450PF28483TAXIMIN3773940.008817.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9S7I0拟南芥sp|Q9S7I0|TADA_ARATH tRNA(adenine(34)) deaminase, chloroplastic70.800%Swiss-Prot低置信

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