TkA02G535530 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G535530

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 138097073-138098479 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

897 bp · TkA02G535530|TK1151|cDNA

AAAACGGCCACCTAGAAGGCTAGAACTCCCTCAAAATTGTTTTGATACCAAAAACGAACTCTTTTATATAGTTCAGGGACAGAACTTTTCACAATTATCGTTGTTACGGTACATATCAACTTTGTGAAGGTGGAATCTGATGCTATTGGTAGCCAACACGACTGCTGATTCAGACTCCAAAGTTAAACGTAAATTAGAATCTCTCGTTTTTCCCTATTTTAATCGATTGCATTCCCTCACATTTCTACAATTGGAATTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

474 bp · TkA02G535530|TK1151|CDS

ATGTCTCAGACCGTCGTTCTCAAGGTTGCCATGTCATGTGGAGGCTGTGCTGGTGCCGTGAAGAGGGTTCTCACCAATATGGAAGGGGTGGAAACTTTTGACATTGACCTCGAGCAAAAAAAGGTAACAGTGAAAGGAAACGTAGACCCAGATGTGATTTTTCAGACCGTTTCCAAGACCGGGAAGAAGACGGAGTTTTGGCCGACGGAAGCGCCGTCATGTTGTGGAGGGAAGAAGTCGGAGGAGCCTGTTGCCGCGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

157 aa · TkA02G535530|TK1151|PROTEIN

MSQTVVLKVAMSCGGCAGAVKRVLTNMEGVETFDIDLEQKKVTVKGNVDPDVIFQTVSKTGKKTEFWPTEAPSCCGGKKSEEPVAATSSEGGETVEPVTAPSSVAGKPVDPVVAPPSEAAKPVDPVIAPSPETEKVVKPLAAAPSCEAEKPVETVVA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G535530`
TK1151 ID	TkA02G535530
OH-1004 ID	LXL04_012848
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.631 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G535530

位置 Chr02:138097073-138098479 (-)

描述 Similar to CCH: Copper transport protein CCH

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g56240`	参与铜的稳态调节。	暂无已核实直接文献
`At1g66240`	通过在营养生长期赋予对铜过量和亚临床铜缺乏的耐受性，在铜稳态中起重要作用。	暂无已核实直接文献
`At5g27690`	重金属结合蛋白。	暂无已核实直接文献
`At5g02600`	需要在种子萌发后维持根分生组织。	Arabidopsis NPCC6/NaKR1 is a phloem mobile metal binding protein necessary for phloem function and root meristem maintenance.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.080010 NaKR1 regulates long-distance movement of FLOWERING LOCUS T in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1038/nplants.2016.75

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012848 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006825 copper ion transport 生物过程

GO:0006878 intracellular copper ion homeostasis 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0099503 secretory vesicle 细胞组分

GO:0016531 copper chaperone activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G66240

ath:AT3G56240

ath:AT3G56891

ath:AT5G27690

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.694

排名 1 · TkA02G535530 · TK1151

细胞核0.246

排名 2 · TkA02G535530 · TK1151

细胞膜0.203

排名 3 · TkA02G535530 · TK1151

线粒体0.084

排名 4 · TkA02G535530 · TK1151

内质网0.055

排名 5 · TkA02G535530 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00403HMA7-63 aa

PF20682Hanta_Gc_C8-70 aa

PF12673SipL20-66 aa

PF15096G6B52-99 aa

PF15096G6B102-130 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G535530	`PF00403`	HMA	7	63	7.4e-15	55.8
TkA02G535530	`PF20682`	Hanta_Gc_C	8	70	0.022	15.2
TkA02G535530	`PF12673`	SipL	20	66	0.16	12.9
TkA02G535530	`PF15096`	G6B	52	99	0.25	12.1
TkA02G535530	`PF15096`	G6B	102	130	0.25	12.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82089`	拟南芥	sp\|O82089\|CCH_ARATH Copper transport protein CCH	73.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q94BT9`	拟南芥	sp\|Q94BT9\|ATOX1_ARATH Copper transport protein ATX1	71.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q84J88`	拟南芥	sp\|Q84J88\|HIP36_ARATH Heavy metal-associated isoprenylated plant protein 36	43.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q8LDS4`	拟南芥	sp\|Q8LDS4\|NAKR1_ARATH Protein SODIUM POTASSIUM ROOT DEFECTIVE 1	47.000%	Swiss-Prot	低置信

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