LXL04_021904 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021904

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 139945167-139955114 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4278 bp · LXL04_021904|LXL04_021904|OH1004|cDNA

atggcttcttcttcatcttcgtACAAACAGTTTGAGCACTTACCAATCCCAATTGCAGATATAGCATGCGCCACAGACAATTTTTCTGATGCAAACCTCATCAGAGAAGGTAGATTTGGAAAGCACTACAAAGGAAAACTCAACCACTTGGGGAAATTAATTGACATTGTTGCACGAAGGTTGGATCCTAAGAACGAGTATGGATATCTAGAGTTCTGGATGGAGGTTACGATGCTTTCCACACTCAAGCATGACAACCT...

CDS

下载 CDS FASTA

4278 bp · LXL04_021904|LXL04_021904|OH1004|CDS

ATGGCTTCTTCTTCATCTTCGTACAAACAGTTTGAGCACTTACCAATCCCAATTGCAGATATAGCATGCGCCACAGACAATTTTTCTGATGCAAACCTCATCAGAGAAGGTAGATTTGGAAAGCACTACAAAGGAAAACTCAACCACTTGGGGAAATTAATTGACATTGTTGCACGAAGGTTGGATCCTAAGAACGAGTATGGATATCTAGAGTTCTGGATGGAGGTTACGATGCTTTCCACACTCAAGCATGACAACCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1425 aa · LXL04_021904|LXL04_021904|OH1004|PROTEIN

MASSSSSYKQFEHLPIPIADIACATDNFSDANLIREGRFGKHYKGKLNHLGKLIDIVARRLDPKNEYGYLEFWMEVTMLSTLKHDNLVSMIGFCDDNDVNIVVNKHEAKGSLDQYLSDPITLTWTRRLEVCVGMANTLRYIHYDPKRNFSVVHRDIKSSKILLDDKWKPKLSGFELAMKIAASQRGEVHSDYACGTRGYIDPIYMETGRVSHKSDVYSFGVVLFEIMCGTTALITSDLVKKVLEKLDHGSLEVEAKLDDE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021904`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021904

位置 Chr04:139945167-139955114 (-)

描述 Similar to At5g39000: Putative receptor-like protein kinase At5g39000

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g39000`	推测的受体样蛋白激酶At5g39000。	暂无已核实直接文献
`At5g38990`	可能的受体样蛋白激酶At5g38990。	暂无已核实直接文献
`At3g46290`	营养生长过程中细胞伸长所需的受体样蛋白激酶，主要以油菜素甾醇独立的方式进行。	Three related receptor-like kinases are required for optimal cell elongation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0812346106
`At5g59700`	可能的受体样蛋白激酶 At5g59700。	暂无已核实直接文献
`At5g28680`	类受体蛋白激酶，通过在适当时间引导花粉管破裂来释放精细胞，从而控制花粉管行为。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021904 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010038 response to metal ion 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0004714 transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G38990

ath:AT5G39000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.473

排名 1 · LXL04_021904 · OH-1004

细胞膜0.341

排名 2 · LXL04_021904 · OH-1004

细胞核0.285

排名 3 · LXL04_021904 · OH-1004

内质网0.062

排名 4 · LXL04_021904 · OH-1004

溶酶体／液泡0.049

排名 5 · LXL04_021904 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase33-340 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr34-246 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr393-666 aa

PF00069.32Pkinase432-642 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr698-967 aa

PF00069.32Pkinase698-968 aa

PF14299.14PP21056-1180 aa

PF14299.14PP21268-1424 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021904	`PF00069.32`	Pkinase	33	340	7.2e-103	344.3
LXL04_021904	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	34	246	2.2e-108	362.2
LXL04_021904	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	393	666	2.2e-108	362.2
LXL04_021904	`PF00069.32`	Pkinase	432	642	7.2e-103	344.3
LXL04_021904	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	698	967	2.2e-108	362.2
LXL04_021904	`PF00069.32`	Pkinase	698	968	7.2e-103	344.3
LXL04_021904	`PF14299.14`	PP2	1056	1180	5e-38	131.1
LXL04_021904	`PF14299.14`	PP2	1268	1424	5e-38	131.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FID8`	拟南芥	Putative receptor-like protein kinase At5g39000	38.436%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FID9`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At5g38990	36.808%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LX66`	拟南芥	Receptor-like protein kinase HERK 1	36.928%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FN92`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At5g59700	37.294%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q3E8W4`	拟南芥	Receptor-like protein kinase ANXUR2	36.306%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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