LXL04_019547 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019547

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 33623607-33625353 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1669 bp · LXL04_019547|LXL04_019547|OH1004|cDNA

ATTTCAGGCTGATTGACAGATGATTATAGGGAGGAGCATGGGGAGTGGTGGTGGTGATCAGCATGTTGTTATTGATTATCTGAAGCAAATGCAAGCAGAGAATCCCAGTTTCTTCTACGCAATTCAATGCGACGGTGAGCAATCAAATCCAAATATCTTTTGGGCGGATTCATCTTTCCGGATGAATTACAGTTACTTCGGCGATACTGTCAGATTAAACACCTCATACATAACCCATCACTTTAGGGTTCCGTTAATCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1650 bp · LXL04_019547|LXL04_019547|OH1004|CDS

ATGATTATAGGGAGGAGCATGGGGAGTGGTGGTGGTGATCAGCATGTTGTTATTGATTATCTGAAGCAAATGCAAGCAGAGAATCCCAGTTTCTTCTACGCAATTCAATGCGACGGTGAGCAATCAAATCCAAATATCTTTTGGGCGGATTCATCTTTCCGGATGAATTACAGTTACTTCGGCGATACTGTCAGATTAAACACCTCATACATAACCCATCACTTTAGGGTTCCGTTAATCTCCATAACCGGACTCAATCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

549 aa · LXL04_019547|LXL04_019547|OH1004|PROTEIN

MIIGRSMGSGGGDQHVVIDYLKQMQAENPSFFYAIQCDGEQSNPNIFWADSSFRMNYSYFGDTVRLNTSYITHHFRVPLISITGLNHHGQPVLFGCGLLHYESDSAYIWLLQNWLHAMSENHPVSITTEPNHHIQMAVSQVLPQTRHRFCKWSILRETQQKLSHIYQTRPSFDNDFANCIHESVSLDKFESSWQSLLNKYSLINNEWLQSIYNVRHQWVPVYLQDTFFGELYPKIPEQTLNLFFDGHMDPTTSTQSLFKQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019547`
TK1151 ID	TkAUNG072650
OH-1004 ID	LXL04_019547
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 87.266 / OH-1004 42.259 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019547

位置 Chr04:33623607-33625353 (+)

描述 Similar to FRS9: Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g38170`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	Arabidopsis FHY3/FAR1 gene family and distinct roles of its members in light control of Arabidopsis development.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.052191
`At4g38180`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	暂无已核实直接文献
`At2g27110`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	暂无已核实直接文献
`At4g15090`	转录激活剂，可识别并结合 DNA 共有序列 5'-CACGCGC-3'。	暂无已核实直接文献
`At3g06250`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019547 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009639 response to red or far red light 生物过程

GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0010018 far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0010218 response to far red light 生物过程

GO:0042753 positive regulation of circadian rhythm 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:1900056 negative regulation of leaf senescence 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G27110

ath:AT3G06250

ath:AT4G15090

ath:AT4G38170

ath:AT4G38180

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.925

排名 1 · LXL04_019547 · OH-1004

细胞质0.115

排名 2 · LXL04_019547 · OH-1004

细胞膜0.023

排名 3 · LXL04_019547 · OH-1004

质体0.016

排名 4 · LXL04_019547 · OH-1004

内质网0.013

排名 5 · LXL04_019547 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10551.16MULE65-155 aa

PF04434.23SWIM358-385 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019547	`PF10551.16`	MULE	65	155	5.2e-19	69.2
LXL04_019547	`PF04434.23`	SWIM	358	385	2e-08	34.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZL7`	拟南芥	Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 9	54.159%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SZL8`	拟南芥	Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5	47.794%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZVC9`	拟南芥	Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 3	50.330%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SWG3`	拟南芥	Protein FAR-RED IMPAIRED RESPONSE 1	34.227%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M8J3`	拟南芥	Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 7	38.085%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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