LXL04_015347 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015347

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 69137009-69143259 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4755 bp · LXL04_015347|LXL04_015347|OH1004|cDNA

ATGGAAGTTCAAATGTGCTTCGACTGTCTTCAACGTCAACTTCGAACCGATTTCTCCGACAAACTACTTTTCAATTATGCCCTCGCCGCTTCCGCCCTTCCGTTCGCCTCCGACGCTGTTGTTCAGGTTCTAAAATCTGATGGGGAAGTTTCACCTCACTTCATATTGATGTATTTGCCGATTAATGAAGATGATTGCTTCACCAATTACATTAATGAGCATTGTCCAGAAACGCCAACTGTCAATGATCATAAAACAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

4755 bp · LXL04_015347|LXL04_015347|OH1004|CDS

ATGGAAGTTCAAATGTGCTTCGACTGTCTTCAACGTCAACTTCGAACCGATTTCTCCGACAAACTACTTTTCAATTATGCCCTCGCCGCTTCCGCCCTTCCGTTCGCCTCCGACGCTGTTGTTCAGGTTCTAAAATCTGATGGGGAAGTTTCACCTCACTTCATATTGATGTATTTGCCGATTAATGAAGATGATTGCTTCACCAATTACATTAATGAGCATTGTCCAGAAACGCCAACTGTCAATGATCATAAAACAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1584 aa · LXL04_015347|LXL04_015347|OH1004|PROTEIN

MEVQMCFDCLQRQLRTDFSDKLLFNYALAASALPFASDAVVQVLKSDGEVSPHFILMYLPINEDDCFTNYINEHCPETPTVNDHKTTDNTPSSALPQDNQEVTTGNLHDKPSTPLQTKPKEPQFLPNGGVKTSLPGLKCNNSTCYFSKSFSCLRTLTSLVPISQIGPTSYSDLEELALSFSSGTTEDHLLHSLTLLIQGKPTGKDTINFLDLIGIPSFTKTTFPGCIRHPNIVPILSIMKSSNSTHINLIFPKTPYTLEN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015347`
TK1151 ID	TkA02G345330
OH-1004 ID	LXL04_015347
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	98.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 77.083 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015347

位置 Chr03:69137009-69143259 (-)

描述 Similar to GFS12: Protein GFS12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g18525`	可能主要抑制 BCHC1，BCHC1 本身是蛋白质储存液泡运输调节和植物效应触发免疫的负面因素。	BEACH-domain proteins act together in a cascade to mediate vacuolar protein trafficking and disease resistance in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1016/j.molp.2014.11.015

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015347 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程

GO:0035973 aggrephagy 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045022 early endosome to late endosome transport 生物过程

GO:2000643 positive regulation of early endosome to late endosome transport 生物过程

GO:0000421 autophagosome membrane 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005765 lysosomal membrane 细胞组分

GO:0005769 early endosome 细胞组分

GO:0005770 late endosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G18525

ddi:DDB_G0268088

dre:100333062

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.539

排名 1 · LXL04_015347 · OH-1004

细胞核0.280

排名 2 · LXL04_015347 · OH-1004

高尔基体0.138

排名 3 · LXL04_015347 · OH-1004

细胞膜0.096

排名 4 · LXL04_015347 · OH-1004

溶酶体／液泡0.088

排名 5 · LXL04_015347 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase227-308 aa

PF02138.24Beach358-567 aa

PF00069.32Pkinase697-771 aa

PF24814.2WD40_Prp191259-1494 aa

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st1294-1512 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz1363-1510 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st1383-1494 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC31384-1495 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015347	`PF00069.32`	Pkinase	227	308	6.2e-15	56.0
LXL04_015347	`PF02138.24`	Beach	358	567	3.7e-40	138.8
LXL04_015347	`PF00069.32`	Pkinase	697	771	6.2e-15	56.0
LXL04_015347	`PF24814.2`	WD40_Prp19	1259	1494	6.9e-17	62.1
LXL04_015347	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	1294	1512	4.6e-12	46.7
LXL04_015347	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	1363	1510	2.5e-12	47.4
LXL04_015347	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	1383	1494	5.6e-09	36.3
LXL04_015347	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	1384	1495	8.4e-10	38.8
LXL04_015347	`PF24796.2`	WDR55	1384	1494	1.3e-08	34.9
LXL04_015347	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	1394	1523	2.6e-14	54.1
LXL04_015347	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	1397	1517	9.6e-07	28.8
LXL04_015347	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	1399	1493	2.6e-06	27.7
LXL04_015347	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	1403	1492	1.3e-08	35.2
LXL04_015347	`PF24814.2`	WD40_Prp19	1422	1542	6.9e-17	62.1
LXL04_015347	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	1422	1525	4.3e-09	36.6
LXL04_015347	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	1430	1534	4.7e-11	43.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JY12`	拟南芥	Protein GFS12	51.619%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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