TkA02G345330 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G345330

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 87698020-87704670 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA 无可用 cDNA 序列

cDNA

该参考版本没有可用的cDNA序列。

CDS

下载 CDS FASTA

3666 bp · TkA02G345330|TK1151|CDS

ATGAGCAACTTTGAGTATCTGTTATTGTTGAATAAAACAGCTGGAAGGAGATGGGGGGACCACACATTCCACACTGTCATGCCATGGGTTATTGACTTCAGTGTTAAACCAGATGAAAGTAATGAAACCGGTTGGAGGAATTTAACAAAAAGTAAATGGCGGTTAGCAAAAGGTGATGAACAGTTGGACTTCACATACCTAACATCTGAAATCCCTCACCATGTTTCAGATGAATGTCTTTCAGAACTTGCTGTCTGTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1221 aa · TkA02G345330|TK1151|PROTEIN

MSNFEYLLLLNKTAGRRWGDHTFHTVMPWVIDFSVKPDESNETGWRNLTKSKWRLAKGDEQLDFTYLTSEIPHHVSDECLSELAVCSYKARRLPLSVLRTAVRSVYEPNEYPSTMHRLYQWTPDESIPEFYTNPEIFRSVHSGMSDLAVPSWASGPEEFVKLHREALESDRVSSQIHHWIDIIFGYKMSGEAAIDAKNVMLQPSQPANARSAGRRQLFSIPHPARCHWSKNAVNSKKLLLLHDTSNLQALEEAATFIEHA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G345330`
TK1151 ID	TkA02G345330
OH-1004 ID	LXL04_015347
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	98.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 77.083 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G345330

位置 Chr02:87698020-87704670 (+)

描述 Similar to GFS12: Protein GFS12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g18525`	可能主要抑制 BCHC1，BCHC1 本身是蛋白质储存液泡运输调节和植物效应触发免疫的负面因素。	BEACH-domain proteins act together in a cascade to mediate vacuolar protein trafficking and disease resistance in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1016/j.molp.2014.11.015

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015347 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程

GO:0035973 aggrephagy 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045022 early endosome to late endosome transport 生物过程

GO:2000643 positive regulation of early endosome to late endosome transport 生物过程

GO:0000421 autophagosome membrane 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005765 lysosomal membrane 细胞组分

GO:0005769 early endosome 细胞组分

GO:0005770 late endosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G18525

ddi:DDB_G0268088

dre:100333062

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.427

排名 1 · TkA02G345330 · TK1151

细胞核0.320

排名 2 · TkA02G345330 · TK1151

高尔基体0.160

排名 3 · TkA02G345330 · TK1151

细胞膜0.111

排名 4 · TkA02G345330 · TK1151

内质网0.099

排名 5 · TkA02G345330 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02138Beach1-204 aa

PF24805EIF3I14-60 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr332-404 aa

PF00069Pkinase334-408 aa

PF23410Beta-prop_VPS8707-750 aa

PF12656G-patch_2800-844 aa

PF25172Beta-prop_WDR3_2nd881-912 aa

PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st884-947 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G345330	`PF02138`	Beach	1	204	1e-37	130.8
TkA02G345330	`PF24805`	EIF3I	14	60	1.9e-06	28.0
TkA02G345330	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	332	404	0.054	13.5
TkA02G345330	`PF00069`	Pkinase	334	408	0.00021	21.5
TkA02G345330	`PF23410`	Beta-prop_VPS8	707	750	1.8	8.2
TkA02G345330	`PF12656`	G-patch_2	800	844	0.3	11.9
TkA02G345330	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	881	912	3.8e-09	36.9
TkA02G345330	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	884	947	2.4e-12	47.6
TkA02G345330	`PF00400`	WD40	884	923	8.8e-09	36.2
TkA02G345330	`PF25391`	WD40_Gbeta	887	964	1.8e-07	31.2
TkA02G345330	`PF25178`	Beta-prop_WDR41	887	976	0.0024	17.4
TkA02G345330	`PF24796`	WDR55	889	979	5.2e-09	36.3
TkA02G345330	`PF24814`	WD40_Prp19	896	1131	3.3e-17	63.2
TkA02G345330	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	917	972	1.6e-09	38.0
TkA02G345330	`PF23098`	Beta-prop_NOL10_N	917	976	1.7e-05	24.9
TkA02G345330	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	918	975	1.7e-14	54.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JY12`	拟南芥	sp\|F4JY12\|GFS12_ARATH Protein GFS12	55.600%	Swiss-Prot	高置信

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