LXL04_011322 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011322

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 162473016-162475367 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1818 bp · LXL04_011322|LXL04_011322|OH1004|cDNA

ATGCAATTGAACCTAATCGCTGGCACCGATTTCACCAGCACACTCAACTTCCGCCTCTCATCCTCGCTGGCACCGTTGGAGATGACAATGGAGGAAGCGAAGCTTGGAACTGGAAAAGGGAGAAACAGATTCGATTTTGATTACTCCTCCAAGCAATCGATTTATACTATTATTTCCATTGAAATCTCAGTAATCGAACCAACAAAAATGGCGTTCTCGCAAATTCTCAAGCGTTCAACAAGAACACCCGAGACTTTCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1818 bp · LXL04_011322|LXL04_011322|OH1004|CDS

ATGCAATTGAACCTAATCGCTGGCACCGATTTCACCAGCACACTCAACTTCCGCCTCTCATCCTCGCTGGCACCGTTGGAGATGACAATGGAGGAAGCGAAGCTTGGAACTGGAAAAGGGAGAAACAGATTCGATTTTGATTACTCCTCCAAGCAATCGATTTATACTATTATTTCCATTGAAATCTCAGTAATCGAACCAACAAAAATGGCGTTCTCGCAAATTCTCAAGCGTTCAACAAGAACACCCGAGACTTTCCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

605 aa · LXL04_011322|LXL04_011322|OH1004|PROTEIN

MQLNLIAGTDFTSTLNFRLSSSLAPLEMTMEEAKLGTGKGRNRFDFDYSSKQSIYTIISIEISVIEPTKMAFSQILKRSTRTPETFRSSVHSSSSSPPITARISASEIIKEPQTFSNQTKLPTHNFPPLLHIHPRSFCNKIIDNADAYSPQVITDAEKLCKMISTHRDTSQLDSLLNSTEIELSPALVVEVLKKLSNAGVFALFFFRWTEKQNGFKHTSDSYDALIEALGKIKQFKVIWTLVNDMKIKGILGKSTFALIS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011322`
TK1151 ID	TkA03G582010
OH-1004 ID	LXL04_011322
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 88.595 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011322

位置 Chr02:162473016-162475367 (-)

描述 Similar to At1g71060: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71060, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g71060`	含五螺旋肽重复的蛋白 At1g71060，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g77360`	含五肽重复的蛋白 At1g77360，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At3g49730`	含五重复肽的蛋白质 At3g49730。	暂无已核实直接文献
`At3g62470`	含五肽重复的蛋白 At3g62470，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g52640`	含五三肽重复序列蛋白At1g52640，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011322 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G71060

ath:AT1G77360

ath:AT3G49730

ath:AT3G62470

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.771

排名 1 · LXL04_011322 · OH-1004

质体0.156

排名 2 · LXL04_011322 · OH-1004

细胞核0.067

排名 3 · LXL04_011322 · OH-1004

细胞质0.036

排名 4 · LXL04_011322 · OH-1004

细胞膜0.012

排名 5 · LXL04_011322 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177.11PPR_long242-331 aa

PF23276.3TPR_24264-383 aa

PF12854.14PPR_1283-315 aa

PF13812.13PPR_3283-334 aa

PF13041.13PPR_2291-332 aa

PF29070.1MSC6_N291-379 aa

PF13041.13PPR_2344-369 aa

PF13812.13PPR_3345-404 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011322	`PF17177.11`	PPR_long	242	331	6.6e-28	98.2
LXL04_011322	`PF23276.3`	TPR_24	264	383	1.4e-24	87.2
LXL04_011322	`PF12854.14`	PPR_1	283	315	3.7e-53	177.6
LXL04_011322	`PF13812.13`	PPR_3	283	334	4e-39	133.2
LXL04_011322	`PF13041.13`	PPR_2	291	332	4e-66	219.7
LXL04_011322	`PF29070.1`	MSC6_N	291	379	7.3e-20	72.1
LXL04_011322	`PF13041.13`	PPR_2	344	369	4e-66	219.7
LXL04_011322	`PF13812.13`	PPR_3	345	404	4e-39	133.2
LXL04_011322	`PF12854.14`	PPR_1	354	385	3.7e-53	177.6
LXL04_011322	`PF13041.13`	PPR_2	356	403	4e-66	219.7
LXL04_011322	`PF01535.27`	PPR	359	389	2.6e-48	159.6
LXL04_011322	`PF17177.11`	PPR_long	365	490	6.6e-28	98.2
LXL04_011322	`PF29070.1`	MSC6_N	376	524	7.3e-20	72.1
LXL04_011322	`PF12854.14`	PPR_1	423	455	3.7e-53	177.6
LXL04_011322	`PF13041.13`	PPR_2	429	475	4e-66	219.7
LXL04_011322	`PF01535.27`	PPR	430	459	2.6e-48	159.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C9A2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71060, mitochondrial	64.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FVX2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g77360, mitochondrial	38.841%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P0C8A0`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49730	30.159%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LZP3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g62470, mitochondrial	27.602%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SSR6`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g52640, mitochondrial	29.605%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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