LXL04_010985 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010985

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 156148093-156150750 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1239 bp · LXL04_010985|LXL04_010985|OH1004|cDNA

ATGGAAGGCATGTCTAGGTCACCACCGGCTGGAAGTTACAGTAATGGCCACCACCACAAGCTGCTCGGCGGCGCCACGTCACAAAGGGATCATTTCGGCTCCCGCAGGTCCCGTCAGAGCGGCGGCAGGGAACCTAACCGCATGACTAGGGTTTCCGGTGGGCAGCAGGAGACGGAGGCGCCTCCTTGTACGGATTTTGATAAGGCTTATTTTCAGTCTTACTCCCACGTCGGTATTCACGAAGAAATGATCAAGGATCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1239 bp · LXL04_010985|LXL04_010985|OH1004|CDS

ATGGAAGGCATGTCTAGGTCACCACCGGCTGGAAGTTACAGTAATGGCCACCACCACAAGCTGCTCGGCGGCGCCACGTCACAAAGGGATCATTTCGGCTCCCGCAGGTCCCGTCAGAGCGGCGGCAGGGAACCTAACCGCATGACTAGGGTTTCCGGTGGGCAGCAGGAGACGGAGGCGCCTCCTTGTACGGATTTTGATAAGGCTTATTTTCAGTCTTACTCCCACGTCGGTATTCACGAAGAAATGATCAAGGATCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

412 aa · LXL04_010985|LXL04_010985|OH1004|PROTEIN

MEGMSRSPPAGSYSNGHHHKLLGGATSQRDHFGSRRSRQSGGREPNRMTRVSGGQQETEAPPCTDFDKAYFQSYSHVGIHEEMIKDRVRTETYKTAILQHQKYIEGKVVVDVGCGTGILSIFCAQAGAKRVYAVDASEIALQANEVVKANNLSDKVIVLHGRVEDVQIDEEVDVIVSEWMGYMLLYESMLGSVIVARDRWLKPGGLILPANAVLYMAPVTHPDRYAESIDFWRNVYGIDMSPIMPLAKQCAFEEPSVETI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010985`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010985

位置 Chr02:156148093-156150750 (+)

描述 Similar to PRMT6: Probable protein arginine N-methyltransferase 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g20020`	精氨酸甲基转移酶，可催化ω-N 单甲基精氨酸（MMA）和不对称二甲基精氨酸（aDMA）的形成。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0489100`	精氨酸甲基转移酶，可催化ω-N 单甲基精氨酸（MMA）和不对称二甲基精氨酸（aDMA）的形成。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2Z8S0`	精氨酸甲基转移酶，可催化ω-N 单甲基精氨酸（MMA）和不对称二甲基精氨酸（aDMA）的形成。	暂无已核实直接文献
`Os04g0677066`	精氨酸甲基转移酶，可催化ω-N 单甲基精氨酸（MMA）和不对称二甲基精氨酸（aDMA）的形成。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2XYY8`	精氨酸甲基转移酶，可催化ω-N 单甲基精氨酸（MMA）和不对称二甲基精氨酸（aDMA）的形成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010985 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016274 protein-arginine N-methyltransferase activity 分子功能

GO:0042054 histone methyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G20020

dosa:Os10g0489100

osa:9268644

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.582

排名 1 · LXL04_010985 · OH-1004

细胞核0.530

排名 2 · LXL04_010985 · OH-1004

线粒体0.063

排名 3 · LXL04_010985 · OH-1004

细胞膜0.051

排名 4 · LXL04_010985 · OH-1004

内质网0.037

排名 5 · LXL04_010985 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03848.21TehB84-208 aa

PF08003.18Methyltransf_985-214 aa

PF01728.26FtsJ97-177 aa

PF05175.21MTS99-177 aa

PF02475.24TRM5-TYW2_MTfase104-182 aa

PF06325.20PrmA105-178 aa

PF13489.13Methyltransf_23105-177 aa

PF13847.13Methyltransf_31106-210 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010985	`PF03848.21`	TehB	84	208	2.6e-07	31.0
LXL04_010985	`PF08003.18`	Methyltransf_9	85	214	9.2e-08	32.1
LXL04_010985	`PF01728.26`	FtsJ	97	177	3.6e-07	31.0
LXL04_010985	`PF05175.21`	MTS	99	177	1.9e-08	34.8
LXL04_010985	`PF02475.24`	TRM5-TYW2_MTfase	104	182	1.8e-07	32.0
LXL04_010985	`PF06325.20`	PrmA	105	178	4.7e-14	53.3
LXL04_010985	`PF13489.13`	Methyltransf_23	105	177	3.4e-06	27.6
LXL04_010985	`PF13847.13`	Methyltransf_31	106	210	1.8e-08	35.0
LXL04_010985	`PF13649.13`	Methyltransf_25	109	205	3e-14	54.2
LXL04_010985	`PF08241.19`	Methyltransf_11	110	207	2.7e-12	47.9
LXL04_010985	`PF08242.19`	Methyltransf_12	110	206	1.7e-06	29.4
LXL04_010985	`PF22528.2`	PRMT_C	211	314	1.8e-36	126.3
LXL04_010985	`PF22528.2`	PRMT_C	342	400	1.8e-36	126.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q08A71`	拟南芥	Probable protein arginine N-methyltransferase 6	68.807%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q75G68`	水稻	Probable protein arginine N-methyltransferase 6.2	64.225%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2Z8S0`	水稻	Probable protein arginine N-methyltransferase 6.2	64.225%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XKC0`	水稻	Probable protein arginine N-methyltransferase 6.1	62.784%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2XYY8`	水稻	Probable protein arginine N-methyltransferase 6.1	60.763%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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