LXL04_008351 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008351

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 97081165-97085982 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2490 bp · LXL04_008351|LXL04_008351|OH1004|cDNA

ATGGGGGATATAACTAGCACCGGTGCTGGAGATGAACAGAGAGCAGTGAAGCTTCCGATTGCTGGCAAAAGAAACATCCTCATCACCAGTGCTCTCCCTTATGTCAACAACGTTCCGCACCTTGGAAACATCATTGGATGTGTGTTGAGTGCTGATGTGTTTGCTCGCTATTGTCGATTGAGGGGATACAACGCCATATACATATGTGGCACTGATGAGTACGGAACAGCTACAGAGACCAAAGCCTTGGAAGAAAATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2490 bp · LXL04_008351|LXL04_008351|OH1004|CDS

ATGGGGGATATAACTAGCACCGGTGCTGGAGATGAACAGAGAGCAGTGAAGCTTCCGATTGCTGGCAAAAGAAACATCCTCATCACCAGTGCTCTCCCTTATGTCAACAACGTTCCGCACCTTGGAAACATCATTGGATGTGTGTTGAGTGCTGATGTGTTTGCTCGCTATTGTCGATTGAGGGGATACAACGCCATATACATATGTGGCACTGATGAGTACGGAACAGCTACAGAGACCAAAGCCTTGGAAGAAAATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

829 aa · LXL04_008351|LXL04_008351|OH1004|PROTEIN

MGDITSTGAGDEQRAVKLPIAGKRNILITSALPYVNNVPHLGNIIGCVLSADVFARYCRLRGYNAIYICGTDEYGTATETKALEENSTPKEICDKYHAIHRDVYKWFNISFDEFGRTSSPQQTEVCQAIFNKLLENNWLSENTMQQLYCDTCSKFLADRLVEGSCPTPGCNYDSARGDQCENCGKLLNPTELINPRCKVCKSSPRIRDTDHLFLELPLLESKLRDYISTMSVAGSWSQNAIHATNAWLKEGLRQRCITRD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008351`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008351

位置 Chr02:97081165-97085982 (+)

描述 Similar to Os06g0508700: Probable methionine--tRNA ligase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g13780`	细胞质蛋氨酸-tRNA 合成酶。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0508700`	可能的蛋氨酸-tRNA连接酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008351 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006431 methionyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0009303 rRNA transcription 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0036120 cellular response to platelet-derived growth factor stimulus 生物过程

GO:0048608 reproductive structure development 生物过程

GO:0071364 cellular response to epidermal growth factor stimulus 生物过程

GO:1901838 positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I 生物过程

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0017101 aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G13780

ddi:DDB_G0279113

mmu:216443

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.750

排名 1 · LXL04_008351 · OH-1004

细胞核0.267

排名 2 · LXL04_008351 · OH-1004

线粒体0.106

排名 3 · LXL04_008351 · OH-1004

过氧化物酶体0.061

排名 4 · LXL04_008351 · OH-1004

细胞膜0.055

排名 5 · LXL04_008351 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09334.18tRNA-synt_1g26-420 aa

PF00133.29tRNA-synt_126-269 aa

PF19303.6Anticodon_3448-530 aa

PF01588.27tRNA_bind675-767 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008351	`PF09334.18`	tRNA-synt_1g	26	420	7.4e-155	516.2
LXL04_008351	`PF00133.29`	tRNA-synt_1	26	269	1.8e-10	40.9
LXL04_008351	`PF19303.6`	Anticodon_3	448	530	3.6e-15	56.9
LXL04_008351	`PF01588.27`	tRNA_bind	675	767	4e-31	107.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SVN5`	拟南芥	Methionine--tRNA ligase, cytoplasmic	72.397%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZTS1`	水稻	Probable methionine--tRNA ligase	74.541%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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