LXL04_001443 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001443

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 26961824-26966384 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2085 bp · LXL04_001443|LXL04_001443|OH1004|cDNA

ATGGAAGAATCGCCGAGCGCCACCAAAGCCGCCAAAATCTGCTCAATTCAATGTGATCCAATACAAAACCCCACCGGCGGTTGCATAGCCCTCTGCTCTTCCATCTGTGGCTACTTCTGTAACATCAGCGATTCATCTCCGCCGCTACAATCACCAACGCCGTTGCCCACCGACGGTTTTATCCTCAGTACACCAACCCCAAAACACCACCACTCACCACTTAGTCTTCCCCTCAAGATCTCCCTTGTAATCCTTGTTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2085 bp · LXL04_001443|LXL04_001443|OH1004|CDS

ATGGAAGAATCGCCGAGCGCCACCAAAGCCGCCAAAATCTGCTCAATTCAATGTGATCCAATACAAAACCCCACCGGCGGTTGCATAGCCCTCTGCTCTTCCATCTGTGGCTACTTCTGTAACATCAGCGATTCATCTCCGCCGCTACAATCACCAACGCCGTTGCCCACCGACGGTTTTATCCTCAGTACACCAACCCCAAAACACCACCACTCACCACTTAGTCTTCCCCTCAAGATCTCCCTTGTAATCCTTGTTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

694 aa · LXL04_001443|LXL04_001443|OH1004|PROTEIN

MEESPSATKAAKICSIQCDPIQNPTGGCIALCSSICGYFCNISDSSPPLQSPTPLPTDGFILSTPTPKHHHSPLSLPLKISLVILVVTFSLFLLYTLYKFYTVWYRSRRRRSPPPSPETQETHDEFLDHDVLDHPIWYIRTIGLQPSVISAITVVKYSKTDGLIEETNCSVCLSEFEEDETLRLLPKCNHAFHISCIDTWLRSHTNCPLCRAGIVKNTTSSSSDQNLDDSGRTEETRLAIPIPEEVNREERQSELDRQSS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001443`
TK1151 ID	TkA01G534850
OH-1004 ID	LXL04_001443
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	93.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001443

位置 Chr01:26961824-26966384 (+)

描述 Similar to 2ODD19: 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase 19

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g10500`	在体外将水杨酸转化为 2,3-二羟基苯甲酸和 2,5-DHBA，但在体内仅转化为 2,3-DHBA。	DOWNY MILDEW RESISTANT 6 and DMR6-LIKE OXYGENASE 1 are partially redundant but distinct suppressors of immunity in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12719
`At4g10490`	将水杨酸（SA）转化为2,3-二羟基苯甲酸（2,3-DHBA）（基于相似性推测）。	DOWNY MILDEW RESISTANT 6 and DMR6-LIKE OXYGENASE 1 are partially redundant but distinct suppressors of immunity in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12719

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0480200`	参与褪黑素降解。	暂无已核实直接文献
`Os08g0560000`	参与芽发育和水杨酸（SA）稳态的调节。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001443 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程

GO:0002239 response to oomycetes 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0046244 salicylic acid catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016706 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity 分子功能

GO:0031418 L-ascorbic acid binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G10490

ath:AT4G10500

dosa:Os08g0480200

dosa:Os08g0560000

osa:4345848

osa:4346321

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.555

排名 1 · LXL04_001443 · OH-1004

细胞核0.419

排名 2 · LXL04_001443 · OH-1004

细胞膜0.128

排名 3 · LXL04_001443 · OH-1004

内质网0.064

排名 4 · LXL04_001443 · OH-1004

溶酶体／液泡0.047

排名 5 · LXL04_001443 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_2168-211 aa

PF12678.14zf-rbx1168-211 aa

PF17123.12zf-RING_11168-197 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2168-210 aa

PF00097.32zf-C3HC4169-210 aa

PF12861.14zf-ANAPC11176-212 aa

PF14226.13DIOX_N369-475 aa

PF03171.272OG-FeII_Oxy525-619 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001443	`PF13639.13`	zf-RING_2	168	211	8e-14	52.3
LXL04_001443	`PF12678.14`	zf-rbx1	168	211	2e-10	41.5
LXL04_001443	`PF17123.12`	zf-RING_11	168	197	2.2e-10	40.8
LXL04_001443	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	168	210	4.7e-08	33.4
LXL04_001443	`PF00097.32`	zf-C3HC4	169	210	1.3e-07	32.0
LXL04_001443	`PF12861.14`	zf-ANAPC11	176	212	9.4e-06	26.3
LXL04_001443	`PF14226.13`	DIOX_N	369	475	1.9e-27	96.9
LXL04_001443	`PF03171.27`	2OG-FeII_Oxy	525	619	1.9e-27	96.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZSA8`	拟南芥	Protein DMR6-LIKE OXYGENASE 1	39.881%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZSA7`	拟南芥	Protein DMR6-LIKE OXYGENASE 2	38.235%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6Z244`	水稻	2-oxoglutarate-dependent dioxygenase 19	44.954%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6YYX9`	水稻	Probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase SLC1	42.086%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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