TkAUNG095960 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG095960

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 27144981-27146054 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

879 bp · TkAUNG095960|TK1151|cDNA

ATGATACATCATTTCATTGCTTGCTTAAAGAAATCAAGGGTAGCCATGGTATTTTCACTCATAAAAAAGACCACCGGAAATACAATCATGGCAGCCCTCACCGCCCTCACCCCACCACAGATCTCCTCCTTGACCACCACCATCTCCGCCATCTTCCACCTCCACCACCGCCGTCTCTCCTCCATCCTCTCCTCCCACACCCTCTTCTCCCTCTCCATCCACCACCTCCAAACCCTCTCCCTCCACCAAAAATCCCTCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

879 bp · TkAUNG095960|TK1151|CDS

ATGATACATCATTTCATTGCTTGCTTAAAGAAATCAAGGGTAGCCATGGTATTTTCACTCATAAAAAAGACCACCGGAAATACAATCATGGCAGCCCTCACCGCCCTCACCCCACCACAGATCTCCTCCTTGACCACCACCATCTCCGCCATCTTCCACCTCCACCACCGCCGTCTCTCCTCCATCCTCTCCTCCCACACCCTCTTCTCCCTCTCCATCCACCACCTCCAAACCCTCTCCCTCCACCAAAAATCCCTCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

292 aa · TkAUNG095960|TK1151|PROTEIN

MIHHFIACLKKSRVAMVFSLIKKTTGNTIMAALTALTPPQISSLTTTISAIFHLHHRRLSSILSSHTLFSLSIHHLQTLSLHQKSLLIARHLLSILSHLSHFLHPKTTYATTMVNHRDLDSVLLLLLLCEFHQHDPESLKNLSPEKWRDSLSRYVSTTMLTLSGIGFSTGETLMKYIEVVARCRKFVEVMGGGEGKKGREVAASVAAVVALPSVEVEQGGKECVICKEEMREGRDVCEMPCEHRFHWMCILPWLIKRNTC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG095960`
TK1151 ID	TkAUNG095960
OH-1004 ID	LXL04_012377
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	41.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 29.452 / OH-1004 22.222 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG095960

位置 ChrUn:27144981-27146054 (+)

描述 Similar to RHC2A: Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC2A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g02750`	E3 泛素蛋白连接酶以硫酯的形式接受来自 E2 泛素结合酶的泛素，然后将泛素直接转移至目标底物。	An Arabidopsis E3 ligase, SHOOT GRAVITROPISM9, modulates the interaction between statoliths and F-actin in gravity sensing.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.079442

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012377 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程

GO:0090378 seed trichome elongation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39720

ath:AT3G19950

ath:AT3G46620

ath:AT5G59550

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.618

排名 1 · TkAUNG095960 · TK1151

细胞质0.452

排名 2 · TkAUNG095960 · TK1151

细胞膜0.058

排名 3 · TkAUNG095960 · TK1151

内质网0.056

排名 4 · TkAUNG095960 · TK1151

线粒体0.035

排名 5 · TkAUNG095960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23809Phage_holin_912-27 aa

PF23809Phage_holin_9137-175 aa

PF26417DUF8112206-274 aa

PF13771zf-HC5HC2H213-250 aa

PF14446Prok-RING_1220-250 aa

PF12678zf-rbx1221-264 aa

PF29452FAR1_N221-264 aa

PF13920zf-C3HC4_3221-266 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG095960	`PF23809`	Phage_holin_9	12	27	0.076	13.6
TkAUNG095960	`PF23809`	Phage_holin_9	137	175	0.076	13.6
TkAUNG095960	`PF26417`	DUF8112	206	274	0.032	14.5
TkAUNG095960	`PF13771`	zf-HC5HC2H	213	250	2.7	9.0
TkAUNG095960	`PF14446`	Prok-RING_1	220	250	2.4	9.1
TkAUNG095960	`PF12678`	zf-rbx1	221	264	4.8e-07	30.6
TkAUNG095960	`PF29452`	FAR1_N	221	264	0.0011	19.6
TkAUNG095960	`PF13920`	zf-C3HC4_3	221	266	0.0016	18.9
TkAUNG095960	`PF13639`	zf-RING_2	222	264	3.4e-12	47.1
TkAUNG095960	`PF17123`	zf-RING_11	222	250	5.8e-07	29.8
TkAUNG095960	`PF13923`	zf-C3HC4_2	222	263	1.4e-06	28.7
TkAUNG095960	`PF14634`	zf-RING_5	222	265	0.023	15.4
TkAUNG095960	`PF04570`	zf-FLZ	222	237	0.67	10.2
TkAUNG095960	`PF00097`	zf-C3HC4	223	263	0.00018	22.0
TkAUNG095960	`PF13445`	zf-RING_UBOX	223	261	0.0041	17.8
TkAUNG095960	`PF14447`	Prok-RING_4	223	271	1.7	9.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GXF8`	拟南芥	sp\|Q8GXF8\|SHGR9_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase SGR9, amyloplastic	52.000%	Swiss-Prot	高置信

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