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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG094300
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 26664067-26665479 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1068 bp · TkAUNG094300|TK1151|cDNA

ATGTTGGTTCAAGAAGCTTTTCCCGCCATCACTCAAAAACACCCTACAACAGCTAGATCGTTGCAACAGTTTCTATTTACTATCCTCCAAAACGCCAACACCGTTAGGAAAACCACCCAAATCCATACCCAGATAATCATCAACGCATATACCCAAAAAAAGTTCATCATTGTTAAGCTGCTTCAGTCGTATCTATCTTCAGGTCATCTTCAACATGCCCACCAAACTTTTAAACAAGTTAATAACCCTAGCACCACCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1068 bp · TkAUNG094300|TK1151|CDS

ATGTTGGTTCAAGAAGCTTTTCCCGCCATCACTCAAAAACACCCTACAACAGCTAGATCGTTGCAACAGTTTCTATTTACTATCCTCCAAAACGCCAACACCGTTAGGAAAACCACCCAAATCCATACCCAGATAATCATCAACGCATATACCCAAAAAAAGTTCATCATTGTTAAGCTGCTTCAGTCGTATCTATCTTCAGGTCATCTTCAACATGCCCACCAAACTTTTAAACAAGTTAATAACCCTAGCACCACCTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

355 aa · TkAUNG094300|TK1151|PROTEIN

MLVQEAFPAITQKHPTTARSLQQFLFTILQNANTVRKTTQIHTQIIINAYTQKKFIIVKLLQSYLSSGHLQHAHQTFKQVNNPSTTSWNQIIRGYAGSDIPRKSLHLFDEMLASGETPDEYTYSYAISACARGKLLRLGEKLHGKVLAGGFCSNLFVQTNLVNLYACHDLDGARKLFDEIPEKNTVSWTTLISGYTRCGVINDAYKVFDKMPSRTTVSWTTMILGFAKQGHGEQALSVFQSMKDDHGSQPDDITMLAVLQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG094300
TK1151 IDTkAUNG094300
OH-1004 IDLXL04_034745
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)31.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 88.451 / OH-1004 42.814
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG094300
位置ChrUn:26664067-26665479 (+)
描述Similar to PCMP-E12: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g16470
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g05240 推定含有五个三肽重复序列的蛋白 At3g05240。 暂无已核实直接文献
At3g23330 推定含五重复肽的蛋白 At3g23330。 暂无已核实直接文献
At3g11460 参与线粒体 RNA 的 C 到 U 编辑。
MEF10 is required for RNA editing at nad2-842 in mitochondria of Arabidopsis thaliana and interacts with MORF8.2013 · DOI: 10.1007/s11103-012-0003-2
At3g28640 推测含五肽重复序列蛋白 At3g28640。 暂无已核实直接文献
At3g28660 含五肽重复序列蛋白 At3g28660。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034745 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G03880
ath:AT3G12770
ath:AT4G16470
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.697
排名 1 · TkAUNG094300 · TK1151
质体0.146
排名 2 · TkAUNG094300 · TK1151
细胞核0.041
排名 3 · TkAUNG094300 · TK1151
细胞质0.032
排名 4 · TkAUNG094300 · TK1151
细胞膜0.005
排名 5 · TkAUNG094300 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28771RMD9_mid17-96 aa
PF23276TPR_2419-79 aa
PF13041PPR_245-53 aa
PF01535PPR46-54 aa
PF29070MSC6_N55-130 aa
PF13812PPR_359-95 aa
PF13428TPR_1459-80 aa
PF13041PPR_260-79 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG094300PF28771RMD9_mid17960.006816.9
TkAUNG094300PF23276TPR_2419790.0005320.6
TkAUNG094300PF13041PPR_245531.2e-40138.0
TkAUNG094300PF01535PPR46542e-38128.6
TkAUNG094300PF29070MSC6_N551301.8e-0731.3
TkAUNG094300PF13812PPR_359954.1e-1143.5
TkAUNG094300PF13428TPR_1459800.01716.5
TkAUNG094300PF13041PPR_260791.2e-40138.0
TkAUNG094300PF01535PPR60792e-38128.6
TkAUNG094300PF22330Rib_mS39_PPR69960.0001222.6
TkAUNG094300PF17177PPR_long73890.0001921.6
TkAUNG094300PF13041PPR_2831321.2e-40138.0
TkAUNG094300PF12854PPR_183953.9e-2381.6
TkAUNG094300PF01535PPR871152e-38128.6
TkAUNG094300PF13812PPR_3891304.1e-1143.5
TkAUNG094300PF17177PPR_long1042130.0001921.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9MA95拟南芥sp|Q9MA95|PP214_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g0524034.900%Swiss-Prot中等置信
Q9LW63拟南芥sp|Q9LW63|PP251_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2333031.300%Swiss-Prot中等置信
Q9CAY1拟南芥sp|Q9CAY1|PP223_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g11460, mitochondrial31.900%Swiss-Prot中等置信
Q9LJJ1拟南芥sp|Q9LJJ1|PP259_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2864031.700%Swiss-Prot中等置信
Q9LJI9拟南芥sp|Q9LJI9|PP260_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2866031.700%Swiss-Prot中等置信

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