TkAUNG093800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG093800

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 26542546-26544883 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2178 bp · TkAUNG093800|TK1151|cDNA

AAAAAAGTAGGGAAGTGGGAAGAGGTTATGATGGACCTTGTGATGAAATTGCCAAAGATGTCTAAACAACACAAGAGCATCTCAATTATGATATAGATCGATTGACGAAATATACTCAGCTTCTTTTTGTTCGTGAGTTTTATTTGATGGACCGATGGATACAATTGTATATTGACGAAATTATTGTACTGACATTGGTGTACCATCGTGATTCTAAATTCTCTTCCAAGTTTTGGACTACTTACCGTTGAGCATTTATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1074 bp · TkAUNG093800|TK1151|CDS

ATGGCCCCTCGCCGTCGCCGGCTCCCTTCCTTCTGCAAGATCTTGCTCGACCTTCCCGCCCCTCACCTGCCATTGCCACCCGATTTTGTAAGGAAGCACTTAGAGAACAATATTCCCGAGGATCCAACACTCCTATCCGTAAATGGAGGGTATTCGTGGAGATTGAAGATCAGAAAAGATGGTGATAATTACTGCTTTGCCGATGGATGGAGAGACGTGGTTGAAGATAGCCTGTTGGAATATGGGGATTTTCTCGTCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

357 aa · TkAUNG093800|TK1151|PROTEIN

MAPRRRRLPSFCKILLDLPAPHLPLPPDFVRKHLENNIPEDPTLLSVNGGYSWRLKIRKDGDNYCFADGWRDVVEDSLLEYGDFLVFWLVDKSTFKLSVFSPSGCEKMFPLNEDEEDDHVEEEDEVAQMNEQVKQEEELDDEDEEEEDDDEEEQEQEQESEDEDEDFDEEEEEEEEEEDDDVYEGGGGGGGEEEDEGDEEDDDGDGDIDGNDGDPFFMRIISEDHTRSLRLRLPLGFARLAGLDRERRIKMKNLDGEEWS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG093800`
TK1151 ID	TkAUNG093800
OH-1004 ID	LXL04_011498
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.078 / OH-1004 66.348 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG093800

位置 ChrUn:26542546-26544883 (-)

描述 Similar to At5g66980: Putative B3 domain-containing protein At5g66980

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0197600`	含B3结构域蛋白 Os11g0197600。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011498 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G18960

ath:AT4G01580

ath:AT5G66980

dosa:Os01g0905400

dosa:Os11g0197600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.961

排名 1 · TkAUNG093800 · TK1151

细胞质0.087

排名 2 · TkAUNG093800 · TK1151

细胞膜0.028

排名 3 · TkAUNG093800 · TK1151

内质网0.024

排名 4 · TkAUNG093800 · TK1151

细胞外0.009

排名 5 · TkAUNG093800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02362B323-100 aa

PF03754At2g31720-like53-89 aa

PF02535Zip100-175 aa

PF24871Piezo_TM1-24111-177 aa

PF02724CDC45113-192 aa

PF04147Nop14113-199 aa

PF29507SEG2114-288 aa

PF01080Presenilin118-175 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG093800	`PF02362`	B3	23	100	1.1e-29	103.0
TkAUNG093800	`PF03754`	At2g31720-like	53	89	3e-08	34.3
TkAUNG093800	`PF02535`	Zip	100	175	1.2	9.0
TkAUNG093800	`PF24871`	Piezo_TM1-24	111	177	2.1	7.4
TkAUNG093800	`PF02724`	CDC45	113	192	0.1	11.6
TkAUNG093800	`PF04147`	Nop14	113	199	3.3	6.5
TkAUNG093800	`PF29507`	SEG2	114	288	0.0059	16.6
TkAUNG093800	`PF01080`	Presenilin	118	175	0.15	11.5
TkAUNG093800	`PF02362`	B3	217	311	1.1e-29	103.0
TkAUNG093800	`PF03754`	At2g31720-like	274	316	3e-08	34.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q2R9D2`	水稻	sp\|Q2R9D2\|Y1176_ORYSJ B3 domain-containing protein Os11g0197600	31.300%	Swiss-Prot	低置信

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