TkAUNG093400 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG093400

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 26440494-26449929 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2699 bp · TkAUNG093400|TK1151|cDNA

TTTACTCATTCTATAATCAAAACAGTTAAACATAATGTTATTCTTTGACAGATCTTCATTACAACAACTTTTATGAAACAATCAAACAACTGAACAAGAATCAAGACTAAAGTCAAAACAGTTAAACAATCAAACAAGGAGTACATGACTGAAATTGAAGGTAAAACATAACTGATTACTGAAGGAGAAGGACTGAAGGAGAGATTAACATACCTTACGATCCTGAACACTGCTGAAGTCGGAGAAGATGAAGCTGCTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1701 bp · TkAUNG093400|TK1151|CDS

ATGATTCTTCAACGTTCGATTCCTATTCTCAGTTTCTGCAAATCAACTTCATTATCATCCTCCCCCAAATTCCTCTTCTTACCTTTCAACTCACCACCACAAACATTTCGTTTCCACCACCACCACCACCACCACCGCAGCCAAATCAGGGCCTTTACCGCCACCACCACCACCACCACCACCACAGATGAAAAGGAAACCGATACCTTCTTTGCAGACGACACTGTTTCCTGGACATCCCTTGGGGTTGTTGACAGACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

566 aa · TkAUNG093400|TK1151|PROTEIN

MILQRSIPILSFCKSTSLSSSPKFLFLPFNSPPQTFRFHHHHHHHRSQIRAFTATTTTTTTTDEKETDTFFADDTVSWTSLGVVDRLSQSLSRIGLNRPSLIQALSIPPILHGHDVVVAAETGSGKTHGYLVPLFHNLSTTTNETVNRPHKSLVLCPNVMLCEQVVRMANYICNDNGEPLLKVAAVCGRQGWPVHEPNIIVSTPAALLNYLHAIDPERRRRADFIRDVKHVVFDEADMLLCGSFQNQVIRLINMFRFDEK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG093400`
TK1151 ID	TkAUNG093400
OH-1004 ID	LXL04_020951
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG093400

位置 ChrUn:26440494-26449929 (-)

描述 Similar to RH22: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 22

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g59990`	DEAD-box ATP依赖性RNA解旋酶22。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0383400`	DEAD-box ATP依赖性RNA解旋酶22。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020951 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0071013 catalytic step 2 spliceosome 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003724 RNA helicase activity 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G59990

cnb:CNBL0260

cne:CNH00280

dosa:Os03g0708600

dosa:Os09g0383400

osa:4333866

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.482

排名 1 · TkAUNG093400 · TK1151

线粒体0.419

排名 2 · TkAUNG093400 · TK1151

细胞核0.082

排名 3 · TkAUNG093400 · TK1151

细胞质0.038

排名 4 · TkAUNG093400 · TK1151

细胞膜0.011

排名 5 · TkAUNG093400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270DEAD45-58 aa

PF00270DEAD102-256 aa

PF04851ResIII114-236 aa

PF00271Helicase_C146-174 aa

PF00270DEAD324-351 aa

PF21090P-loop_SecA389-556 aa

PF00271Helicase_C394-501 aa

PF00270DEAD398-433 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG093400	`PF00270`	DEAD	45	58	5e-25	88.9
TkAUNG093400	`PF00270`	DEAD	102	256	5e-25	88.9
TkAUNG093400	`PF04851`	ResIII	114	236	0.0096	16.6
TkAUNG093400	`PF00271`	Helicase_C	146	174	3.9e-23	82.5
TkAUNG093400	`PF00270`	DEAD	324	351	5e-25	88.9
TkAUNG093400	`PF21090`	P-loop_SecA	389	556	0.0025	18.2
TkAUNG093400	`PF00271`	Helicase_C	394	501	3.9e-23	82.5
TkAUNG093400	`PF00270`	DEAD	398	433	5e-25	88.9
TkAUNG093400	`PF04851`	ResIII	401	427	0.0096	16.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q944S1`	拟南芥	sp\|Q944S1\|RH22_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 22	59.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q6H601`	水稻	sp\|Q6H601\|RH22_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 22	58.600%	Swiss-Prot	高置信

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