TkAUNG092040 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG092040

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 26084504-26090663 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1681 bp · TkAUNG092040|TK1151|cDNA

GAATTGACAATTCCATTCTGTTTTGTATCAGGAAAGAGATGAATTGGTCCGGAAAGGAATCCTAACTCCATTCCATAACCTCAAAGGATATGAACGCCGAATTGAAGAAGACAATCATAATAATAATGATAATTATAATGATCTTCCATCTACTAGTATAGCAAGAGCTGTTAAGTCAATATCAGAGGCTGCAAAAGCTCGCCCTACAACAAAGCTGTTAGATCCTGAATCCTTACCAAGACTTGATCCACCTACCCGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1821 bp · TkAUNG092040|TK1151|CDS

ATGACGGGGGCGCCTATACAGAATCGGTTGAGTGAGCTATGGTCGTTGTTTGATTTCGTGTTTCCGGGAAAGTTAGGGGTGTTGCCGGTATTTGAAGCCGAGTTTGCCGTCCCCATTTCGGTTGGTGGGTACGCTAATGCTTCACCTTTGCAAGTCTCAACTGCTTACAGATGTGCAGTAGTGTTACGTGACCTAATAATGCCGTACCTCCTCCGAAGAATGAAATCGGACGTAAACGCTTACCTCCCAAATAAAACCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

606 aa · TkAUNG092040|TK1151|PROTEIN

MTGAPIQNRLSELWSLFDFVFPGKLGVLPVFEAEFAVPISVGGYANASPLQVSTAYRCAVVLRDLIMPYLLRRMKSDVNAYLPNKTEHVLFCSLTQTQRQLYRAFLASSDVEQIFNGDRNSLYGIDIMRKICNHPDLLERAHAAHNPDYGNPERSGKMKVVANVLKVWKQQGHRVLLFAQTQQMVDILEGFLVAEGYCYRRMDGMTPVRQRMTLMDEFNGCDEIFVFVLTTKVGGLGTNLTGANRVIIFDPDWNPSTDMQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG092040`
TK1151 ID	TkAUNG092040
OH-1004 ID	LXL04_036859
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 51.139 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG092040

位置 ChrUn:26084504-26090663 (-)

描述 Similar to CHR8: Protein CHROMATIN REMODELING 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g18760`	转录偶联核苷酸切除修复（TCR）中必需的因子，使RNA聚合酶II阻断的损伤能够迅速从活跃基因的转录链上移除。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0102800`	转录偶联核苷酸切除修复（TCR）中必需的因子，使RNA聚合酶II阻断的损伤能够迅速从活跃基因的转录链上移除。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036859 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000012 single strand break repair 生物过程

GO:0000077 DNA damage checkpoint signaling 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006283 transcription-coupled nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006284 base-excision repair 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G18760

dosa:Os01g0102800

hsa:2074

osa:4326441

sce:YJR035W

spo:2539473

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.917

排名 1 · TkAUNG092040 · TK1151

细胞质0.145

排名 2 · TkAUNG092040 · TK1151

线粒体0.028

排名 3 · TkAUNG092040 · TK1151

细胞膜0.018

排名 4 · TkAUNG092040 · TK1151

内质网0.010

排名 5 · TkAUNG092040 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00176SNF2-rel_dom1-137 aa

PF13604AAA_3094-117 aa

PF11496HDA2-3128-289 aa

PF13604AAA_30155-189 aa

PF00271Helicase_C157-269 aa

PF25877WHD_SOWAH288-311 aa

PF08158SDA1_HEAT289-407 aa

PF02270TFIIF_beta297-320 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG092040	`PF00176`	SNF2-rel_dom	1	137	3.7e-31	109.0
TkAUNG092040	`PF13604`	AAA_30	94	117	0.057	13.9
TkAUNG092040	`PF11496`	HDA2-3	128	289	1.5e-05	25.0
TkAUNG092040	`PF13604`	AAA_30	155	189	0.057	13.9
TkAUNG092040	`PF00271`	Helicase_C	157	269	3.3e-24	86.0
TkAUNG092040	`PF25877`	WHD_SOWAH	288	311	0.014	16.0
TkAUNG092040	`PF08158`	SDA1_HEAT	289	407	0.77	9.4
TkAUNG092040	`PF02270`	TFIIF_beta	297	320	0.28	12.0
TkAUNG092040	`PF00176`	SNF2-rel_dom	307	328	3.7e-31	109.0
TkAUNG092040	`PF25877`	WHD_SOWAH	334	373	0.014	16.0
TkAUNG092040	`PF13604`	AAA_30	400	438	0.057	13.9
TkAUNG092040	`PF25875`	WHD_Rad26_CSB	543	606	2.9e-14	53.7
TkAUNG092040	`PF25877`	WHD_SOWAH	545	606	0.014	16.0
TkAUNG092040	`PF02270`	TFIIF_beta	581	606	0.28	12.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZV43`	拟南芥	sp\|Q9ZV43\|CHR8_ARATH Protein CHROMATIN REMODELING 8	70.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q7F2E4`	水稻	sp\|Q7F2E4\|CSB_ORYSJ DNA excision repair protein CSB	69.600%	Swiss-Prot	高置信

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