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基因概览

TkAUNG031720

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 8516201-8518411 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1518 bp · TkAUNG031720|TK1151|cDNA

GTCCAGAACCTTCTCTTCCTTTCCAGACGGTTCCACGTGTGTGGTAGTAAATTTTTTCTCGTGAAGTCTCAAGGCGTCTTTTTTACGCATATAGAGATCAAGCGTGATAAATTATTAGCGCCCTGTTCATCTATTCAACAATTCTGTCTCCTAGACTCCTTCTAGCTTACTGTTGATCTTTTGTTCGTTGCGAAATTGTTGAGGTAAAGTTACCTGATTTCTCCAAAATGTTTTAATTATGATTTATCTATTTGTCCGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

906 bp · TkAUNG031720|TK1151|CDS

ATGTCGTACTCGAGGAGGTCAAGGTACTCCCCTTCTCCTTCACCACCACACAAGCGCTACGGCAGGTCTCTCTCACGTTCCAGATCCAGATCAAGCTCAAGGAGTCGGAGCTATGATCCAAGCGACATTGAAAACCCTGGAAACAATTTATACGTAACTGGTTTATCACCACGTATCACAAAAAGAGATCTCGAGAAGCATTTCTCCACAGAGGGAAATGTGGAAGACGTCCACCTAGTGATAGATCCACGGACTCGAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

301 aa · TkAUNG031720|TK1151|PROTEIN

MSYSRRSRYSPSPSPPHKRYGRSLSRSRSRSSSRSRSYDPSDIENPGNNLYVTGLSPRITKRDLEKHFSTEGNVEDVHLVIDPRTRESRGFGFVSMSNIKEADRCIKYLDGSVLEGRVITVEKARRRRGRTPTPGRYLGLRSSGRGRSPTYSPYSRSRSRSRSYSPYYHSRGGRSYSSYRRRRSYSPYSRSPVDRRRSYTPDYYYYRRSHSRYSREDSYSRKRGGDYYYRRDYSYSPKYRRGRSRRRSVSVSSSGRSYES...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG031720`
TK1151 ID	TkAUNG031720
OH-1004 ID	LXL04_013843
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	58.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 33.887 / OH-1004 40.157 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG031720

位置 ChrUn:8516201-8518411 (+)

描述 Similar to SR45A: Serine/arginine-rich splicing factor SR45a

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g07350`	可能参与构成性和/或可变剪接事件的剪接因子。	暂无已核实直接文献
`At5g04280`	非特异性结合 RNA 和 DNA 序列。	暂无已核实直接文献
`At4g24770`	叶绿体中特定 RNA 编辑事件所需并稳定特定叶绿体 mRNA。	Arabidopsis chloroplast RNA binding proteins CP31A and CP29A associate with large transcript pools and confer cold stress tolerance by influencing multiple chloroplast RNA processing steps.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.103002

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013843 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000302 response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions 生物过程

GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009644 response to high light intensity 生物过程

GO:0043484 regulation of RNA splicing 生物过程

GO:0045292 mRNA cis splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0048026 positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0071333 cellular response to glucose stimulus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005637 nuclear inner membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07350

hsa:6434

mmu:20462

rno:117259

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.965

排名 1 · TkAUNG031720 · TK1151

细胞质0.163

排名 2 · TkAUNG031720 · TK1151

细胞膜0.016

排名 3 · TkAUNG031720 · TK1151

内质网0.009

排名 4 · TkAUNG031720 · TK1151

线粒体0.009

排名 5 · TkAUNG031720 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076RRM_150-120 aa

PF13893RRM_550-123 aa

PF16842RRM_occluded50-121 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG031720	`PF00076`	RRM_1	50	120	6.4e-17	61.9
TkAUNG031720	`PF13893`	RRM_5	50	123	0.02	15.3
TkAUNG031720	`PF16842`	RRM_occluded	50	121	0.35	11.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84TH4`	拟南芥	sp\|Q84TH4\|SR45A_ARATH Serine/arginine-rich splicing factor SR45a	65.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8RWN5`	拟南芥	sp\|Q8RWN5\|RZ1C_ARATH Glycine-rich RNA-binding protein RZ1C	38.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q04836`	拟南芥	sp\|Q04836\|CP31A_ARATH 31 kDa ribonucleoprotein, chloroplastic	41.200%	Swiss-Prot	低置信

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