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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG022130
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 5871626-5873840 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2090 bp · TkAUNG022130|TK1151|cDNA

AGACTTTACATGAACTTAAATGGCAAATTTGACCAACTGCTCAAAATTATTCACCGTGACCAACACACTCTCACACAATTGACAAACCCACTCTTATCTTGGTTTCAAACTGTGTTCTTCAAGATTTTGAAAGCACCTCCTAAAACCCTAATTGATCCAATAAAATCTTGAAAAATGTTGCTCCATCCAACAATTTCCCAATCTCCACCACACCCACAATCGGTTGCTCTCTCATCATCTTCATCTTCCCTCTCTAATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1653 bp · TkAUNG022130|TK1151|CDS

ATGTTGCTCCATCCAACAATTTCCCAATCTCCACCACACCCACAATCGGTTGCTCTCTCATCATCTTCATCTTCCCTCTCTAATTCTCTCAATTTCCCATATGGGTTTCGAAGTTCACCCCTCAAAAAATCCCAATCTACTTCGTATATCGTCAAAAACCTTCATTCTTCGTCGTCTTCATCAGTTTCAAAAGTGTATAACTATGGCACAGTGGACCACGAGAAAAAGCCTGGAACGACGGTCACCTGGAAAGCCATTTA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

550 aa · TkAUNG022130|TK1151|PROTEIN

MLLHPTISQSPPHPQSVALSSSSSSLSNSLNFPYGFRSSPLKKSQSTSYIVKNLHSSSSSSVSKVYNYGTVDHEKKPGTTVTWKAIYKRISLMGNPEKGATEVLNQWENEGKKVTKWELCRIVKEMRKYGRHKLALEIYNWMNNRPERFRISSSDAAIQLDLVSKVHGISGAEDYFKSMPNSLMDKRIYGALLNAYVRAKMVEKAESLLVEMKKKDYASHALPFNVMMTLYMNLKDQDRVESLVSEMIQNNIGLDLYSYN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG022130
TK1151 IDTkAUNG022130
OH-1004 IDLXL04_010564
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG022130
位置ChrUn:5871626-5873840 (-)
描述Similar to At1g02150: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g02150
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g02150 含五重复肽的蛋白 At1g02150。 暂无已核实直接文献
At4g02820 含五肽重复序列的蛋白 At4g02820，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g80270 含五螺旋肽重复的蛋白 At1g80270，线粒体。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010564 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:1902775 mitochondrial large ribosomal subunit assembly 生物过程
GO:1903427 negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005840 ribosome 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0140978 mitochondrial large ribosomal subunit binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G02150
ath:AT1G60770
ath:AT2G20710
ath:AT4G02820
ath:AT4G21705
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.476
排名 1 · TkAUNG022130 · TK1151
质体0.404
排名 2 · TkAUNG022130 · TK1151
细胞核0.069
排名 3 · TkAUNG022130 · TK1151
细胞质0.031
排名 4 · TkAUNG022130 · TK1151
细胞膜0.010
排名 5 · TkAUNG022130 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23276TPR_24100-207 aa
PF29070MSC6_N108-209 aa
PF13812PPR_3120-130 aa
PF01535PPR124-130 aa
PF13428TPR_14126-140 aa
PF13041PPR_2128-145 aa
PF00515TPR_1128-139 aa
PF13424TPR_12129-140 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG022130PF23276TPR_241002078.9e-0523.1
TkAUNG022130PF29070MSC6_N1082096.4e-1142.7
TkAUNG022130PF13812PPR_31201305.2e-0627.2
TkAUNG022130PF01535PPR1241308e-2586.0
TkAUNG022130PF13428TPR_141261401.5e-0526.0
TkAUNG022130PF13041PPR_21281454.2e-2072.3
TkAUNG022130PF00515TPR_11281390.0008519.8
TkAUNG022130PF13424TPR_121291400.003418.2
TkAUNG022130PF17177PPR_long1542740.0003620.7
TkAUNG022130PF01535PPR1711808e-2586.0
TkAUNG022130PF13424TPR_121822090.003418.2
TkAUNG022130PF23220HAT_Syf1_M1842360.08313.5
TkAUNG022130PF12854PPR_11852130.0002421.5
TkAUNG022130PF14559TPR_191852160.0004421.2
TkAUNG022130PF24760TPR_IF140_C1862130.1812.9
TkAUNG022130PF13181TPR_81872070.02815.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8LPS6拟南芥sp|Q8LPS6|PPR3_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g0215050.800%Swiss-Prot高置信
Q9SY07拟南芥sp|Q9SY07|PP302_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02820, mitochondrial24.900%Swiss-Prot低置信
Q9C977拟南芥sp|Q9C977|PP135_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g80270, mitochondrial24.800%Swiss-Prot低置信

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