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基因概览

TkAUNG014080

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 3612825-3613408 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

507 bp · TkAUNG014080|TK1151|cDNA

ATGCTAATCGATTACATAGCTTATAAGCTAAATTGGGAACCCTCTTTTATACGACAAAAGGTCTTTCCACTTGTGTCCACCATTTTCTTGAGAAACATAGCCAAAAATCAAGAAACCGGATTATTATACGGACAATATGAGTTTGACTTCATTCAAAGAACAAAGATAAGATTTGGGCATATGTTGTATGTGGTTACTTGGACAAAACACGGTCAAATAGTCAACAAGAACAATGTCCATACAACTACAACACATTTGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

507 bp · TkAUNG014080|TK1151|CDS

ATGCTAATCGATTACATAGCTTATAAGCTAAATTGGGAACCCTCTTTTATACGACAAAAGGTCTTTCCACTTGTGTCCACCATTTTCTTGAGAAACATAGCCAAAAATCAAGAAACCGGATTATTATACGGACAATATGAGTTTGACTTCATTCAAAGAACAAAGATAAGATTTGGGCATATGTTGTATGTGGTTACTTGGACAAAACACGGTCAAATAGTCAACAAGAACAATGTCCATACAACTACAACACATTTGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

168 aa · TkAUNG014080|TK1151|PROTEIN

MLIDYIAYKLNWEPSFIRQKVFPLVSTIFLRNIAKNQETGLLYGQYEFDFIQRTKIRFGHMLYVVTWTKHGQIVNKNNVHTTTTHLEDSQVQEWVMTDESVNNVHVDNGCLMTDENMDLVMAAYPEKVHQFMQQKESKESKSKKRGRAKSTSTPEGSRSVQLNITEFY

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG014080`
TK1151 ID	TkAUNG014080
OH-1004 ID	LXL04_002327
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 98.824 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG014080

位置 ChrUn:3612825-3613408 (-)

描述 Similar to RAD: Flap endonuclease GEN-like 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g01880`	核酸内切酶，在单链 DNA 和双链 DNA 之间的连接处切割瓣结构，在 5' 突出链中具有特定切割位点，恰好位于分支点 3' 的一个核苷酸处。	AtGEN1 and AtSEND1, two paralogs in Arabidopsis, possess holliday junction resolvase activity.2014 · DOI: 10.1104/pp.114.237834

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0521900`	核酸内切酶，可在单链DNA与双链DNA的交界处切割翻盖结构。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002327 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009650 UV protection 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003690 double-stranded DNA binding 分子功能

GO:0003697 single-stranded DNA binding 分子功能

GO:0008821 crossover junction DNA endonuclease activity 分子功能

GO:0017108 5'-flap endonuclease activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

GO:0048256 flap endonuclease activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G01880

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.882

排名 1 · TkAUNG014080 · TK1151

细胞质0.219

排名 2 · TkAUNG014080 · TK1151

线粒体0.030

排名 3 · TkAUNG014080 · TK1151

细胞膜0.020

排名 4 · TkAUNG014080 · TK1151

细胞外0.014

排名 5 · TkAUNG014080 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18704Chromo_248-133 aa

PF25386Chromo_SEND159-69 aa

PF19105DUF579281-143 aa

PF25386Chromo_SEND1118-136 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG014080	`PF18704`	Chromo_2	48	133	9.2e-05	23.2
TkAUNG014080	`PF25386`	Chromo_SEND1	59	69	0.061	13.9
TkAUNG014080	`PF19105`	DUF5792	81	143	0.088	13.8
TkAUNG014080	`PF25386`	Chromo_SEND1	118	136	0.061	13.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LPD2`	拟南芥	sp\|Q9LPD2\|GENL1_ARATH Flap endonuclease GEN-like 1	36.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q64MA3`	水稻	sp\|Q64MA3\|GENL1_ORYSJ Flap endonuclease GEN-like 1	35.500%	Swiss-Prot	中等置信

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