TkA08G434420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G434420

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 110408397-110411153 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1302 bp · TkA08G434420|TK1151|cDNA

GTTTACCATAGTCATGGATATCTAATGAGACTTTCAACCAACAACCGGCCTGGCTTGGCCGAGTACGGTTAGGAGATTTTGCCGACTTTGGCCATTTGTATGATCTCTCTCATCATACGAAGTGGGTCCCTTCTATCACATCAATAATCGGTGTTCCCAATGGCTTCCTCTAGAGGAGTTGTATTACTACTGCAACCGATAAATTCACGACAAAACAAACAACTTTCGAACAACAACAATGGAGAAATCCAAGATTGGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

768 bp · TkA08G434420|TK1151|CDS

ATGGAGAAATCCAAGATTGGGAGAAGATTTGAAGGAAAAGTTGCGATTGTTACAGCCTCAACTCAAGGCATAGGTTTCGCTATTGCTCAACGGATCGGCTTAGAAGGCGGATCAGTCGTCATCTCCTCTCGCAAACAGAAAAACGTTGATGAGGCAGTGAAAAAGCTCAAGGATTCTGGAATCGAAGTGTTGGGATTGGTATGCCATGTTTCTAATGCACAACAGAGAAAGAATCTCATTGACCAGACAGTTGAGAAATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

255 aa · TkA08G434420|TK1151|PROTEIN

MEKSKIGRRFEGKVAIVTASTQGIGFAIAQRIGLEGGSVVISSRKQKNVDEAVKKLKDSGIEVLGLVCHVSNAQQRKNLIDQTVEKYGKIDVVVSNAAANPSVNTILKTQESALDKLWEINVKTSILLLKDASPHLAEGSSVVFISSVTAFQPPAGLAMYGVTKTALLGLTKALASEMAPRTRVNCVAPGFVPTHFAGFITSNEAMRKSLEEQTCLKRLGTTEDMAAATAFLASDDASYITGETIVVAGGMPSRL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G434420`
TK1151 ID	TkA08G434420
OH-1004 ID	LXL04_034763
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G434420

位置 Chr08:110408397-110411153 (-)

描述 Similar to Tropinone reductase-like 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g05530`	与 IBR3 和 IBR10 一起参与吲哚-3-丁酸的过氧化物酶体 β-氧化，形成吲哚-3-乙酸，这是一种具有生物活性的生长素。	Identification of two Arabidopsis genes encoding a peroxisomal oxidoreductase-like protein and an acyl-CoA synthetase-like protein that are required for responses to pro-auxins.2009 · DOI: 10.1007/s11103-008-9431-4 Conversion of endogenous indole-3-butyric acid to indole-3-acetic acid drives cell expansion in Arabidopsis seedlings.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.157461

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034763 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001523 retinoid metabolic process 生物过程

GO:0006066 alcohol metabolic process 生物过程

GO:0006631 fatty acid metabolic process 生物过程

GO:0008202 steroid metabolic process 生物过程

GO:0042180 ketone metabolic process 生物过程

GO:0042574 retinal metabolic process 生物过程

GO:0048767 root hair elongation 生物过程

GO:0080024 indolebutyric acid metabolic process 生物过程

GO:0080026 response to indolebutyric acid 生物过程

GO:2000379 positive regulation of reactive oxygen species metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G05530

hsa:10901

pon:100172190

ssc:397082

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.475

排名 1 · TkA08G434420 · TK1151

过氧化物酶体0.323

排名 2 · TkA08G434420 · TK1151

线粒体0.175

排名 3 · TkA08G434420 · TK1151

细胞核0.150

排名 4 · TkA08G434420 · TK1151

质体0.085

排名 5 · TkA08G434420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00106adh_short13-203 aa

PF13684FakA-like_C14-96 aa

PF23441SDR16-250 aa

PF08659KR16-184 aa

PF13561adh_short_C219-251 aa

PF09667DUF202840-144 aa

PF21787TNP-like_RNaseH_N42-69 aa

PF00331Glyco_hydro_1044-94 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G434420	`PF00106`	adh_short	13	203	5.1e-42	144.3
TkA08G434420	`PF13684`	FakA-like_C	14	96	0.053	13.6
TkA08G434420	`PF23441`	SDR	16	250	7.3e-12	45.9
TkA08G434420	`PF08659`	KR	16	184	1.3e-10	42.2
TkA08G434420	`PF13561`	adh_short_C2	19	251	5.7e-59	200.3
TkA08G434420	`PF09667`	DUF2028	40	144	0.11	13.2
TkA08G434420	`PF21787`	TNP-like_RNaseH_N	42	69	0.11	13.5
TkA08G434420	`PF00331`	Glyco_hydro_10	44	94	0.077	12.9
TkA08G434420	`PF26334`	Gtf3_N	46	95	0.066	13.7
TkA08G434420	`PF19411`	Clink	70	110	0.22	12.3
TkA08G434420	`PF21787`	TNP-like_RNaseH_N	71	96	0.11	13.5
TkA08G434420	`PF13684`	FakA-like_C	86	113	0.053	13.6
TkA08G434420	`PF26334`	Gtf3_N	196	217	0.066	13.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9S9W2`	拟南芥	sp\|Q9S9W2\|SDRA_ARATH Short-chain dehydrogenase/reductase SDRA	72.900%	Swiss-Prot	高置信

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