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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G428520
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 108891974-108899503 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3818 bp · TkA08G428520|TK1151|cDNA

TTTAAACTCACATGCATTTGCAGAGTACCCTTGAGGCCCAGATTTTGCTGCTATCTCACACAGTCACAAGACCAAACATAATCGTGTAATGCACTTCTCATAACAACTCTTCTTTCTCGTGCCATTTATCGAATTGTGTAATTCATGAGCCACAGTTATCAAAGCAATTCTACACTAATCCAGAGAAGGAGGTGAGAAAGATCAAGAGGGTATTTCAGGTGAATTTGTGGTCAAGAACAAAGACACTGGGTAGCCATGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3357 bp · TkA08G428520|TK1151|CDS

ATGGAACTATCTTTACAGGTTCAGACACCTCCATATTGTGGAACGACAGCTCCTCACAAAACCCTCGTAAGGATTAAACCCTTTATTGGGTCTCACCCATCCAAAAGATCAAACTTGTTCTCACAGTTTACACAATCATGTTCGTGGTACAAATATTCTGTGATTGCTGGATTTTCGCACCAAATCATGGCAAGTTCAGACTTCTCAAGAAAAAGGCGATATAAAGTGTCAAGCCCAAGGGCAAATGACTCTGCACCCAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1118 aa · TkA08G428520|TK1151|PROTEIN

MELSLQVQTPPYCGTTAPHKTLVRIKPFIGSHPSKRSNLFSQFTQSCSWYKYSVIAGFSHQIMASSDFSRKRRYKVSSPRANDSAPKGFKPKPTNPRKDQRTIEGNQNLNPSITTEFVNPTKKESRTEVKVDTIQQLDVPEFNQRAESVKSDIINKKEKVEAIKNDDDQIEYNKEASRKKKLEIEEKIRKKKVEELRKKEMEANIRIQEIKNLANETFLKGEKVFCYPELVTPDQEIEIFLNRLDSSLFDESSIFIMGAF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G428520
TK1151 IDTkA08G428520
OH-1004 IDLXL04_035352
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)30.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 44.365 / OH-1004 86.314
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G428520
位置Chr08:108891974-108899503 (+)
描述Similar to Soluble starch synthase 1, chloroplastic/amyloplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g11720 参与叶片直链淀粉中糖链的合成。 暂无已核实直接文献
At4g18240 可能参与淀粉颗粒形成的预备阶段。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os08g0191433 参与胚乳淀粉体中的淀粉合成。
Knockout of a starch synthase gene OsSSIIIa/Flo5 causes white-core floury endosperm in rice (Oryza sativa L.).2007 · DOI: 10.1007/s00299-007-0309-8
Characterization of SSIIIa-deficient mutants of rice: the function of SSIIIa and pleiotropic effects by SSIIIa deficiency in the rice endosperm.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.102533
Structures of starches from rice mutants deficient in the starch synthase isozyme SSI or SSIIIa.2011 · DOI: 10.1021/bm200019q
Double repression of soluble starch synthase genes SSIIa and SSIIIa in rice (Oryza sativa L.) uncovers interactive effects on the physicochemical properties of starch.2011 · DOI: 10.1139/g11-010
Starch biosynthesis in rice endosperm requires the presence of either starch synthase I or IIIa.2011 · DOI: 10.1093/jxb/err125
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035352 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009960 endosperm development 生物过程
GO:0010021 amylopectin biosynthetic process 生物过程
GO:0019252 starch biosynthetic process 生物过程
GO:0009501 amyloplast 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009536 plastid 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:0004373 alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity 分子功能
GO:0009011 alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (ADP-glucose donor) activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G24300
sot:102600045
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.913
排名 1 · TkA08G428520 · TK1151
细胞质0.056
排名 2 · TkA08G428520 · TK1151
线粒体0.047
排名 3 · TkA08G428520 · TK1151
过氧化物酶体0.039
排名 4 · TkA08G428520 · TK1151
细胞膜0.039
排名 5 · TkA08G428520 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16760CBM53238-297 aa
PF25419Ig_PIFI275-305 aa
PF12158DUF3592403-418 aa
PF25419Ig_PIFI408-437 aa
PF16760CBM53412-474 aa
PF12158DUF3592563-582 aa
PF25419Ig_PIFI569-620 aa
PF16760CBM53574-636 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G428520PF16760CBM532382971.5e-38131.6
TkA08G428520PF25419Ig_PIFI2753050.009816.9
TkA08G428520PF12158DUF35924034180.05914.8
TkA08G428520PF25419Ig_PIFI4084370.009816.9
TkA08G428520PF16760CBM534124741.5e-38131.6
TkA08G428520PF12158DUF35925635820.05914.8
TkA08G428520PF25419Ig_PIFI5696200.009816.9
TkA08G428520PF16760CBM535746361.5e-38131.6
TkA08G428520PF08323Glyco_transf_56718595.3e-49167.8
TkA08G428520PF13439Glyco_transf_46858813.7e-1040.8
TkA08G428520PF13579Glyco_trans_4_46868320.0001123.3
TkA08G428520PF00534Glycos_transf_191710417.5e-0626.3
TkA08G428520PF13692Glyco_trans_1_492310403.8e-0524.7
TkA08G428520PF13439Glyco_transf_494910093.7e-1040.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4IAG2拟南芥sp|F4IAG2|SSY3_ARATH Starch synthase 3, chloroplastic/amyloplastic65.200%Swiss-Prot高置信
Q0WVX5拟南芥sp|Q0WVX5|SSY4_ARATH Probable starch synthase 4, chloroplastic/amyloplastic45.500%Swiss-Prot低置信
A0A0P0XCU3水稻sp|A0A0P0XCU3|SSY3A_ORYSJ Soluble starch synthase 3a, chloroplastic/amyloplastic61.700%Swiss-Prot高置信

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