TkA08G425870 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G425870

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 108183366-108190728 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4423 bp · TkA08G425870|TK1151|cDNA

CATTTTTAAAACTTTTCAACAAACCAATAAACTCTCCAGAAATCACAAGACGAAGTAGATGATCAACTTTACTGGAATGCCGGTTTCGTATCATACCATCCTTTGAACCACGATCCTTGAAAATAATCATACGATTGTTATGGTTCGGTTAAACCCTACATTTCTTCAATCGATTTGTCCAAAAGCACGAAATGTTCCCAGCAGATTCAAATTTCGATCGATGATTGTCTGCATGAAGGATAATTTGTGTTAATAATGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

3171 bp · TkA08G425870|TK1151|CDS

ATGGCAGAATTACGTGTTCTTAGGCTATTTGGGAATCCGCTTGAATATCTTCCCCAAATTTTGCCTTTGCACCAACTCCGCCACCTTTCTCTTTCAAACATCCGTATTGTTGCAGACGATCATCTAAGATCAGTGAATGTGCAGATAGAGATGGAGAATAGTTCTTATTTTTCATCACGACACAAGCTGAGTGCCTTTTTTGCCCTTATATTTCGGTATTCTTCATGCCACCACCCTTTGCTTGCATCCGCTCTTGCAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1056 aa · TkA08G425870|TK1151|PROTEIN

MAELRVLRLFGNPLEYLPQILPLHQLRHLSLSNIRIVADDHLRSVNVQIEMENSSYFSSRHKLSAFFALIFRYSSCHHPLLASALAKMMHDEGNRVVICKDDNAVRQLISMISSENHHVVEQACSALTSLASDVSVSLQLMKCDIMQPIQSVLNSAGPQELKSVLQVVAKLGFVCDTVAQKMMNKDVMRSLKILCAHKDPEVQRSALVAIGNLAFCLENRMILVASESLRDILLRLTVTFEFRVRKAAARVLAILGENES...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G425870`
TK1151 ID	TkA08G425870
OH-1004 ID	LXL04_034702
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	95.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 80.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G425870

位置 Chr08:108183366-108190728 (+)

描述 Similar to PLA1: Phospholipase A I

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g61850`	具有非特异性脂肪分解酰基水解酶活性。	AtPLAI is an acyl hydrolase involved in basal jasmonic acid production and Arabidopsis resistance to Botrytis cinerea.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m700405200

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034702 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006631 fatty acid metabolic process 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009695 jasmonic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程

GO:0019369 arachidonate metabolic process 生物过程

GO:0032048 cardiolipin metabolic process 生物过程

GO:0034638 phosphatidylcholine catabolic process 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0043651 linoleic acid metabolic process 生物过程

GO:0046338 phosphatidylethanolamine catabolic process 生物过程

GO:0050482 arachidonate secretion 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

hsa:50640

mmu:67452

ocu:100328577

rno:314075

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.458

排名 1 · TkA08G425870 · TK1151

细胞核0.296

排名 2 · TkA08G425870 · TK1151

线粒体0.143

排名 3 · TkA08G425870 · TK1151

细胞膜0.142

排名 4 · TkA08G425870 · TK1151

内质网0.110

排名 5 · TkA08G425870 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12799LRR_44-39 aa

PF02310B12-binding72-128 aa

PF08167RIX181-132 aa

PF24768ARM_ARMC585-226 aa

PF00514Arm93-132 aa

PF11698V-ATPase_H_C93-130 aa

PF12717Cnd198-171 aa

PF13646HEAT_2100-135 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G425870	`PF12799`	LRR_4	4	39	0.0053	17.7
TkA08G425870	`PF02310`	B12-binding	72	128	0.11	13.1
TkA08G425870	`PF08167`	RIX1	81	132	0.38	11.1
TkA08G425870	`PF24768`	ARM_ARMC5	85	226	6.3e-05	23.2
TkA08G425870	`PF00514`	Arm	93	132	3.1e-10	40.5
TkA08G425870	`PF11698`	V-ATPase_H_C	93	130	6.1	7.7
TkA08G425870	`PF12717`	Cnd1	98	171	0.34	11.7
TkA08G425870	`PF13646`	HEAT_2	100	135	4.2e-07	30.9
TkA08G425870	`PF08324`	PUL	100	233	0.062	13.3
TkA08G425870	`PF13513`	HEAT_EZ	103	129	0.01	17.0
TkA08G425870	`PF23271`	HEAT_GCN1	104	144	0.076	13.8
TkA08G425870	`PF02985`	HEAT	107	132	7.4e-05	23.4
TkA08G425870	`PF08167`	RIX1	149	211	0.38	11.1
TkA08G425870	`PF11698`	V-ATPase_H_C	162	213	6.1	7.7
TkA08G425870	`PF23271`	HEAT_GCN1	178	233	0.076	13.8
TkA08G425870	`PF12717`	Cnd1	181	229	0.34	11.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4HX15`	拟南芥	sp\|F4HX15\|LPAI_ARATH Phospholipase A I	63.700%	Swiss-Prot	高置信

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