TkA08G405650 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G405650

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 103210420-103215354 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1313 bp · TkA08G405650|TK1151|cDNA

TAACGGAAGTGCTATTGCGGCAACTATTACTACATGGACCAAATTGTCATTTACCAGTTGGAAAATAAAAACTCGACTGCTTATAATCAAAGATGTTCTCCGAAAGTCGTGGAAGAAATAGCTTGGAGCACATTTAAAACCTCTAAACCCTTACCGTTTCTCACACTCTGTTCATCAGTGTACAAAAGAAGCACGACTCTGCTCCAAAGAAATATGGCAAGATCCCCAAAATTGGATAAGGGAGTTAAAGCTCTTATTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1026 bp · TkA08G405650|TK1151|CDS

ATGGACCAAATTGTCATTTACCAGTTGGAAAATAAAAACTCGACTGCTTATAATCAAAGATGTTCTCCGAAAGTCGTGGAAGAAATAGCTTGGAGCACATTTAAAACCTCTAAACCCTTACCGTTTCTCACACTCTGTTCATCAGTGTACAAAAGAAGCACGACTCTGCTCCAAAGAAATATGGCAAGATCCCCAAAATTGGATAAGGGAGTTAAAGCTCTTATTACAGCTGGAGTTGTTGGAGGGCTTGGCCTCTATAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

341 aa · TkA08G405650|TK1151|PROTEIN

MDQIVIYQLENKNSTAYNQRCSPKVVEEIAWSTFKTSKPLPFLTLCSSVYKRSTTLLQRNMARSPKLDKGVKALITAGVVGGLGLYTASNTLYNVEGGHRAIVFNRLVGVKDKVYPEGTHVVIPWLERPIIYDVRARPHLVESTSGSRDLQMVKIGLRVLVRPEPNQLPTIYRTLGEDYNERVLPSIIHETLKAVVAQYNASQLLTQRENVSREIRRLLIVRAASFNITLDDVAITGLTFGKEFTHAIEAKQVAAQEAER...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G405650`
TK1151 ID	TkA08G405650
OH-1004 ID	LXL04_034526
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G405650

位置 Chr08:103210420-103215354 (+)

描述 Similar to PHB6: Prohibitin-6, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g28510`	Prohibitin 可能作为holdase/unfoldase，稳定新合成的线粒体蛋白。	暂无已核实直接文献
`At2g20530`	Prohibitin 可能作为holdase/unfoldase，稳定新合成的线粒体蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g03860`	Prohibitin 可能作为holdase/unfoldase，稳定新合成的线粒体蛋白。	暂无已核实直接文献
`At5g44140`	Prohibitin 可能作为holdase/unfoldase，稳定新合成的线粒体蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034526 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000001 mitochondrion inheritance 生物过程

GO:0000423 mitophagy 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0045861 negative regulation of proteolysis 生物过程

GO:0050821 protein stabilization 生物过程

GO:0061753 substrate localization to autophagosome 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03860

ath:AT2G20530

ath:AT4G28510

ath:AT5G44140

sce:YGR231C

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.837

排名 1 · TkA08G405650 · TK1151

质体0.102

排名 2 · TkA08G405650 · TK1151

细胞质0.094

排名 3 · TkA08G405650 · TK1151

细胞核0.078

排名 4 · TkA08G405650 · TK1151

细胞膜0.060

排名 5 · TkA08G405650 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01145Band_794-271 aa

PF12469Cmr2_N154-215 aa

PF12469Cmr2_N284-284 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G405650	`PF01145`	Band_7	94	271	5.8e-31	108.5
TkA08G405650	`PF12469`	Cmr2_N	154	215	0.17	12.7
TkA08G405650	`PF12469`	Cmr2_N	284	284	0.17	12.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O49460`	拟南芥	sp\|O49460\|PHB1_ARATH Prohibitin-1, mitochondrial	76.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SIL6`	拟南芥	sp\|Q9SIL6\|PHB6_ARATH Prohibitin-6, mitochondrial	76.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZNT7`	拟南芥	sp\|Q9ZNT7\|PHB2_ARATH Prohibitin-2, mitochondrial	73.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FFH5`	拟南芥	sp\|Q9FFH5\|PHB7_ARATH Prohibitin-7, mitochondrial	70.900%	Swiss-Prot	高置信

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