TkA08G259170 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G259170

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 67571533-67585958 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

7717 bp · TkA08G259170|TK1151|cDNA

ATTCCACCGAGCTTTTTGGTCTTTATATCTTTGTGCTCGCAACAGTCCCCAAAATTTCACCCCCTTTGCTTTCACAGTTATATCTCGTACTCAGAAAAAAATCCCCGATTTTCCCTCGCTCTAAATTCGAAACCCTAGTTTGCGATCACTAAATTCTGATTTACTGCCATTTCACCATGATTCCGTTGGCGCAGAGATTTTCAACCGAAATTCGGCTGTTGTTCGAGAGCTTGAACGAATCCAATTTCGACTCCGTTATT...

CDS

下载 CDS FASTA

7299 bp · TkA08G259170|TK1151|CDS

ATGATTCCGTTGGCGCAGAGATTTTCAACCGAAATTCGGCTGTTGTTCGAGAGCTTGAACGAATCCAATTTCGACTCCGTTATTCGCGAACTCTCTCAGTATGTTGATTATGGATTGGAGGGAAGCATTCTGCTTCTAGAAACTTGCTTGGATCACTTCAAAGTTTATGAAAGAGACTTGAGGACTACTCATCTGGAACCTGTAGTTGCTTCTCTTTTTAGAAAATTACTTGAAAAGCCACAGTTTAGTACCGTATTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2432 aa · TkA08G259170|TK1151|PROTEIN

MIPLAQRFSTEIRLLFESLNESNFDSVIRELSQYVDYGLEGSILLLETCLDHFKVYERDLRTTHLEPVVASLFRKLLEKPQFSTVFQVSVRPTSITEEFLDNLSGSLQLSSYEKLGFGLSLTDSENNDIRIAGRNFCMRQIEELCATASLHKADYVQDILLFLNKSQVLSKHVDSFMQLLSLVQFDKDSEFILAPLISDELQDSKFMKKLDFLSEGTDSEFEAILAQMEKEMNMADLMKELGYNSTSDVSLCKDLLSSFS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G259170`
TK1151 ID	TkA08G259170
OH-1004 ID	LXL04_026886
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G259170`
位置	Chr08:67571533-67585958 (+)
描述	Similar to cnot1: CCR4-NOT transcription complex subunit 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_026886` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0000288 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0010606 positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly 生物过程 GO:0017148 negative regulation of translation 生物过程 GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程 GO:0033147 negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway 生物过程 GO:0048387 negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway 生物过程 GO:0048589 developmental growth 生物过程 GO:0060213 positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程 GO:1900153 positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程 GO:0000932 P-body 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	dre:448949 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.525

排名 1 · TkA08G259170 · TK1151

细胞核0.316

排名 2 · TkA08G259170 · TK1151

高尔基体0.182

排名 3 · TkA08G259170 · TK1151

溶酶体／液泡0.120

排名 4 · TkA08G259170 · TK1151

细胞膜0.088

排名 5 · TkA08G259170 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16415CNOT1_CAF1_bind9-35 aa

PF16418CNOT1_HEAT475-619 aa

PF19914WEF-hand612-690 aa

PF16417CNOT1_TTP_bind645-816 aa

PF25097ARM_Cnot1728-761 aa

PF16415CNOT1_CAF1_bind977-1196 aa

PF19914WEF-hand1172-1222 aa

PF16417CNOT1_TTP_bind1212-1231 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G259170	`PF16415`	CNOT1_CAF1_bind	9	35	4.9e-89	298.2
TkA08G259170	`PF16418`	CNOT1_HEAT	475	619	5.1e-32	111.8
TkA08G259170	`PF19914`	WEF-hand	612	690	0.0075	17.9
TkA08G259170	`PF16417`	CNOT1_TTP_bind	645	816	1.5e-66	223.9
TkA08G259170	`PF25097`	ARM_Cnot1	728	761	2.5e-54	184.7
TkA08G259170	`PF16415`	CNOT1_CAF1_bind	977	1196	4.9e-89	298.2
TkA08G259170	`PF19914`	WEF-hand	1172	1222	0.0075	17.9
TkA08G259170	`PF16417`	CNOT1_TTP_bind	1212	1231	1.5e-66	223.9
TkA08G259170	`PF12842`	DUF3819	1330	1472	6.7e-50	169.6
TkA08G259170	`PF25097`	ARM_Cnot1	1333	1386	2.5e-54	184.7
TkA08G259170	`PF25097`	ARM_Cnot1	1679	1854	2.5e-54	184.7
TkA08G259170	`PF23590`	NOT1_connector	1702	1853	4.2e-19	69.6
TkA08G259170	`PF24391`	HD-CE	1883	1958	0.13	12.6
TkA08G259170	`PF16418`	CNOT1_HEAT	1941	1963	5.1e-32	111.8
TkA08G259170	`PF04054`	Not1	2041	2408	3.3e-141	471.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情