LXL04_026886 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026886

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 4708688-4722436 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

7308 bp · LXL04_026886|LXL04_026886|OH1004|cDNA

ATGATTCCGTTGGCGCAGAGATTTTCAACCGAAATTCGGCTGTTGTTCGAGAGCTTGAACGAATCCAATTTCGACTCCGTTATTCGCGAACTCTCTCAGTATGTTGATTATGGATTGGAGGGAAGCATTCTGCTTCTAGAAACTTGCTTGGATCACTTCAAAGTTTATGAAAGAGACTTGAGGACTACTCATCTGGAACCTGTAGTTGCTTCTCTTTTTAGAAAATTACTTGAAAAGCCACAGTTTAGTACCGTATTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

7308 bp · LXL04_026886|LXL04_026886|OH1004|CDS

ATGATTCCGTTGGCGCAGAGATTTTCAACCGAAATTCGGCTGTTGTTCGAGAGCTTGAACGAATCCAATTTCGACTCCGTTATTCGCGAACTCTCTCAGTATGTTGATTATGGATTGGAGGGAAGCATTCTGCTTCTAGAAACTTGCTTGGATCACTTCAAAGTTTATGAAAGAGACTTGAGGACTACTCATCTGGAACCTGTAGTTGCTTCTCTTTTTAGAAAATTACTTGAAAAGCCACAGTTTAGTACCGTATTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2435 aa · LXL04_026886|LXL04_026886|OH1004|PROTEIN

MIPLAQRFSTEIRLLFESLNESNFDSVIRELSQYVDYGLEGSILLLETCLDHFKVYERDLRTTHLEPVVASLFRKLLEKPQFSTVFQVSVRPTSITEEFLDNLSGSLQLSSYEKLGFGLSLTDSENNDIRIAGRNFCMRQIEELCATASLHKADYVQDILLFLNKSQVLSKHVDSFMQLLSLVQFDKDSEFILAPLISDELQDSKFMKKLDFLSEGTDSEFEAILAQMEKEMNMADLMKELGYNSTSDVSLCKDLLSSFS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026886`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_026886`
位置	Chr06:4708688-4722436 (-)
描述	Similar to cnot1: CCR4-NOT transcription complex subunit 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_026886` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0000288 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0010606 positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly 生物过程 GO:0017148 negative regulation of translation 生物过程 GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程 GO:0033147 negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway 生物过程 GO:0048387 negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway 生物过程 GO:0048589 developmental growth 生物过程 GO:0060213 positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程 GO:1900153 positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程 GO:0000932 P-body 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	dre:448949 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.519

排名 1 · LXL04_026886 · OH-1004

细胞核0.325

排名 2 · LXL04_026886 · OH-1004

高尔基体0.176

排名 3 · LXL04_026886 · OH-1004

溶酶体／液泡0.118

排名 4 · LXL04_026886 · OH-1004

细胞膜0.086

排名 5 · LXL04_026886 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16418.12CNOT1_HEAT475-619 aa

PF16417.12CNOT1_TTP_bind645-816 aa

PF16415.12CNOT1_CAF1_bind977-1196 aa

PF12842.13DUF38191330-1472 aa

PF25097.2ARM_Cnot11682-1857 aa

PF23590.2NOT1_connector1706-1856 aa

PF04054.22Not12044-2411 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026886	`PF16418.12`	CNOT1_HEAT	475	619	1.2e-30	107.3
LXL04_026886	`PF16417.12`	CNOT1_TTP_bind	645	816	1.5e-66	223.9
LXL04_026886	`PF16415.12`	CNOT1_CAF1_bind	977	1196	4.9e-89	298.2
LXL04_026886	`PF12842.13`	DUF3819	1330	1472	6.7e-50	169.6
LXL04_026886	`PF25097.2`	ARM_Cnot1	1682	1857	4.1e-54	184.0
LXL04_026886	`PF23590.2`	NOT1_connector	1706	1856	6.1e-19	69.0
LXL04_026886	`PF04054.22`	Not1	2044	2411	3.3e-141	471.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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