TkA08G253820 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G253820

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 66250785-66254995 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2574 bp · TkA08G253820|TK1151|cDNA

GCTGAAGTTGAAGAGGATCTGGTGGTAAAGAATGAAATATTTGGCCTAAATAGCAAAGAAGGAAAGTACATGTACCTAAATTGTCATCCATCAGAAAAACTCGAGCCTAGGCAATTGCGGCCAGACAGGCAGCGGAGATAACATATTGATGCTTCTTAAAACGCGACGTCGCAGTAACCTACCATAGAATTTTAAACCGCCGGCGGCAAAGACGACGGTGACGGAGACGCACCTCCGTGTATTACTTTATAGTTGCAGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2001 bp · TkA08G253820|TK1151|CDS

ATGATCAGAAAGCCAATTGCGCACAAAGACAAGTACTCAAACAGATACGAGATCTCACAGAATCACTCCAATGAAGGCACATCTGCAAGAACAAGGCCTTATAGCTTTGATGAGATAATGCATAGAAGGAAAACCAAAAAGCTATCTGGAAATGTTGAAGGTCAACAACGACTTGCCTCAGAGATAGTCTGTAATAAAGAAGCTGAAAGTGTCTCTGGTCGTGTAGAATCTGATAGACACAGACACAGGGATGGCTATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

666 aa · TkA08G253820|TK1151|PROTEIN

MIRKPIAHKDKYSNRYEISQNHSNEGTSARTRPYSFDEIMHRRKTKKLSGNVEGQQRLASEIVCNKEAESVSGRVESDRHRHRDGYGVSEHHASNDPSKQTSRTKESDNTQRRSKLDSDNPKDRRKERDSVHEKRKNQDRLTDDFHNEHSKRHVKDSSVKERDRNGYNEKSRDHESRKRHEREKRRSNSPSQRGNKQRLYDAREHEDKKRLSSLSLSNNDSINNKSKRHDTSGLSRLGGYSPRKRRNESTIKTPSPIDSP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G253820`
TK1151 ID	TkA08G253820
OH-1004 ID	LXL04_033360
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	95.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.700 / OH-1004 89.960 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G253820`
位置	Chr08:66250785-66254995 (+)
描述	Similar to U2af50: Splicing factor U2AF 50 kDa subunit
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_033360` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000245 spliceosomal complex assembly 生物过程 GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0000389 mRNA 3'-splice site recognition 生物过程 GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0006397 mRNA processing 生物过程 GO:0007281 germ cell development 生物过程 GO:0008380 RNA splicing 生物过程 GO:0010172 embryonic body morphogenesis 生物过程 GO:0031397 negative regulation of protein ubiquitination 生物过程 GO:0033120 positive regulation of RNA splicing 生物过程 GO:0046833 positive regulation of RNA export from nucleus 生物过程 GO:0048024 regulation of mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
KEGG 基因交叉引用	cbr:CBG_15152 cel:CELE_Y92C3B.2 dme:Dmel_CG9998 hsa:11338 mmu:22185 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.970

排名 1 · TkA08G253820 · TK1151

细胞质0.084

排名 2 · TkA08G253820 · TK1151

细胞膜0.021

排名 3 · TkA08G253820 · TK1151

内质网0.010

排名 4 · TkA08G253820 · TK1151

质体0.008

排名 5 · TkA08G253820 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076RRM_1323-397 aa

PF16842RRM_occluded366-403 aa

PF24475RBD_DEAH11371-400 aa

PF18444RRM_9377-401 aa

PF00076RRM_1435-502 aa

PF16842RRM_occluded470-505 aa

PF18444RRM_9478-506 aa

PF24475RBD_DEAH11486-506 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G253820	`PF00076`	RRM_1	323	397	6e-17	62.0
TkA08G253820	`PF16842`	RRM_occluded	366	403	0.028	15.0
TkA08G253820	`PF24475`	RBD_DEAH11	371	400	0.019	15.8
TkA08G253820	`PF18444`	RRM_9	377	401	0.0015	19.0
TkA08G253820	`PF00076`	RRM_1	435	502	6e-17	62.0
TkA08G253820	`PF16842`	RRM_occluded	470	505	0.028	15.0
TkA08G253820	`PF18444`	RRM_9	478	506	0.0015	19.0
TkA08G253820	`PF24475`	RBD_DEAH11	486	506	0.019	15.8
TkA08G253820	`PF29326`	RRM_MUD2_C	537	584	3.1e-05	24.7
TkA08G253820	`PF28977`	DUF8489	547	656	0.00022	22.2
TkA08G253820	`PF00076`	RRM_1	564	584	6e-17	62.0
TkA08G253820	`PF00076`	RRM_1	623	652	6e-17	62.0
TkA08G253820	`PF29326`	RRM_MUD2_C	623	661	3.1e-05	24.7
TkA08G253820	`PF16842`	RRM_occluded	625	653	0.028	15.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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