TkA08G249420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G249420

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 65130081-65133010 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2101 bp · TkA08G249420|TK1151|cDNA

GTTTGGCCTAAACCCTTCATAGTGTTTTGGACTTTTTGTCGATATTCATCTTTTCAGCGTTTAGCCTTGCAAATCGCTGTGTCTTCGCAAGAACTCAGAAGTCCCCTTCTACAAACCCTAATCGTTTCCGTTCAATCCAGATACCAGAAAACCTACCTCCCCTCCAATGGAACCGGAGCAGCAGCCATCGCAAGAGACCAGCAAAAAAGCGGCAAAAAAGGAGGCTGCCAAGGCAGAAAAACTTCGCCGCCGTCAGGAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1449 bp · TkA08G249420|TK1151|CDS

ATGGAACCGGAGCAGCAGCCATCGCAAGAGACCAGCAAAAAAGCGGCAAAAAAGGAGGCTGCCAAGGCAGAAAAACTTCGCCGCCGTCAGGAAGCCGCCGCCGCCTCTGCCGCCGTTGCTGGTGTTTCCATCGAGGGTCCTGATCCTCTTGCCGCAAACTATGGAGACATTCCCATCAAAGATCTTCAGTCGAAGTCTATCTCTGGTCGTGTGTGGACCACCGTTAGCTCTCTTACAGAGGAACTCAAAGACCGCACGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

482 aa · TkA08G249420|TK1151|PROTEIN

MEPEQQPSQETSKKAAKKEAAKAEKLRRRQEAAAASAAVAGVSIEGPDPLAANYGDIPIKDLQSKSISGRVWTTVSSLTEELKDRTVLIRGRAQAIRAVGKKMAFFTVREKGYTVQCVLTVSPDLVSAQMVKYATGISKESFVDIEGVVTVPPEAIKGASQQVEVQVRKIHCVNRAAAVLPINVEDAARSEVEIEKALEAGEQLVRVNQDTRLNYRILDLRTPANQAIYRLEFQVSNLFKEFLVYEDFIEIYTPKLIAGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G249420`
TK1151 ID	TkA08G249420
OH-1004 ID	LXL04_033304
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	90.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G249420

位置 Chr08:65130081-65133010 (-)

描述 Similar to IBI1: Aspartate--tRNA ligase 2, cytoplasmic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g31180`	催化氨基酸特异性地连接到其对应的tRNA的两步反应：氨基酸（AA）首先通过ATP活化形成AA-AMP，然后转移到tRNA的受体末端（类比推测）。	Plant perception of β-aminobutyric acid is mediated by an aspartyl-tRNA synthetase.2014 · DOI: 10.1038/nchembio.1520
`At4g26870`	催化氨基酸与其对应tRNA的特异性连接，反应分两步进行：首先氨基酸（AA）被ATP活化生成AA-AMP，然后转移到tRNA的受体末端。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033304 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006422 aspartyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0017101 aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0004815 aspartate-tRNA ligase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G26870

ath:AT4G31180

bta:510162

mmu:226414

rno:116483

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.630

排名 1 · TkA08G249420 · TK1151

细胞核0.295

排名 2 · TkA08G249420 · TK1151

线粒体0.159

排名 3 · TkA08G249420 · TK1151

细胞膜0.041

排名 4 · TkA08G249420 · TK1151

过氧化物酶体0.036

排名 5 · TkA08G249420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01336tRNA_anti-codon87-171 aa

PF00152tRNA-synt_2208-358 aa

PF01409tRNA-synt_2d297-347 aa

PF00152tRNA-synt_2358-476 aa

PF01409tRNA-synt_2d449-470 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G249420	`PF01336`	tRNA_anti-codon	87	171	2.8e-08	34.3
TkA08G249420	`PF00152`	tRNA-synt_2	208	358	5.3e-69	233.4
TkA08G249420	`PF01409`	tRNA-synt_2d	297	347	0.0012	19.2
TkA08G249420	`PF00152`	tRNA-synt_2	358	476	5.3e-69	233.4
TkA08G249420	`PF01409`	tRNA-synt_2d	449	470	0.0012	19.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M084`	拟南芥	sp\|Q9M084\|SYDC2_ARATH Aspartate--tRNA ligase 2, cytoplasmic	59.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q8H104`	拟南芥	sp\|Q8H104\|SYDC1_ARATH Aspartate--tRNA ligase 1, cytoplasmic	56.100%	Swiss-Prot	高置信

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