TkA08G235570 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G235570

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 61383610-61389283 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1266 bp · TkA08G235570|TK1151|cDNA

ATGACAGGGAGTAATAAAAGGAAGTTTGTAAGTTGTGTTGAGGAAGATAGAATCAGTAACTTACCAGAACACTTGATATCCACAATCCTAGAACTACTTCGACTTCAAGATGCCGTAAAAACAAGCATTCTATCAAAAAAGTGGAGGTACATATGGACCAAAATGAGGATGTTCATTTTTGATAACTATTTCTTCAACAAATTTGCTAAAAACGGAGCTTTTGGTCGTAATGGGTTCATAAGAATCATAAACAAAGTGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1266 bp · TkA08G235570|TK1151|CDS

ATGACAGGGAGTAATAAAAGGAAGTTTGTAAGTTGTGTTGAGGAAGATAGAATCAGTAACTTACCAGAACACTTGATATCCACAATCCTAGAACTACTTCGACTTCAAGATGCCGTAAAAACAAGCATTCTATCAAAAAAGTGGAGGTACATATGGACCAAAATGAGGATGTTCATTTTTGATAACTATTTCTTCAACAAATTTGCTAAAAACGGAGCTTTTGGTCGTAATGGGTTCATAAGAATCATAAACAAAGTGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

421 aa · TkA08G235570|TK1151|PROTEIN

MTGSNKRKFVSCVEEDRISNLPEHLISTILELLRLQDAVKTSILSKKWRYIWTKMRMFIFDNYFFNKFAKNGAFGRNGFIRIINKVLNLHTGPILKFIIHIPNINMFHDSFEEVDQWMLLLSRNGVSELIFTNSSQRNKLPSYLFSCLELTKLVLEKCVFKPPIEFEGFINLTDLYLKNIGFMCGTQIILPQLGILWLDTCTNVCNFNIKATKLHNLFVSNCPDVKLLHLLHSPCITVLGTYFPNPIRDERITLEVMLSN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G235570`
TK1151 ID	TkA08G235570
OH-1004 ID	LXL04_033151
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	75.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 86.936 / OH-1004 99.167 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G235570

位置 Chr08:61383610-61389283 (-)

描述 Similar to At1g13570: F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g13570

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g13570`	F-box/FBD/LRR重复蛋白 At1g13570。	暂无已核实直接文献
`At2g04230`	F-box/FBD/LRR重复蛋白 At2g04230。	暂无已核实直接文献
`At5g38590`	FBD 相关的 F-box 蛋白 At5g38590。	暂无已核实直接文献
`At5g56370`	与 FBD 相关的 F-box 蛋白 At5g56370。	暂无已核实直接文献
`At5g56420`	F-box/FBD/LRR 重复蛋白 At5g56420。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033151 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13570

ath:AT2G04230

ath:AT3G26922

ath:AT5G38590

ath:AT5G56420

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.747

排名 1 · TkA08G235570 · TK1151

细胞质0.324

排名 2 · TkA08G235570 · TK1151

内质网0.039

排名 3 · TkA08G235570 · TK1151

细胞膜0.033

排名 4 · TkA08G235570 · TK1151

质体0.020

排名 5 · TkA08G235570 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box18-57 aa

PF12937F-box-like18-51 aa

PF23622LRR_At1g61320_AtMIF187-228 aa

PF24758LRR_At5g56370114-327 aa

PF23622LRR_At1g61320_AtMIF1189-330 aa

PF08387FBD291-320 aa

PF12937F-box-like339-351 aa

PF08387FBD349-388 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G235570	`PF00646`	F-box	18	57	1.5e-07	31.8
TkA08G235570	`PF12937`	F-box-like	18	51	0.023	15.2
TkA08G235570	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	87	228	9.4e-05	22.7
TkA08G235570	`PF24758`	LRR_At5g56370	114	327	5.9e-12	46.4
TkA08G235570	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	189	330	9.4e-05	22.7
TkA08G235570	`PF08387`	FBD	291	320	1.7e-06	28.5
TkA08G235570	`PF12937`	F-box-like	339	351	0.023	15.2
TkA08G235570	`PF08387`	FBD	349	388	1.7e-06	28.5
TkA08G235570	`PF24758`	LRR_At5g56370	373	390	5.9e-12	46.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FZ70`	拟南芥	sp\|Q9FZ70\|FDL1_ARATH F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g13570	31.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6NKX3`	拟南芥	sp\|Q6NKX3\|FDL14_ARATH F-box/FBD/LRR-repeat protein At2g04230	28.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FFW2`	拟南芥	sp\|Q9FFW2\|FBD17_ARATH FBD-associated F-box protein At5g38590	27.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FM94`	拟南芥	sp\|Q9FM94\|FBD21_ARATH FBD-associated F-box protein At5g56370	23.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FM89`	拟南芥	sp\|Q9FM89\|FDL38_ARATH F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g56420	22.200%	Swiss-Prot	低置信

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