TkA08G231800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G231800

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 60367184-60369222 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

874 bp · TkA08G231800|TK1151|cDNA

TTAAGAACGGATTATGAAATTGACGGAACAGAGAAACAGGCGAGAATCGAATGGAGGATGCAGAGGACGGCTTGTCGGATATGTCGTCGTCTTCTCCTCTTCACCTTGAATTCGTGCTGGAATACGAAACCTGGAGAACCCACCTAAACCGGATGCGAAATCGGACATGGAAGATGGGTGATGGAAAGCTAGGGTTGGGTGTTCCTAGAATTCGTGCTGGAATACAAAACCTGGATAATCCACCTAAACCGGATGCGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

435 bp · TkA08G231800|TK1151|CDS

ATGTCCCCAATTGTCCATATTGTGAACATTGGATCCACCATGACCGAATCTGTTGCAAATGTCACTGAAATACATGAGGGGCTGGATTTTTCTGGTCATGATGGAGAAGAGGAAGATGATTACTCATTCGGGATTTTTTCTGTAAAATTTTCAACAGATGGACGAGAGCTTGTAGTTGCAACTAGTGATGATTCAATTTATGTTTATGATCTTGTAGCCAACAAGTTAAATGTTCGCATACCAGCTTACAAAGCTGCTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

144 aa · TkA08G231800|TK1151|PROTEIN

MSPIVHIVNIGSTMTESVANVTEIHEGLDFSGHDGEEEDDYSFGIFSVKFSTDGRELVVATSDDSIYVYDLVANKLNVRIPAYKAARYNDIDDVKSLAAIGAEVSSLNSHVRTPVDEAAIGGKMDVIDAINTLVAQMELTRTSV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G231800`
TK1151 ID	TkA08G231800
OH-1004 ID	LXL04_033113
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	88.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G231800`
位置	Chr08:60367184-60369222 (-)
描述	Similar to LEC14B homolog
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_033113` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0080135 regulation of cellular response to stress 生物过程 GO:1902412 regulation of mitotic cytokinesis 生物过程 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bta:539433 hsa:80344 pon:100173316 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.650

排名 1 · TkA08G231800 · TK1151

细胞质0.433

排名 2 · TkA08G231800 · TK1151

细胞膜0.036

排名 3 · TkA08G231800 · TK1151

线粒体0.030

排名 4 · TkA08G231800 · TK1151

细胞外0.028

排名 5 · TkA08G231800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st2-82 aa

PF09100Qn_am_d_aIV3-74 aa

PF23098Beta-prop_NOL10_N22-75 aa

PF00400WD4043-70 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz44-107 aa

PF23414Beta-prop_EML_244-73 aa

PF25175Beta-prop_WDR544-77 aa

PF12894ANAPC4_WD4044-83 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G231800	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	2	82	0.1	12.8
TkA08G231800	`PF09100`	Qn_am_d_aIV	3	74	0.058	13.9
TkA08G231800	`PF23098`	Beta-prop_NOL10_N	22	75	0.057	13.3
TkA08G231800	`PF00400`	WD40	43	70	0.0028	18.9
TkA08G231800	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	44	107	0.0017	18.4
TkA08G231800	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	44	73	0.0018	18.4
TkA08G231800	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	44	77	0.032	14.3
TkA08G231800	`PF12894`	ANAPC4_WD40	44	83	0.08	13.9
TkA08G231800	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	45	82	0.0071	16.8
TkA08G231800	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	45	76	0.019	15.0
TkA08G231800	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	45	76	0.044	13.8
TkA08G231800	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	45	79	0.1	12.5
TkA08G231800	`PF24814`	WD40_Prp19	45	83	0.11	12.3
TkA08G231800	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	46	74	0.022	14.5
TkA08G231800	`PF24796`	WDR55	47	84	0.0019	18.0
TkA08G231800	`PF12894`	ANAPC4_WD40	123	142	0.08	13.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情