TkA08G202170 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G202170

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 52863387-52869375 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3759 bp · TkA08G202170|TK1151|cDNA

CAGCAGATAAGTGCATACCATAGGGACCAGAACTGTAATTTACTCTAGATCTCCAATGTTTTATTTTGACCCGGTAAAATAAAACGGGTCGAAAAACATACATCGGACCGACCGAAGTATATGAAAGGCGCCTCCTTTTTAACATTTGAATTTTCTACAATGTTGAGTGGCCCCACTTCCTCCCAATTCGTCAAATACTATATAATACGCACTCTTTGTAGCCGTTAGCAGACTTAAAATCCCTACTCTCGTCTCCTTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

3186 bp · TkA08G202170|TK1151|CDS

ATGGAGTATAAAAGAAGTACGACATCAATGACGCCGGATCATAATGGGAAAGCAGGAGTTGGAATGGTGGCCAATCCGTTGCCGTTTCTTACTCCTAGACCTGAACGGAGGCGTCCGGAATCTAGAGGCATTGATTGGAATTCTAGTAGAGTTGAGAAAGATCGTGGTGAAGTTAATATCCAAGTTCTGCTCAGATGCAGGCCTTTAAGCGATGAAGAACAAAAGTGCAATGTACCAAAGGCGATAACTTGCAACGAACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1061 aa · TkA08G202170|TK1151|PROTEIN

MEYKRSTTSMTPDHNGKAGVGMVANPLPFLTPRPERRRPESRGIDWNSSRVEKDRGEVNIQVLLRCRPLSDEEQKCNVPKAITCNEHKREVTISQNVANKQIDKLFTFDKVFGPKAQQRSIYDQAIFPIVNEVLEGFNCTVFAYGQTGTGKTYTMEGGMRNKGGDLPAEAGVIPRAVRQIFETLESQNADYSMKVTFLELYNEEIVDLLAPEDNSRSLDEKQKKPISLMEDGKGCVLVRGLEEEAVYSANDIYTLLERGA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G202170`
TK1151 ID	TkA08G202170
OH-1004 ID	LXL04_017721
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	47.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.989 / OH-1004 93.702 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G202170

位置 Chr08:52863387-52869375 (+)

描述 Similar to KIN5D: Kinesin-like protein KIN-5D

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g37420`	负责微管的转运。	暂无已核实直接文献
`At2g28620`	负责微管的转运。	暂无已核实直接文献
`At3g45850`	负责微管的转运。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0117798`	负责微管的转运。	暂无已核实直接文献
`Os03g0279832`	负责微管的转运。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017721 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程

GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程

GO:0007018 microtubule-based movement 生物过程

GO:0007052 mitotic spindle organization 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0043622 cortical microtubule organization 生物过程

GO:0051231 spindle elongation 生物过程

GO:0090307 mitotic spindle assembly 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005819 spindle 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0005876 spindle microtubule 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G28620

ath:AT2G37420

dosa:Os05g0117798

osa:9268593

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.725

排名 1 · TkA08G202170 · TK1151

细胞核0.256

排名 2 · TkA08G202170 · TK1151

细胞膜0.080

排名 3 · TkA08G202170 · TK1151

高尔基体0.056

排名 4 · TkA08G202170 · TK1151

线粒体0.055

排名 5 · TkA08G202170 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16796Microtub_bd59-209 aa

PF00225Kinesin65-401 aa

PF24627PUMA_CC461-515 aa

PF09769ApoO486-533 aa

PF09769ApoO575-625 aa

PF26039Dcst2586-654 aa

PF24627PUMA_CC602-615 aa

PF09769ApoO607-657 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G202170	`PF16796`	Microtub_bd	59	209	8.9e-27	94.6
TkA08G202170	`PF00225`	Kinesin	65	401	6.3e-118	394.2
TkA08G202170	`PF24627`	PUMA_CC	461	515	0.01	16.6
TkA08G202170	`PF09769`	ApoO	486	533	6.8	7.3
TkA08G202170	`PF09769`	ApoO	575	625	6.8	7.3
TkA08G202170	`PF26039`	Dcst2	586	654	1.3	8.9
TkA08G202170	`PF24627`	PUMA_CC	602	615	0.01	16.6
TkA08G202170	`PF09769`	ApoO	607	657	6.8	7.3
TkA08G202170	`PF26039`	Dcst2	695	766	1.3	8.9
TkA08G202170	`PF16796`	Microtub_bd	729	791	8.9e-27	94.6
TkA08G202170	`PF16796`	Microtub_bd	825	866	8.9e-27	94.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WQJ7`	拟南芥	sp\|Q0WQJ7\|KN5B_ARATH Kinesin-like protein KIN-5B	58.800%	Swiss-Prot	高置信
`F4IIS5`	拟南芥	sp\|F4IIS5\|KN5A_ARATH Kinesin-like protein KIN-5A	45.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LZU5`	拟南芥	sp\|Q9LZU5\|KN5D_ARATH Kinesin-like protein KIN-5D	47.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q5W7C6`	水稻	sp\|Q5W7C6\|KN5A_ORYSJ Kinesin-like protein KIN-5A	46.700%	Swiss-Prot	中等置信
`B9F7C8`	水稻	sp\|B9F7C8\|KN5B_ORYSJ Kinesin-like protein KIN-5B	46.000%	Swiss-Prot	中等置信

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