TkA08G200340 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G200340

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 52296694-52309802 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1583 bp · TkA08G200340|TK1151|cDNA

CGGGTGAAGGTGAATAGTTTTCAATTTCTAGGTGGATCATAATATACAAGTCTTAACAACTAGCGACGGTGGACACCCCTCTCATATCAACCCAAACCCCCTGTGCGTCTCACATTCATCTGCAACCGTATTCCGTTGATTATAACACGAACTGAATTTCGAGCCATGAAATTAGCTTCGATAATTCAAAATGGGATTCATCACCCGCTTAATCTTGATCTGGGAGTGGGATTGCTTAGATTTACTCCAGTTTCACCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2247 bp · TkA08G200340|TK1151|CDS

ATGGTGAAACCCTTTTGGAGACCGTGTGTCGGGGGTGCACAGAGTGGAAGAACAGATGGGTTGTTGTGGTACAAAGATTTGGGGGCTCATGTAAACGGAGAGTTTTCAATGGCGGTGGTTCAAGCTAACAGTTTGTTGGAGGATCAAAGCCAGATCGAATCAGGACCGTTGGATTCGACGAATTCAGGGCCTTTTGGGACGTTTATCGGTGTCTATGATGGACATGGTGGGCCAGAATCATCGCGATTTGTGAACGAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

748 aa · TkA08G200340|TK1151|PROTEIN

MVKPFWRPCVGGAQSGRTDGLLWYKDLGAHVNGEFSMAVVQANSLLEDQSQIESGPLDSTNSGPFGTFIGVYDGHGGPESSRFVNENLFSNLKKFVSEDEEMSADAIKKAFLATEDQFISIVRDQWRTCPQFACVGTCCLVGVICDGVIYIANAGDSRVVLGRANNDGDGVSAIQLSEEHNVNRECVRDELRSLHPDDPKIVVMKHNVWRVKGLIQVSRSIGDAYLKNPEFNRAPLLPKFRVSQSFSKQILSPEPSISTH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G200340`
TK1151 ID	TkA08G200340
OH-1004 ID	LXL04_032713
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	93.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 98.737 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G200340

位置 Chr08:52296694-52309802 (-)

描述 Similar to PP2C38: Probable protein phosphatase 2C 38

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g12620`	可能去磷酸化并抑制质膜 H⁺-ATP 酶（PM H⁺-ATP 酶，例如 AHA1 和 AHA2），从而对植物生长和适应性产生负面影响（通过相似性）。	The Arabidopsis Protein Phosphatase PP2C38 Negatively Regulates the Central Immune Kinase BIK1.2016 · DOI: 10.1371/journal.ppat.1005811
`At3g55050`	可能去磷酸化并抑制质膜H⁺-ATP酶（PM H⁺-ATP酶，例如AHA1和AHA2），从而对植物生长和适应性产生负面影响。	暂无已核实直接文献
`At3g51370`	可能去磷酸化并抑制质膜H⁺-ATP酶（PM H⁺-ATP酶，例如AHA1和AHA2），从而对植物生长和适应性产生负面影响。	暂无已核实直接文献
`At5g66080`	可能去磷酸化并抑制质膜H⁺-ATP酶（PM H⁺-ATP酶，例如AHA1和AHA2），从而对植物生长和适应性产生负面影响。	暂无已核实直接文献
`At5g12130`	完整的类囊体膜蛋白，在早期叶绿体发育中的类囊体膜生物发生和类囊体形成中起着至关重要的作用。	Deletion of the chloroplast-localized AtTerC gene product in Arabidopsis thaliana leads to loss of the thylakoid membrane and to seedling lethality.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03523.x The Arabidopsis Tellurite resistance C protein together with ALB3 is involved in photosystem II protein synthesis.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12474

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0717800`	可能是蛋白磷酸酶2C 60。	暂无已核实直接文献
`Os03g0137200`	可能的蛋白磷酸酶 2C 28。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032713 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:1900425 negative regulation of defense response to bacterium 生物过程

GO:1902531 regulation of intracellular signal transduction 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004722 protein serine/threonine phosphatase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G12620

ath:AT3G51370

ath:AT3G55050

dosa:Os03g0137200

dosa:Os06g0717800

osa:4331548

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.831

排名 1 · TkA08G200340 · TK1151

高尔基体0.071

排名 2 · TkA08G200340 · TK1151

内质网0.059

排名 3 · TkA08G200340 · TK1151

细胞质0.046

排名 4 · TkA08G200340 · TK1151

细胞膜0.044

排名 5 · TkA08G200340 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00481PP2C67-311 aa

PF13672PP2C_271-286 aa

PF03741TerC517-746 aa

PF06177QueT541-574 aa

PF06177QueT688-745 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G200340	`PF00481`	PP2C	67	311	6.4e-38	131.6
TkA08G200340	`PF13672`	PP2C_2	71	286	0.0036	17.7
TkA08G200340	`PF03741`	TerC	517	746	5.9e-58	196.6
TkA08G200340	`PF06177`	QueT	541	574	1.9	9.6
TkA08G200340	`PF06177`	QueT	688	745	1.9	9.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LHJ9`	拟南芥	sp\|Q9LHJ9\|P2C38_ARATH Probable protein phosphatase 2C 38	64.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q94CL8`	拟南芥	sp\|Q94CL8\|P2C48_ARATH Probable protein phosphatase 2C 48	62.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SD12`	拟南芥	sp\|Q9SD12\|P2C46_ARATH Probable protein phosphatase 2C 46	65.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FKX4`	拟南芥	sp\|Q9FKX4\|P2C79_ARATH Probable protein phosphatase 2C 79	66.600%	Swiss-Prot	低置信
`F4JZG9`	拟南芥	sp\|F4JZG9\|TERC_ARATH Thylakoid membrane protein TERC, chloroplastic	63.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q5Z8P0`	水稻	sp\|Q5Z8P0\|P2C60_ORYSJ Probable protein phosphatase 2C 60	64.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q10S32`	水稻	sp\|Q10S32\|P2C28_ORYSJ Probable protein phosphatase 2C 28	64.800%	Swiss-Prot	高置信

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