TkA08G175490 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G175490

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 45920807-45923271 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1624 bp · TkA08G175490|TK1151|cDNA

GAATCGTTCGTGTTCCGGAGAAAAGAAAAGCGGATGGATTACGATGGCGAGCGAGGATTACGGAAGTGATAGAATCCCTCCTAACTTTCCTCCCAAATCGGGGGGATAAGGAGGGAGATGATCTCACGTCGCATCCGATTTTTCCCTCCATTATAAACCATCTTCCCGTATTCATCTCCTACCCCCACGAAATCATATTTTTGCTGCTGTGTTCTTCAACATTGGGATTCCTTCTCTGCTGCCCTTCGCTGCTGCGGTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

681 bp · TkA08G175490|TK1151|CDS

ATGATTGCTGTATGCAGATTGATGATTATAGATGCTAACTTTTGCGAGGCGAACCTGCAGCTACTGTTCACAGTAGTTGAGAGTGCACCATCAGAAACAGTTAGGTCCAACTGTACAATTGCACTTGGTGACCTGGCAGTTAGGTTTCCGAACCTTCTAGAACCTTGGACAAAAAACATGTATGCAAGGCTTCATGATCCTTCGGTTTCTGTTAGAACAAATGCTGTTTTGGTTCTCTCTCACCTCATTCTCAATGACAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

227 aa · TkA08G175490|TK1151|PROTEIN

MIAVCRLMIIDANFCEANLQLLFTVVESAPSETVRSNCTIALGDLAVRFPNLLEPWTKNMYARLHDPSVSVRTNAVLVLSHLILNDMMKVKGHINEMAMRLEDENERISNLAKLFFNELSKKGNNPIYNLLPDILGKLSNQDLKRESFFNIMQFLIGSIKKDKQMEALVEKLCHRFSGVTDARQWENISYCLSQLSFTDKGIKKLIDLFKVYEHVLSNETVMDHFRT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G175490`
TK1151 ID	TkA08G175490
OH-1004 ID	LXL04_018482
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 6.532 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G175490

位置 Chr08:45920807-45923271 (+)

描述 Similar to TY3B-I: Transposon Ty3-I Gag-Pol polyprotein (Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g57060`	必需蛋白。	The Arabidopsis CAP-D proteins are required for correct chromatin organisation, growth and fertility.2013 · DOI: 10.1007/s00412-013-0424-y The condensin complexes play distinct roles to ensure normal chromosome morphogenesis during meiotic division in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12628

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018482 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0007076 mitotic chromosome condensation 生物过程

GO:0010032 meiotic chromosome condensation 生物过程

GO:0015074 DNA integration 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0075523 viral translational frameshifting 生物过程

GO:0000779 condensed chromosome, centromeric region 细胞组分

GO:0000796 condensin complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G57060

sce:YGR109W-B

sce:YIL082W-A

spo:2542672

spo:2542797

spo:2543673

spo:3361218

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.681

排名 1 · TkA08G175490 · TK1151

细胞质0.355

排名 2 · TkA08G175490 · TK1151

高尔基体0.069

排名 3 · TkA08G175490 · TK1151

内质网0.045

排名 4 · TkA08G175490 · TK1151

细胞膜0.039

排名 5 · TkA08G175490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01602Adaptin_N9-139 aa

PF25567TPR_SYO111-49 aa

PF13646HEAT_221-82 aa

PF02985HEAT29-46 aa

PF20168PDS532-174 aa

PF21581SCD32-88 aa

PF12717Cnd133-193 aa

PF10363RTP1_C159-116 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G175490	`PF01602`	Adaptin_N	9	139	5.5e-05	22.7
TkA08G175490	`PF25567`	TPR_SYO1	11	49	0.0063	16.9
TkA08G175490	`PF13646`	HEAT_2	21	82	0.1	13.6
TkA08G175490	`PF02985`	HEAT	29	46	4.2e-05	24.1
TkA08G175490	`PF20168`	PDS5	32	174	1.2e-05	24.1
TkA08G175490	`PF21581`	SCD	32	88	0.031	15.2
TkA08G175490	`PF12717`	Cnd1	33	193	2.9e-52	177.7
TkA08G175490	`PF10363`	RTP1_C1	59	116	0.059	14.2
TkA08G175490	`PF02985`	HEAT	62	83	4.2e-05	24.1
TkA08G175490	`PF25567`	TPR_SYO1	67	82	0.0063	16.9
TkA08G175490	`PF02985`	HEAT	101	108	4.2e-05	24.1
TkA08G175490	`PF25567`	TPR_SYO1	135	172	0.0063	16.9
TkA08G175490	`PF02985`	HEAT	188	196	4.2e-05	24.1
TkA08G175490	`PF10363`	RTP1_C1	201	209	0.059	14.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A0A1I9LM04`	拟南芥	sp\|A0A1I9LM04\|CNDD2_ARATH Condensin-1 complex subunit CAP-D2	78.400%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情