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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G161180
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 42060853-42063403 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2233 bp · TkA08G161180|TK1151|cDNA

GTAACATTTAGTGCATTATTAATTAGTGACATGTAGATACGAATGATTGTTGGCGCTTATAAAAACACCGTCGGTTCTCCCGCAAAAAATCGCCCCTTCCCCCGTCCAAAGAAAAAGGAAAGAAACCAGAGTGAAATCTCTGTTGATTTCCGCCATGATCGCCTCAACAACTCCTTCAAAATCTTCAATTAACCTCACAACCTACGCCACTCCTTTCAAATCTTCGTTCCTCCCTTCATCACCTATAATTCTCCAAAGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1851 bp · TkA08G161180|TK1151|CDS

ATGATCGCCTCAACAACTCCTTCAAAATCTTCAATTAACCTCACAACCTACGCCACTCCTTTCAAATCTTCGTTCCTCCCTTCATCACCTATAATTCTCCAAAGATTCTCTCCTTCAACTCCTCGATTTCCATCTCTAAATATCACCAATGTTCTTAAAACCGTCGATTCCCCGAATCTCTCTTCAACCGCCACAAATCTCGATTCCATTTTCACTAATTCTAAACCGACCATACTTGTCTCGGAAAAACTAGGAGAGGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

616 aa · TkA08G161180|TK1151|PROTEIN

MIASTTPSKSSINLTTYATPFKSSFLPSSPIILQRFSPSTPRFPSLNITNVLKTVDSPNLSSTATNLDSIFTNSKPTILVSEKLGEAGLDLLKSFANVDCSYNLSPEDLCSKISMCDALIVRSGTKVNRQIFEAAKGRLKVVGRAGVGIDNVDLQAATEFGCLVVNAPTANTIAAAEHAIALLSAMSRNVAQADASMKAGKWQRTKYVGVSMVGKTLAIMGFGKVGSEVARRAKGLGMHVVAHDPYAPADRARAIGVELI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G161180
TK1151 IDTkA08G161180
OH-1004 IDLXL04_001578
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)79.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 88.149 / OH-1004 84.603
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G161180
位置Chr08:42060853-42063403 (-)
描述Similar to PGDH1: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 1, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g17745 参与丝氨酸生物合成的质体磷酸化途径 (PPSB)。
Functional characterization of the plastidial 3-phosphoglycerate dehydrogenase family in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.226720
Regulation of serine biosynthesis in Arabidopsis. Crucial role of plastidic 3-phosphoglycerate dehydrogenase in non-photosynthetic tissues.1999 · DOI: 10.1074/jbc.274.1.397
At4g34200 参与丝氨酸生物合成的质体磷酸化途径。
Functional characterization of the plastidial 3-phosphoglycerate dehydrogenase family in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.226720
Arabidopsis phosphoglycerate dehydrogenase1 of the phosphoserine pathway is essential for development and required for ammonium assimilation and tryptophan biosynthesis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.118992
At3g19480 参与丝氨酸生物合成的质体磷酸化途径。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001578 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000096 sulfur amino acid metabolic process 生物过程
GO:0006564 L-serine biosynthetic process 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009561 megagametogenesis 生物过程
GO:0009643 photosynthetic acclimation 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009536 plastid 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G17745
ath:AT3G19480
ath:AT4G34200
mja:MJ_1018
mth:MTH_970
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.961
排名 1 · TkA08G161180 · TK1151
线粒体0.068
排名 2 · TkA08G161180 · TK1151
细胞质0.040
排名 3 · TkA08G161180 · TK1151
过氧化物酶体0.026
排名 4 · TkA08G161180 · TK1151
细胞核0.025
排名 5 · TkA08G161180 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF003892-Hacid_dh78-386 aa
PF03446NAD_binding_2103-139 aa
PF22828HphA_N136-178 aa
PF13478XdhC_C141-209 aa
PF03720UDPG_MGDP_dh_C169-210 aa
PF03807F420_oxidored169-196 aa
PF028262-Hacid_dh_C180-354 aa
PF00208ELFV_dehydrog209-242 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G161180PF003892-Hacid_dh783862.2e-35122.0
TkA08G161180PF03446NAD_binding_21031390.05214.3
TkA08G161180PF22828HphA_N1361780.113.7
TkA08G161180PF13478XdhC_C1412090.01716.4
TkA08G161180PF03720UDPG_MGDP_dh_C1692100.02115.9
TkA08G161180PF03807F420_oxidored1691960.0814.3
TkA08G161180PF028262-Hacid_dh_C1803546.3e-61205.5
TkA08G161180PF00208ELFV_dehydrog2092420.02415.0
TkA08G161180PF00670AdoHcyase_NAD2103040.0005720.8
TkA08G161180PF07991KARI_N2133108.5e-0626.2
TkA08G161180PF13478XdhC_C2173190.01716.4
TkA08G161180PF03446NAD_binding_22173050.05214.3
TkA08G161180PF03807F420_oxidored2172800.0814.3
TkA08G161180PF02254TrkA_N2182610.02215.8
TkA08G161180PF03720UDPG_MGDP_dh_C2292750.02115.9
TkA08G161180PF01842ACT2983191e-1041.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O04130拟南芥sp|O04130|SERA2_ARATH D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2, chloroplastic80.700%Swiss-Prot高置信
O49485拟南芥sp|O49485|SERA1_ARATH D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 1, chloroplastic77.600%Swiss-Prot高置信
Q9LT69拟南芥sp|Q9LT69|SERA3_ARATH D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 3, chloroplastic76.400%Swiss-Prot高置信

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