TkA08G154850 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G154850

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 40423422-40428822 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4402 bp · TkA08G154850|TK1151|cDNA

CAATATATTTAACACAGGTAATTTAAGCCTACATGTTTAAAGGTAAAACAACAAATGAATGGAGGCGGTGGTATGGTTTTGAAAACTGAAGTATAGTGACGGTGTCGTTTCGTAGTCAATGGCTCGATTCGCTTCTTTTAACATTTTTATCAGCTCTCCACCTTCGCAAGAAATTGGCGGCAACAATTGACGGAATCGTTGATCTTCGAAGGAGAATATGGGCGTCCACGGTCTTTGGGATCTGTTATCCCCCGTTGGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

3924 bp · TkA08G154850|TK1151|CDS

ATGGGCGTCCACGGTCTTTGGGATCTGTTATCCCCCGTTGGTCGCCGTGTCTCAGTTGAAACCCTCGCCGGCAAAAGACTCGCAATTGATGCGAGCATATGGATGGTACAGTTCATGAAGGCGATGAGAGATGAACGCGGAGAGATGGTGAGGAATGCACACATATTAGGGTTTTTCCGACGAATTTGCAAGCTATTGTTTCTACGGACGAAACCAGTGTTTGTTTTTGATGGTGCCACACCTGCTTTAAAACGGAGAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1307 aa · TkA08G154850|TK1151|PROTEIN

MGVHGLWDLLSPVGRRVSVETLAGKRLAIDASIWMVQFMKAMRDERGEMVRNAHILGFFRRICKLLFLRTKPVFVFDGATPALKRRTVIARRRQRENAQTKIRKTAEKLLLNHLKAMRLKELANDLENQRKNNGDKGKGVITDKSDLAGTTSKTNPPDTKGFDQEALDAMLAASIDAEENKGIIGDASTSGAGVSAEDEDEDDDDEEMLLPTLDGKVDPAVLASLPPSMQLDLLSQMRERLMAENRQKYQKVKKAPARFS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G154850`
TK1151 ID	TkA08G154850
OH-1004 ID	LXL04_013305
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G154850

位置 Chr08:40423422-40428822 (+)

描述 Similar to UVH3: DNA repair protein UVH3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g28030`	推测的单链DNA内切酶，参与对UV和氧化损伤DNA的核苷酸切除修复（NER）。	Arabidopsis UVH3 gene is a homolog of the Saccharomyces cerevisiae RAD2 and human XPG DNA repair genes.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.01031.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013305 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006283 transcription-coupled nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006285 base-excision repair, AP site formation 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0008340 determination of adult lifespan 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0009650 UV protection 生物过程

GO:0010213 non-photoreactive DNA repair 生物过程

GO:0010225 response to UV-C 生物过程

GO:0035264 multicellular organism growth 生物过程

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.950

排名 1 · TkA08G154850 · TK1151

细胞质0.131

排名 2 · TkA08G154850 · TK1151

线粒体0.022

排名 3 · TkA08G154850 · TK1151

细胞膜0.018

排名 4 · TkA08G154850 · TK1151

内质网0.008

排名 5 · TkA08G154850 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00752XPG_N1-97 aa

PF14377UBM217-242 aa

PF12813XPG_I_2317-360 aa

PF00752XPG_N393-425 aa

PF14377UBM726-734 aa

PF00700Flagellin_C741-771 aa

PF12813XPG_I_2779-864 aa

PF00867XPG_I786-867 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G154850	`PF00752`	XPG_N	1	97	3.7e-30	105.1
TkA08G154850	`PF14377`	UBM	217	242	0.00019	21.5
TkA08G154850	`PF12813`	XPG_I_2	317	360	2.8e-06	27.8
TkA08G154850	`PF00752`	XPG_N	393	425	3.7e-30	105.1
TkA08G154850	`PF14377`	UBM	726	734	0.00019	21.5
TkA08G154850	`PF00700`	Flagellin_C	741	771	0.093	13.8
TkA08G154850	`PF12813`	XPG_I_2	779	864	2.8e-06	27.8
TkA08G154850	`PF00867`	XPG_I	786	867	1e-26	93.8
TkA08G154850	`PF14377`	UBM	879	890	0.00019	21.5
TkA08G154850	`PF12813`	XPG_I_2	959	1015	2.8e-06	27.8
TkA08G154850	`PF25698`	EBNA2_Core	1095	1112	0.92	9.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ATY5`	拟南芥	sp\|Q9ATY5\|UVH3_ARATH DNA repair protein UVH3	48.400%	Swiss-Prot	中等置信

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