TkA08G139950 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G139950

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 36383141-36385557 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1972 bp · TkA08G139950|TK1151|cDNA

CTGTTAGTACATCACTCGTGTTAAATGATTAAACCAAGTCGACGCAATTCCTCCATGAGGACCTCATCAACAAACGATCATCAGAAAATTTGGATCTGATTTGTTTGGATCAAATCAGATCATAAGAAGATCTTCGGTGAAGTTTCATCTCTTTACGTTATGGAAGAAAGCAAACAGAGAATGCATTGTTCGATTTTGTTTACTGCGCTTTTGATATGTTGTTTCATTTCGCATACATGTTCTTCTTCTGATGACATTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1614 bp · TkA08G139950|TK1151|CDS

ATGGAAGAAAGCAAACAGAGAATGCATTGTTCGATTTTGTTTACTGCGCTTTTGATATGTTGTTTCATTTCGCATACATGTTCTTCTTCTGATGACATTACATTTTACGAGTCATTCGATGAATCTTTTGAAGGGAGGTGGATCGTATCTAAGAAGAACGAAGCTTATTCAGGTCTATGGAAACACTCGAAAAGTGAAGGGCATGAAGATTACGGGCTTCTCGTGAGTGAAAAGGCTAAAAAATACGCAATTGTGAAGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

537 aa · TkA08G139950|TK1151|PROTEIN

MEESKQRMHCSILFTALLICCFISHTCSSSDDITFYESFDESFEGRWIVSKKNEAYSGLWKHSKSEGHEDYGLLVSEKAKKYAIVKELEKPLDLKDTTTVLQFEVRFQNGLECGGAYLKYLRPQESGWTAKLFNNESPYSIMFGPDKCGATNKVHFILKHKNPINGEYTEHHLISPPSVPLDKLTHVYTAILNSGNNEVRILVDGEEKKKANFLSPEDFQPSLIPEKTIPDPDDKKPEDWDERAKIPDPDAVKPEDWDEN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G139950`
TK1151 ID	TkA08G139950
OH-1004 ID	LXL04_009261
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	66.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.944 / OH-1004 87.884 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G139950

位置 Chr08:36383141-36385557 (+)

描述 Similar to CNX1: Calnexin homolog 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g61790`	钙结合蛋白，与内质网中新合成的一葡萄糖基化糖蛋白相互作用。	暂无已核实直接文献
`At5g07340`	钙结合蛋白，与内质网中新合成的一葡萄糖基化糖蛋白相互作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009261 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0036503 ERAD pathway 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

GO:0030246 carbohydrate binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G07340

ath:AT5G61790

gmx:547851

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.806

排名 1 · TkA08G139950 · TK1151

细胞质0.120

排名 2 · TkA08G139950 · TK1151

高尔基体0.094

排名 3 · TkA08G139950 · TK1151

细胞核0.093

排名 4 · TkA08G139950 · TK1151

细胞膜0.064

排名 5 · TkA08G139950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14630ORC5_C14-198 aa

PF01884PcrB27-102 aa

PF00262Calreticulin35-392 aa

PF13385Laminin_G_3153-215 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G139950	`PF14630`	ORC5_C	14	198	0.045	14.7
TkA08G139950	`PF01884`	PcrB	27	102	0.036	14.3
TkA08G139950	`PF00262`	Calreticulin	35	392	1.6e-143	478.8
TkA08G139950	`PF13385`	Laminin_G_3	153	215	0.18	12.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P29402`	拟南芥	sp\|P29402\|CALX1_ARATH Calnexin homolog 1	73.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q38798`	拟南芥	sp\|Q38798\|CALX2_ARATH Calnexin homolog 2	71.000%	Swiss-Prot	高置信

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