TkA08G137910 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G137910

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 35874408-35876426 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1417 bp · TkA08G137910|TK1151|cDNA

TCTAAACATAGCATCACCCATGTGACACACATTCACTTCTTCTCGCTACTCGCAAACACGCTACCCGCTCCCTCATAAATATCCCCTTCTCAATAACCAAAATTCACACTCCAATCTCCACCATGTCAGTTCCCGCATCCACCGTGACGCCGCCGTTGGTCGACGAATTGGACATCGTCATCCCCACCATCAGAAACCTCGATTTCCTCGAGCAGTGGAGACCTTTCTTCCAGCCATACCATCTGATCATCGTCCAAGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1089 bp · TkA08G137910|TK1151|CDS

ATGTCAGTTCCCGCATCCACCGTGACGCCGCCGTTGGTCGACGAATTGGACATCGTCATCCCCACCATCAGAAACCTCGATTTCCTCGAGCAGTGGAGACCTTTCTTCCAGCCATACCATCTGATCATCGTCCAAGATGGAGATCCAACGAAGAAGATCCATGTGCCTGAAGGATTCGATTACGAACTCTACAACCGTAACGATATCAATCGGATCCTTGGCCCTAAGTCCAGTTGCATTTCCTTCAAGGATTCCGCTTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

362 aa · TkA08G137910|TK1151|PROTEIN

MSVPASTVTPPLVDELDIVIPTIRNLDFLEQWRPFFQPYHLIIVQDGDPTKKIHVPEGFDYELYNRNDINRILGPKSSCISFKDSACRCFGFLVSKKKYIFTIDDDCFVAKDPTGEQINALAQHIHNLLTPATPFFFNTLYDPYREGADFVRGYPFSLREGAPTAISHGLWLNIPDYDAPTQLVKPRERNTRYVDAVMTIPKQTLFPMCGMNLGFHRELIGPAMYFGLMGDGQPIGRYDDMWAGWCAKVICDHLGLGVKT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G137910`
TK1151 ID	TkA08G137910
OH-1004 ID	LXL04_013437
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	83.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.133 / OH-1004 98.864 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G137910

位置 Chr08:35874408-35876426 (-)

描述 Similar to UPTG1: Probable UDP-arabinopyranose mutase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g02230`	UDP-L-阿拉伯糖变位酶参与细胞壁非纤维素多糖的生物合成。	Arabidopsis reversibly glycosylated polypeptides 1 and 2 are essential for pollen development.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.086363 The interconversion of UDP-arabinopyranose and UDP-arabinofuranose is indispensable for plant development in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.083931
`At5g15650`	UDP-L-阿拉伯糖变位酶参与细胞壁非纤维素多糖的生物合成。	Arabidopsis reversibly glycosylated polypeptides 1 and 2 are essential for pollen development.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.086363 The interconversion of UDP-arabinopyranose and UDP-arabinofuranose is indispensable for plant development in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.083931

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0599800`	UDP-L-阿拉伯糖变位酶参与细胞壁非纤维素多糖的生物合成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013437 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009101 glycoprotein biosynthetic process 生物过程

GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0033356 UDP-L-arabinose metabolic process 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0071669 plant-type cell wall organization or biogenesis 生物过程

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0016866 intramolecular transferase activity 分子功能

GO:0052691 UDP-arabinopyranose mutase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os03g0599800

zma:542592

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.454

排名 1 · TkA08G137910 · TK1151

高尔基体0.327

排名 2 · TkA08G137910 · TK1151

内质网0.238

排名 3 · TkA08G137910 · TK1151

细胞核0.162

排名 4 · TkA08G137910 · TK1151

细胞膜0.105

排名 5 · TkA08G137910 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03214RGP14-346 aa

PF00535Glycos_transf_230-49 aa

PF10111Glyco_tranf_2_238-119 aa

PF00535Glycos_transf_290-139 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G137910	`PF03214`	RGP	14	346	1.8e-178	593.7
TkA08G137910	`PF00535`	Glycos_transf_2	30	49	0.055	14.1
TkA08G137910	`PF10111`	Glyco_tranf_2_2	38	119	0.012	15.8
TkA08G137910	`PF00535`	Glycos_transf_2	90	139	0.055	14.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SRT9`	拟南芥	sp\|Q9SRT9\|RGP1_ARATH UDP-arabinopyranose mutase 1	86.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LFW1`	拟南芥	sp\|Q9LFW1\|RGP2_ARATH UDP-arabinopyranose mutase 2	85.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q8H8T0`	水稻	sp\|Q8H8T0\|RGP1_ORYSJ UDP-arabinopyranose mutase 1	81.900%	Swiss-Prot	高置信

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