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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G088540
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 22923435-22925372 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1755 bp · TkA08G088540|TK1151|cDNA

TGATTTTTGGTTTCTCAAAGTACGACCTAAAAAATCTGGAATAGGAAGACAGTTTGAAGCTAATTCGCCAATTCCGGCATATGCCAGCGTGGCCCCACACACCACCGCACTGAACTTCTGCCGATTTCATTGTAATCTACCATGGCAATTCGCTCACGTCTCGCCCATCTTCAGCCACTAAGTCCCCGTCAAATGCGCTTCATTAAACTTGCAAAAGAATCTAGTTTAGTGAGGGGCATATCGTCGAACGGCTTATCGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1578 bp · TkA08G088540|TK1151|CDS

ATGGCAATTCGCTCACGTCTCGCCCATCTTCAGCCACTAAGTCCCCGTCAAATGCGCTTCATTAAACTTGCAAAAGAATCTAGTTTAGTGAGGGGCATATCGTCGAACGGCTTATCGGCATCTACATTTCGTGATTTGCCACCTTCTAAGGAAAATAACGACATCGACCTCAAAAGCAAGTTACTTTTCTTTACGTATCCTCGACGAAGCGCGACGAGTGTGCTTCAAAAATGGGTCAGCGAAGGCCGAAAAGTCTCCAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

525 aa · TkA08G088540|TK1151|PROTEIN

MAIRSRLAHLQPLSPRQMRFIKLAKESSLVRGISSNGLSASTFRDLPPSKENNDIDLKSKLLFFTYPRRSATSVLQKWVSEGRKVSIYDLRDISRQLVRRGRYKHALQVMKWMEDQNRFQFSESDHALRLESTIKGSTLHEAEDYFAKLPNTAAQKASYLHLLNSYVKEKSTEKAESLMMKMTSLGANVTPHPFNAMMKLYIATSQFDLVLSVISQMKQNNIPRNVLSYNLWMSAIHEVHGVQNVDIVYKEMLNDNNVRV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G088540
TK1151 IDTkA08G088540
OH-1004 IDLXL04_031132
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G088540
位置Chr08:22923435-22925372 (-)
描述Similar to At5g27460: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g27460
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g27460 含五肽重复序列的蛋白 At5g27460。 暂无已核实直接文献
At1g02370 含有五重复螺旋蛋白的 At1g02370，位于线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g02150 含五重复肽的蛋白 At1g02150。 暂无已核实直接文献
At5g09450 含有五十二残基重复的蛋白 At5g09450，线粒体的。 暂无已核实直接文献
At4g01990 含五十二肽重复序列蛋白At4g01990，线粒体。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031132 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:1902775 mitochondrial large ribosomal subunit assembly 生物过程
GO:1903427 negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005840 ribosome 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0140978 mitochondrial large ribosomal subunit binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G02150
ath:AT1G60770
ath:AT4G02820
ath:AT4G21705
ath:AT5G27460
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.799
排名 1 · TkA08G088540 · TK1151
质体0.121
排名 2 · TkA08G088540 · TK1151
细胞核0.058
排名 3 · TkA08G088540 · TK1151
细胞质0.032
排名 4 · TkA08G088540 · TK1151
细胞膜0.010
排名 5 · TkA08G088540 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23276TPR_2471-145 aa
PF13812PPR_373-115 aa
PF10938YfdX90-118 aa
PF13428TPR_1494-111 aa
PF23300HEAT_Nup12094-149 aa
PF13424TPR_1295-109 aa
PF07719TPR_296-109 aa
PF13041PPR_297-117 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G088540PF23276TPR_24711454e-0937.2
TkA08G088540PF13812PPR_3731151.5e-1144.9
TkA08G088540PF10938YfdX901180.1512.8
TkA08G088540PF13428TPR_14941113e-0525.0
TkA08G088540PF23300HEAT_Nup120941490.0613.9
TkA08G088540PF13424TPR_12951090.07513.9
TkA08G088540PF07719TPR_2961090.0003421.2
TkA08G088540PF13041PPR_2971173.5e-1969.4
TkA08G088540PF01535PPR971113.2e-1762.2
TkA08G088540PF12895ANAPC3971130.1812.9
TkA08G088540PF13176TPR_7981100.00318.2
TkA08G088540PF14420Clr51081230.2512.2
TkA08G088540PF29070MSC6_N1402871.2e-1145.1
TkA08G088540PF10602RPN71412190.01116.2
TkA08G088540PF14559TPR_191411630.2412.5
TkA08G088540PF10938YfdX1501830.1512.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q3E911拟南芥sp|Q3E911|PP400_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g2746051.600%Swiss-Prot高置信
Q9FZ24拟南芥sp|Q9FZ24|PPR4_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g02370, mitochondrial29.300%Swiss-Prot低置信
Q8LPS6拟南芥sp|Q8LPS6|PPR3_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g0215031.000%Swiss-Prot中等置信
Q94B59拟南芥sp|Q94B59|PP372_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g09450, mitochondrial32.100%Swiss-Prot中等置信
Q93WC5拟南芥sp|Q93WC5|PP300_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g01990, mitochondrial27.600%Swiss-Prot低置信

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