TkA08G081190 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G081190

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 20864615-20869424 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2515 bp · TkA08G081190|TK1151|cDNA

GAGGGTTGTGGGGTGTACAATTTTGCCATAGAAAAAAAGCCGCCCTCCGTTTATAAACAGAAGTTTGAAAGATTGAAAAACGCACAAACTCAAAAACACCTTTTTCTTCTTCTTTGTCTCTCCTTAACTTTCGATCTTCTTTTACTGAAACTAAAGCAAACTTTGATGAAAAGCTTCCATTTTTATGGTGTTTCCAACCATGTCGTTCGAAATTAGCTGAAATCAGAAACATCCATCAAAGATTTCTTCGTGATTGATTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1554 bp · TkA08G081190|TK1151|CDS

ATGATGATGGGTGGTGTTGAATTACACCAAGAACTCAAGAATCTATGTGTTAACACTAACTGCTGGAAGTATGCTGTTTTTTGGAGACTTAATCATCAAGATCAAATGACATTGACTTGCGAAGATTTCTATTACGACAACATGAATGACAATTTGAGGGACGGGTGTTTTGCGAATGATCTTCTTGGATTAGAAGTTGTGAAGATGTCTTATTGTGTATACTCCATTGGAGAAGGGATGGTTGGACGGGTTGCAACTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

517 aa · TkA08G081190|TK1151|PROTEIN

MMMGGVELHQELKNLCVNTNCWKYAVFWRLNHQDQMTLTCEDFYYDNMNDNLRDGCFANDLLGLEVVKMSYCVYSIGEGMVGRVATTGKHLWKSGNQLVSLDEHLDGWRTQLKAGIRTIVAIAVSPYAVVQIGSLKTIPEDLKLVNRIQEIFFDLQCSLIASTNCSPCVTDLTTSSGSGRFHKHVNNTTEKNTWKTVEPIRNHQENEDPVSDFIQSTHSNDQNPNLFMPATSNCQNTNNPNESFMFPIGCELYEALGPAF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G081190`
TK1151 ID	TkA08G081190
OH-1004 ID	LXL04_018755
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G081190

位置 Chr08:20864615-20869424 (+)

描述 Similar to EMB1444: Transcription factor EMB1444

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g31280`	可能调控根系发育的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At1g06150`	可能调控根系发育的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At2g27230`	转录激活因子，调节根的发育；促进根中韧皮部细胞的生成。	暂无已核实直接文献
`At1g64625`	可能调控根系发育的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018755 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程

GO:0010089 xylem development 生物过程

GO:0010479 stele development 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

GO:0046983 protein dimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06150

ath:AT2G27230

ath:AT2G31280

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.900

排名 1 · TkA08G081190 · TK1151

细胞质0.158

排名 2 · TkA08G081190 · TK1151

细胞膜0.043

排名 3 · TkA08G081190 · TK1151

内质网0.026

排名 4 · TkA08G081190 · TK1151

质体0.015

排名 5 · TkA08G081190 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14215bHLH-MYC_N8-49 aa

PF14215bHLH-MYC_N63-152 aa

PF20925Htt_bridge200-240 aa

PF14215bHLH-MYC_N266-281 aa

PF22754bHLH-TF_ACT-like_plant282-302 aa

PF23176bHLH_LHW340-400 aa

PF00010HLH347-384 aa

PF22754bHLH-TF_ACT-like_plant443-478 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G081190	`PF14215`	bHLH-MYC_N	8	49	1e-26	95.0
TkA08G081190	`PF14215`	bHLH-MYC_N	63	152	1e-26	95.0
TkA08G081190	`PF20925`	Htt_bridge	200	240	0.05	13.5
TkA08G081190	`PF14215`	bHLH-MYC_N	266	281	1e-26	95.0
TkA08G081190	`PF22754`	bHLH-TF_ACT-like_plant	282	302	0.092	13.6
TkA08G081190	`PF23176`	bHLH_LHW	340	400	1.4e-36	124.9
TkA08G081190	`PF00010`	HLH	347	384	0.067	13.7
TkA08G081190	`PF22754`	bHLH-TF_ACT-like_plant	443	478	0.092	13.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q58G01`	拟南芥	sp\|Q58G01\|LHWL3_ARATH Transcription factor bHLH155	33.300%	Swiss-Prot	中等置信
`P0C7P8`	拟南芥	sp\|P0C7P8\|LHWL1_ARATH Transcription factor EMB1444	60.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q9XIN0`	拟南芥	sp\|Q9XIN0\|LHW_ARATH Transcription factor LHW	49.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q7XJU0`	拟南芥	sp\|Q7XJU0\|LHWL2_ARATH Transcription factor bHLH157	28.300%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情