TkA08G078270 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G078270

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 20100213-20108087 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4685 bp · TkA08G078270|TK1151|cDNA

TGTACACAAGTTAACTTCTCTCTCTCACACACACAACCAAACACACACACTCTATATAATATCTGGTCCGTCTATCCAGCAAAGCTTTTTCACAAGTTCTCTCTCCCCGCTGTCTCCGTCACTCTCCAACTACTACTACCACCACCGTCTCCCGTCTCTCGTCTCCGGCCAGACACACTCCTTACATTAACCGACAGGCCTCGTGGATCTGATCAGATCCGTGGCTCTCAATCAAGTCCCGGTGAAATGGAGGAGGCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

3366 bp · TkA08G078270|TK1151|CDS

TGTACACAAGTTAACTTCTCTCTCTCACACACACAACCAAACACACACACTCTATATAATATCTGGTCCGTCTATCCAGCAAAGCTTTTTCACAAGTTCTCTCTCCCCGCTGTCTCCGTCACTCTCCAACTACTACTACCACCACCGTCTCCCGTCTCTCGTCTCCGGCCAGACACACTCCTTACATTAACCGACAGGCCTCGTGGATCTGATCAGATCCGTGGCTCTCAATCAAGTCCCGGTGAAATGGAGGAGGCTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1121 aa · TkA08G078270|TK1151|PROTEIN

CTQVNFSLSHTQPNTHTLYNIWSVYPAKLFHKFSLPAVSVTLQLLLPPPSPVSRLRPDTLLTLTDRPRGSDQIRGSQSSPGEMEEALEMARAKDTKERMAGVERLHELLEASRRSLSSSEVTSLVDCCLDLLKDNNFRVSQGGLQALDSAAVLSGEHLKLHFNALVPATVERLGDAKQPVRDAARRLLLTLMQVSSPTLIVERAGSNAWTHKSWRVREEFARTVTSAIGLFASTELPLQRAILPPILQMLYDPNPGVREA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G078270`
TK1151 ID	TkA08G078270
OH-1004 ID	LXL04_000134
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	80.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 4.193 / OH-1004 25.683 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G078270

位置 Chr08:20100213-20108087 (-)

描述 Similar to CLASP: CLIP-associated protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q8RWY6`	皮质微管加端追踪蛋白，参与细胞形态形成和细胞分裂。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000134 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000226 microtubule cytoskeleton organization 生物过程

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0007026 negative regulation of microtubule depolymerization 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0043622 cortical microtubule organization 生物过程

GO:0050821 protein stabilization 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051781 positive regulation of cell division 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005876 spindle microtubule 细胞组分

GO:0005881 cytoplasmic microtubule 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G20190

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.710

排名 1 · TkA08G078270 · TK1151

细胞核0.201

排名 2 · TkA08G078270 · TK1151

高尔基体0.151

排名 3 · TkA08G078270 · TK1151

细胞膜0.119

排名 4 · TkA08G078270 · TK1151

溶酶体／液泡0.080

排名 5 · TkA08G078270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24181TPR_TTI1_C78-195 aa

PF23271HEAT_GCN183-149 aa

PF30821TANGO1_helical83-136 aa

PF10363RTP1_C184-135 aa

PF25574TPR_IMB192-202 aa

PF24173TPR_TTI1_N92-134 aa

PF25782TPR_CAND193-149 aa

PF21041XMAP215_CLASP_TOG94-295 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G078270	`PF24181`	TPR_TTI1_C	78	195	0.017	15.5
TkA08G078270	`PF23271`	HEAT_GCN1	83	149	1.7e-14	55.0
TkA08G078270	`PF30821`	TANGO1_helical	83	136	1.6	9.6
TkA08G078270	`PF10363`	RTP1_C1	84	135	0.035	14.9
TkA08G078270	`PF25574`	TPR_IMB1	92	202	7.9e-05	22.2
TkA08G078270	`PF24173`	TPR_TTI1_N	92	134	0.32	10.6
TkA08G078270	`PF25782`	TPR_CAND1	93	149	5.3e-07	30.8
TkA08G078270	`PF21041`	XMAP215_CLASP_TOG	94	295	2.6e-15	57.5
TkA08G078270	`PF12460`	MMS19_C	94	147	2.8	7.5
TkA08G078270	`PF25757`	TPR_DNAAF5	95	194	7.8e-08	32.6
TkA08G078270	`PF20168`	PDS5	98	200	2.1e-05	23.3
TkA08G078270	`PF25786`	HEAT_GCN1_C	100	197	2.9e-11	44.3
TkA08G078270	`PF21047`	HEAT_Maestro	100	193	6.1e-05	23.7
TkA08G078270	`PF24987`	HEAT_EF3_N	108	186	1.9e-18	67.7
TkA08G078270	`PF24714`	TOR1L1_N	109	191	1.9e-07	31.5
TkA08G078270	`PF01602`	Adaptin_N	121	150	0.00016	21.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RWY6`	拟南芥	sp\|Q8RWY6\|CLASP_ARATH CLIP-associated protein	71.500%	Swiss-Prot	高置信

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