RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G077970
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 19997731-20001466 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2009 bp · TkA08G077970|TK1151|cDNA

CCCCCATACTTCAAAAACCCTAATCCCCTACCTTAAGCCCCTCTGCAACTTCCAAACATCGACCAACACCACAATGGGGAAACAAAGCAAAAAGAGCAAGAACAAGAGAGTCACACTGAAGGCTAAAAACAAGGTGCTAAAGAAGGTAAAGCTACACGTCAAGAAGAAAGCGAAAGCGGCAAAGAAGCTGGGCCTGCACAAAAAACCTAAAGTTAACAAACATGCTGAAGATGATTCACCTTTAAACGAAGAAGAAATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1767 bp · TkA08G077970|TK1151|CDS

ATGGGGAAACAAAGCAAAAAGAGCAAGAACAAGAGAGTCACACTGAAGGCTAAAAACAAGGTGCTAAAGAAGGTAAAGCTACACGTCAAGAAGAAAGCGAAAGCGGCAAAGAAGCTGGGCCTGCACAAAAAACCTAAAGTTAACAAACATGCTGAAGATGATTCACCTTTAAACGAAGAAGAAATCAAGGCTCTTGAGGCCCGTAAAGCTGCCAAATCTCTCAATAAAACCGAGCAAAAAAATCCTGCTGCAACCCAAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

588 aa · TkA08G077970|TK1151|PROTEIN

MGKQSKKSKNKRVTLKAKNKVLKKVKLHVKKKAKAAKKLGLHKKPKVNKHAEDDSPLNEEEIKALEARKAAKSLNKTEQKNPAATQERVIKRKFAQLDEDDDDITNQPEVRDEFTVPSKIRDNSERTFYKELAKVIEASDVILEVLDARDPLGTRAADMEKMVMRAGPEKHLVLLLNKIDLVPREAAEKWLKYLREELPAVAFKCSTQEQRSNLGWKSSKNAKKTSNILQTSDCLGAETLIKLLKNYSRSHEIKRSITVG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G077970
TK1151 IDTkA08G077970
OH-1004 IDLXL04_000854
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)68.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 80.612 / OH-1004 82.143
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G077970
位置Chr08:19997731-20001466 (+)
描述Similar to NSN1: Guanine nucleotide-binding protein-like NSN1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g07050 参与表皮细胞的分化，可能通过调控分生组织相关基因（如 CLV3、STM、KNAT1、CUC2 和 AG）以及叶片极性相关基因（如 YAB5、FIL、AS2、PHB 和 PHV）的表达。
Nucleostemin-like 1 is required for embryogenesis and leaf development in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1007/s11103-011-9840-7
A nucleostemin-like GTPase required for normal apical and floral meristem development in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1091/mbc.e11-09-0797
The nucleolar GTPase nucleostemin-like 1 plays a role in plant growth and senescence by modulating ribosome biogenesis.2015 · DOI: 10.1093/jxb/erv337

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000854 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007281 germ cell development 生物过程
GO:0010077 maintenance of inflorescence meristem identity 生物过程
GO:0031334 positive regulation of protein-containing complex assembly 生物过程
GO:0031397 negative regulation of protein ubiquitination 生物过程
GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程
GO:0032211 negative regulation of telomere maintenance via telomerase 生物过程
GO:0033234 negative regulation of protein sumoylation 生物过程
GO:0040014 regulation of multicellular organism growth 生物过程
GO:0042127 regulation of cell population proliferation 生物过程
GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程
GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis 生物过程
GO:0042659 regulation of cell fate specification 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G07050
cel:CELE_K01C8.9
ddi:DDB_G0287147
dme:Dmel_CG3983
hsa:54552
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.904
排名 1 · TkA08G077970 · TK1151
细胞质0.137
排名 2 · TkA08G077970 · TK1151
线粒体0.025
排名 3 · TkA08G077970 · TK1151
细胞膜0.023
排名 4 · TkA08G077970 · TK1151
内质网0.011
排名 5 · TkA08G077970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19993DO-GTPase237-72 aa
PF13238AAA_18104-170 aa
PF00350Dynamin_N121-168 aa
PF01926MMR_HSR1124-178 aa
PF00009GTP_EFTU127-226 aa
PF02492cobW136-194 aa
PF02421FeoB_N137-209 aa
PF00025Arf145-186 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G077970PF19993DO-GTPase237720.03714.4
TkA08G077970PF13238AAA_181041700.2512.6
TkA08G077970PF00350Dynamin_N1211686.3e-0523.8
TkA08G077970PF01926MMR_HSR11241787.3e-1968.7
TkA08G077970PF00009GTP_EFTU1272260.0008319.7
TkA08G077970PF02492cobW1361940.08413.2
TkA08G077970PF02421FeoB_N1372098.9e-1142.3
TkA08G077970PF00025Arf1451860.02314.9
TkA08G077970PF19993DO-GTPase21482200.03714.4
TkA08G077970PF13191AAA_161531850.02615.8
TkA08G077970PF03193RsgA_GTPase1702461.8e-0525.4
TkA08G077970PF13191AAA_162382870.02615.8
TkA08G077970PF00025Arf2503040.02314.9
TkA08G077970PF03193RsgA_GTPase2513121.8e-0525.4
TkA08G077970PF00009GTP_EFTU2542780.0008319.7
TkA08G077970PF01926MMR_HSR12583307.3e-1968.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M8Z5拟南芥sp|Q9M8Z5|NSN1_ARATH Guanine nucleotide-binding protein-like NSN163.500%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看