TkA08G059280 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G059280

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 15190027-15192723 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2255 bp · TkA08G059280|TK1151|cDNA

GAAAATGAGAAGAAGCTATGCAGGTCGTGGTATGGTACGTCATATAGTTTACTACCGTTCTTCGTGCTCTTCTATCGGTAAAGTTGCAGCATGTTCGTCTTCGAATTCAGCGACGTCATTACGACTGCGGCCGTCCAATCGAAATAGTTTCTCCTCATCATCAGATGCATCCGTGAAAGGAACCTTAGCCGGAATTCAACAGAGAAACTTAGAGGGCAAATTCTCCTCAACAACAAAACCCCAAATTGAGGATAATCGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2025 bp · TkA08G059280|TK1151|CDS

ATGAGAAGAAGCTATGCAGGTCGTGGTATGGTACGTCATATAGTTTACTACCGTTCTTCGTGCTCTTCTATCGGTAAAGTTGCAGCATGTTCGTCTTCGAATTCAGCGACGTCATTACGACTGCGGCCGTCCAATCGAAATAGTTTCTCCTCATCATCAGATGCATCCGTGAAAGGAACCTTAGCCGGAATTCAACAGAGAAACTTAGAGGGCAAATTCTCCTCAACAACAAAACCCCAAATTGAGGATAATCGGTGGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

674 aa · TkA08G059280|TK1151|PROTEIN

MRRSYAGRGMVRHIVYYRSSCSSIGKVAACSSSNSATSLRLRPSNRNSFSSSSDASVKGTLAGIQQRNLEGKFSSTTKPQIEDNRWLGLIRLDNQPNFTSNDQPHDEFSTDVEKIYRILRKFHSRIPKLELALQESGVTVRSGLTERVLNRCGDAGNLGYSFFVWASKQPGYSHNHDIYKSMIKSLGKMRQFGAVWALLEEMRRENPHLITPQVFIVLIRRFASSRMVKKAIQVLDEMPKYKCEPDEYVFGCLLDALCKN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G059280`
TK1151 ID	TkA08G059280
OH-1004 ID	LXL04_030286
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	35.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 29.525 / OH-1004 17.736 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G059280

位置 Chr08:15190027-15192723 (+)

描述 Similar to At1g77360: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g77360, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g65820`	假定含有五十二肽重复序列的蛋白 At5g65820。	暂无已核实直接文献
`At3g49730`	含五重复肽的蛋白质 At3g49730。	暂无已核实直接文献
`At5g11310`	含五十二肽重复序列的蛋白 At5g11310，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At3g61360`	含五十二肽重复序列蛋白 At3g61360。	暂无已核实直接文献
`At2g13420`	含五聚肽重复结构的蛋白 At2g13420，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030286 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G11050

ath:AT1G52640

ath:AT1G71060

ath:AT1G77360

ath:AT2G48010

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.707

排名 1 · TkA08G059280 · TK1151

质体0.167

排名 2 · TkA08G059280 · TK1151

细胞核0.077

排名 3 · TkA08G059280 · TK1151

细胞质0.028

排名 4 · TkA08G059280 · TK1151

细胞膜0.012

排名 5 · TkA08G059280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070MSC6_N76-128 aa

PF11035SNAPC276-138 aa

PF17177PPR_long113-126 aa

PF17177PPR_long169-268 aa

PF25058ARM_TT21171-240 aa

PF12921ATP13172-238 aa

PF12854PPR_1176-202 aa

PF29070MSC6_N176-331 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G059280	`PF29070`	MSC6_N	76	128	2e-15	57.5
TkA08G059280	`PF11035`	SNAPC2	76	138	0.34	11.7
TkA08G059280	`PF17177`	PPR_long	113	126	1e-20	74.8
TkA08G059280	`PF17177`	PPR_long	169	268	1e-20	74.8
TkA08G059280	`PF25058`	ARM_TT21	171	240	3.5e-05	24.5
TkA08G059280	`PF12921`	ATP13	172	238	0.00042	20.9
TkA08G059280	`PF12854`	PPR_1	176	202	5.4e-59	196.3
TkA08G059280	`PF29070`	MSC6_N	176	331	2e-15	57.5
TkA08G059280	`PF24760`	TPR_IF140_C	176	203	1.2e-08	36.2
TkA08G059280	`PF29834`	SOV1_C	176	204	0.0032	17.3
TkA08G059280	`PF13041`	PPR_2	178	206	1.4e-77	256.4
TkA08G059280	`PF01535`	PPR	178	206	1e-62	204.8
TkA08G059280	`PF13428`	TPR_14	180	208	0.00086	20.5
TkA08G059280	`PF23276`	TPR_24	183	235	5.4e-30	104.7
TkA08G059280	`PF29978`	ATP18_TPR	190	207	0.084	13.5
TkA08G059280	`PF24760`	TPR_IF140_C	213	238	1.2e-08	36.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FH87`	拟南芥	sp\|Q9FH87\|PP447_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g65820	75.700%	Swiss-Prot	高置信
`P0C8A0`	拟南芥	sp\|P0C8A0\|PP275_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49730	66.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LFM6`	拟南芥	sp\|Q9LFM6\|PP375_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g11310, mitochondrial	33.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q9M2C8`	拟南芥	sp\|Q9M2C8\|PP291_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g61360	28.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q0WP85`	拟南芥	sp\|Q0WP85\|PP150_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g13420, mitochondrial	31.800%	Swiss-Prot	低置信

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