TkA08G058880 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G058880

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 15066670-15068444 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1375 bp · TkA08G058880|TK1151|cDNA

TGGAAATTGATTTTGGGTTCTATAAACTGCCCAATTTTCATTTCAACGTTCGCCATTTTCGCCTCTCCCAAAGCTCTCTTTCTTTCTTTCTTTCAGTTCATCAACGGCGTCTGCAAAAGTAGAGGGTCACCTCCATTGCTGTTTCATCTGAGCACCTTCAACATCTCTTACCCCTAATTCACCAGTTATCAGTTAAATCTATTAAAAATGCCGGAAGCAAGAGATCGATTAGCGAGGCCAAACAGCGGAGTTGCAGAGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

804 bp · TkA08G058880|TK1151|CDS

ATGCCGGAAGCAAGAGATCGATTAGCGAGGCCAAACAGCGGAGTTGCAGAGATATATCGACTTCGTCGTTCCTCGGTCGATAGCATAGGGATTCTTCCTGATGACGGTGATAGCGAAATTAGTGTTAATCGGACTCCATTCAGGTGGGGTGCGACGCCGTTGACTGGTGATACTTCAGGTCAACCAATGGCTGTGGCTCCTTCTACTCGAACGATTGCCGGTGCCACCTCTAGTGTAGGTGGTGCTGGAAGGGGACTTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

267 aa · TkA08G058880|TK1151|PROTEIN

MPEARDRLARPNSGVAEIYRLRRSSVDSIGILPDDGDSEISVNRTPFRWGATPLTGDTSGQPMAVAPSTRTIAGATSSVGGAGRGLFGTPRTVYRRGGRSQNTPPSGSTVRRARGRSGSQSVLPSWYPRTPLGDITHVVRAIERRRAHLVGGEGQVLGSPTPIRIGHPHTVHDPSPSGAHLEHELSLVTPNPKLASKTFRPPPLKIFADVPNQVDGESDFMTPQKKLLNSIDIVEKVVMEELHRLKRTPTAKKAEREKRV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G058880`
TK1151 ID	TkA08G058880
OH-1004 ID	LXL04_018407
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G058880

位置 Chr08:15066670-15068444 (-)

描述 Similar to PYM: Protein POLYCHOME

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g42260`	有丝分裂后期促进复合物/周期蛋白体 (APC/C) 泛素连接酶的负调控因子，需要其正常进行有丝分裂进程和细胞命运决定；抑制早期细胞分化。	A mutation in the uvi4 gene promotes progression of endo-reduplication and confers increased tolerance towards ultraviolet B light.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02696.x GIGAS CELL1, a novel negative regulator of the anaphase-promoting complex/cyclosome, is required for proper mitotic progression and cell fate determination in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.092049 Arabidopsis ULTRAVIOLET-B-INSENSITIVE4 maintains cell division activity by temporal inhibition of the anaphase-promoting complex/cyclosome.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.091793 Roles of GIG1 and UVI4 in genome duplication in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.4161/psb.21133 Perturbation of cell cycle regulation triggers plant immune response via activation of disease resistance genes.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1217024110
`At3g57860`	后期促进复合物/环体泛素连接酶的负调节因子，是正确有丝分裂和减数分裂进程以及细胞命运决定所需的。	GIGAS CELL1, a novel negative regulator of the anaphase-promoting complex/cyclosome, is required for proper mitotic progression and cell fate determination in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.092049 OSD1 promotes meiotic progression via APC/C inhibition and forms a regulatory network with TDM and CYCA1;2/TAM.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002865 Roles of GIG1 and UVI4 in genome duplication in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.4161/psb.21133 Perturbation of cell cycle regulation triggers plant immune response via activation of disease resistance genes.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1217024110 PATRONUS1 is expressed in meiotic prophase I to regulate centromeric cohesion in Arabidopsis and shows synthetic lethality with OSD1.2015 · DOI: 10.1186/s12870-015-0558-6

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018407 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007088 regulation of mitotic nuclear division 生物过程

GO:0007113 endomitotic cell cycle 生物过程

GO:0007127 meiosis I 生物过程

GO:0007135 meiosis II 生物过程

GO:0009561 megagametogenesis 生物过程

GO:0009960 endosperm development 生物过程

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0040020 regulation of meiotic nuclear division 生物过程

GO:0042023 DNA endoreduplication 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G42260

ath:AT3G57860

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.905

排名 1 · TkA08G058880 · TK1151

细胞质0.231

排名 2 · TkA08G058880 · TK1151

线粒体0.017

排名 3 · TkA08G058880 · TK1151

细胞膜0.015

排名 4 · TkA08G058880 · TK1151

内质网0.008

排名 5 · TkA08G058880 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O48533`	拟南芥	sp\|O48533\|PYM_ARATH Protein POLYCHOME	45.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M2R1`	拟南芥	sp\|Q9M2R1\|GIG1_ARATH Protein GIGAS CELL1	43.000%	Swiss-Prot	中等置信

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