TkA08G047820 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G047820

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 12147927-12149722 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1246 bp · TkA08G047820|TK1151|cDNA

TCTCAAAGGGCATTTCCGACATTTCCTTTTCAAGACGCACCCCCAATTCCTGGCCACAAAAAGATCTCCAACTTGCCGTTCACAAGTCACAACCTCATGATACTTTCGCTTCTCACCGTATCAACGCCACACGCACACGCTACTATTCCGCCGGAGAGAACTGTCGTCAGACATTAATTCAACTTCATGGCCGCCGGAACGAGCGCCAACGTGCCGACGCCTCACTTAATTGGCTCCACTGCCGTCGAGCTTTCCAGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

918 bp · TkA08G047820|TK1151|CDS

ATGGCCGCCGGAACGAGCGCCAACGTGCCGACGCCTCACTTAATTGGCTCCACTGCCGTCGAGCTTTCCAGAAACAACCGTACCTTAGCGCCATCGCAACTGGTTCGTATTTCCTGTAAGAACAGCAGCAACAATGGACTTTCGATTCGAAGCAGCCACGACCGTCAATCTTCATCCAAAGGCTTACTCGAAGGACCTTCGTGCTTATTCGTTGGTCCGATCGAAAGCGCCAGCCAGGAAACCCTAGAAGCTCTCTATCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

305 aa · TkA08G047820|TK1151|PROTEIN

MAAGTSANVPTPHLIGSTAVELSRNNRTLAPSQLVRISCKNSSNNGLSIRSSHDRQSSSKGLLEGPSCLFVGPIESASQETLEALYRQARDAYYSGKPLILDDMFDRVELKLRWYGSKYVVKYPRCSLRQQSTYADAEEDPAQVFALASVWLLFLGFGSSACLVPVVYTVGQAFKDAINSGLSTSNQAPFLELLAMTNGMLVMLLGSMIGYPVASAAVGALKGLWKNDLVAIKGACPNCGEEVFSFVKSNQFSNSPHKAE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G047820`
TK1151 ID	TkA08G047820
OH-1004 ID	LXL04_017823
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G047820`
位置	Chr08:12147927-12149722 (+)
描述	Similar to PGRL1B: PGR5-like protein 1B, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_017823` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0009773 photosynthetic electron transport in photosystem I 生物过程 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分 GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分 GO:0009579 thylakoid 细胞组分 GO:0016730 oxidoreductase activity, acting on iron-sulfur proteins as donors 分子功能 GO:0019904 protein domain specific binding 分子功能 GO:0042802 identical protein binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT4G11960 ath:AT4G22890 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.966

排名 1 · TkA08G047820 · TK1151

细胞核0.037

排名 2 · TkA08G047820 · TK1151

线粒体0.030

排名 3 · TkA08G047820 · TK1151

细胞质0.022

排名 4 · TkA08G047820 · TK1151

细胞膜0.016

排名 5 · TkA08G047820 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18930DUF567921-29 aa

PF30905PGRL1_N82-121 aa

PF12760Zn_ribbon_IS1595113-136 aa

PF10601zf-LITAF-like126-176 aa

PF30904PGRL1_C162-175 aa

PF30904PGRL1_C205-273 aa

PF20120DUF6510215-267 aa

PF12760Zn_ribbon_IS1595225-264 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G047820	`PF18930`	DUF5679	21	29	0.18	12.7
TkA08G047820	`PF30905`	PGRL1_N	82	121	0.00054	21.0
TkA08G047820	`PF12760`	Zn_ribbon_IS1595	113	136	0.095	13.4
TkA08G047820	`PF10601`	zf-LITAF-like	126	176	0.046	14.6
TkA08G047820	`PF30904`	PGRL1_C	162	175	6.4e-05	23.8
TkA08G047820	`PF30904`	PGRL1_C	205	273	6.4e-05	23.8
TkA08G047820	`PF20120`	DUF6510	215	267	0.19	12.4
TkA08G047820	`PF12760`	Zn_ribbon_IS1595	225	264	0.095	13.4
TkA08G047820	`PF21202`	SLX1_C	226	243	0.23	12.5
TkA08G047820	`PF09845`	OapC	229	259	0.046	14.7
TkA08G047820	`PF18930`	DUF5679	230	246	0.18	12.7
TkA08G047820	`PF25207`	DUF7837	234	245	3.9	8.2
TkA08G047820	`PF14255`	Zn_ribbon_21	236	275	0.014	16.0
TkA08G047820	`PF10601`	zf-LITAF-like	236	249	0.046	14.6
TkA08G047820	`PF21202`	SLX1_C	246	269	0.23	12.5
TkA08G047820	`PF10601`	zf-LITAF-like	256	268	0.046	14.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情