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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G045240
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 11541371-11548159 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

711 bp · TkA08G045240|TK1151|cDNA

ATGATCGGGGTGTGCCGATGGTGTTGCCGAGCTGGTCCGGTCAGTGATCGAGGAATGCCGATGGTGTCCGGGAGGTTGCCGATGGAATTGGTTCAGGCATTTTATCGAACACCTGGTGTGCGGGTTGGGGTAGCTGAGATGAAAGTTGTGATTGAAAGGACAGGTGGACTTGTTGTTTTAGCTGAAAGTTTTGGTCGTTCGGTTTTCAAAGACTCATTTAGGCGTGTCTTTAAGAAGGGTGAAGAATCTCTTGGTCTCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

711 bp · TkA08G045240|TK1151|CDS

ATGATCGGGGTGTGCCGATGGTGTTGCCGAGCTGGTCCGGTCAGTGATCGAGGAATGCCGATGGTGTCCGGGAGGTTGCCGATGGAATTGGTTCAGGCATTTTATCGAACACCTGGTGTGCGGGTTGGGGTAGCTGAGATGAAAGTTGTGATTGAAAGGACAGGTGGACTTGTTGTTTTAGCTGAAAGTTTTGGTCGTTCGGTTTTCAAAGACTCATTTAGGCGTGTCTTTAAGAAGGGTGAAGAATCTCTTGGTCTCTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

236 aa · TkA08G045240|TK1151|PROTEIN

MIGVCRWCCRAGPVSDRGMPMVSGRLPMELVQAFYRTPGVRVGVAEMKVVIERTGGLVVLAESFGRSVFKDSFRRVFKKGEESLGLSHNGTLEINCREHNDWTGEHKDDMFLGNIKMHVDYCMHRVNLLRHFGIKLILVFDGGQGRKILHVLLSMKNLETHQQLMNVIKKTIDISPTIAYELIQVLKQENISYVVAPYEADAKMTFLALRKHVDAVITDDSNLIPFGCPRVSSKFL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G045240
TK1151 IDTkA08G045240
OH-1004 IDLXL04_017852
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 81.780 / OH-1004 75.097
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G045240
位置Chr08:11541371-11548159 (-)
描述Similar to EXO1: Exonuclease 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g29630 推测的5'->3'双链DNA外切酶，也可能含有隐性3'->5'双链DNA外切酶活性。 暂无已核实直接文献
At1g05520 Coat蛋白复合物II (COPII) 的组成部分，促进从内质网（ER）形成运输囊泡（通过相似性推测）。 暂无已核实直接文献
At4g14160 被囊膜蛋白复合物II（COPII）所使用的组分，促进从内质网（ER）形成运输囊泡。 暂无已核实直接文献
At3g23660 被囊膜蛋白复合物II（COPII）所使用的组分，促进从内质网（ER）形成运输囊泡。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0777300 推测的5'->3'双链DNA外切酶，也可能含有隐性3'->5'双链DNA外切酶活性。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017852 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0090110 COPII-coated vesicle cargo loading 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0030127 COPII vesicle coat 细胞组分
GO:0070971 endoplasmic reticulum exit site 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0005096 GTPase activator activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G05520
ath:AT1G29630
ath:AT3G23660
ath:AT4G14160
dosa:Os01g0777300
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.322
排名 1 · TkA08G045240 · TK1151
细胞核0.220
排名 2 · TkA08G045240 · TK1151
线粒体0.210
排名 3 · TkA08G045240 · TK1151
过氧化物酶体0.119
排名 4 · TkA08G045240 · TK1151
质体0.082
排名 5 · TkA08G045240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04811Sec23_trunk41-77 aa
PF00752XPG_N113-144 aa
PF26257DUF8061155-195 aa
PF12813XPG_I_2185-225 aa
PF00867XPG_I190-235 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G045240PF04811Sec23_trunk41770.0003221.1
TkA08G045240PF00752XPG_N1131440.003218.6
TkA08G045240PF26257DUF80611551950.1813.0
TkA08G045240PF12813XPG_I_21852250.008716.3
TkA08G045240PF00867XPG_I1902351.2e-1248.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8L6Z7拟南芥sp|Q8L6Z7|EXO1_ARATH Exonuclease 151.800%Swiss-Prot中等置信
Q8H0S3拟南芥sp|Q8H0S3|SC23B_ARATH Protein transport protein SEC23 B78.600%Swiss-Prot低置信
Q8VXX0拟南芥sp|Q8VXX0|SC23F_ARATH Protein transport protein SEC23 F76.800%Swiss-Prot低置信
Q9LUG1拟南芥sp|Q9LUG1|SC23E_ARATH Protein transport protein SEC23 E72.400%Swiss-Prot低置信
Q60GC1水稻sp|Q60GC1|EXO1_ORYSJ Exonuclease 153.400%Swiss-Prot低置信

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