TkA08G041650 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G041650

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 10603106-10610350 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5796 bp · TkA08G041650|TK1151|cDNA

AACGATACCTTATCCCAATTTAATTATTTTTGGGCAGTTCTTGTAGTTGGTCAAATGTCGTTTGTGACGAAAATAAGTGTCACGTGAAACGCACCGTCCAATTTTCGTCTATCGACAAACTTCTTTTCTATTCCCTTCATCTTTCTCCTTCTTCCTCTTCTTCTTTCTTCTTCTTTCCTCCCTTCTCATCGCGAGCTCAGAATCGTAAGCGACATAATTCCGTAGCAACATCCAATCGTATCAATCGGTGACAACATAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1098 bp · TkA08G041650|TK1151|CDS

ATGATTCCATGCTGTCAGCATAGTTTCTGTGAAAAATGCATCTGTGATGTACTTCCACTGAAGTCAAAGTGCCCTAAATGTTCTTCTACCAAGTACAGGGTAGAACACTTGCTACCAAATTTATCCCTTAGGCATGCCATTGAGCATTTTCTTGAATCCCAACTTCTCGCCACTGCTCCAGAAGTTGATCTGCAGAAATACGTTCCAGATGGAGAATCTGGTATTCAGGGGAAAGAGGTTTCAACTAAAAGGAAATTGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

365 aa · TkA08G041650|TK1151|PROTEIN

MIPCCQHSFCEKCICDVLPLKSKCPKCSSTKYRVEHLLPNLSLRHAIEHFLESQLLATAPEVDLQKYVPDGESGIQGKEVSTKRKLNLLYSTEKGPNQNMAESVYESLNKKKVLMEGTGYHTGKSSAIDLLKNEDLTPCVDSEGENQPIIPQVMPNEGGDRGYAVNNRTKTCYMCGSPTHFIRDCPMASNENHMYHTGNQMFQGGMSGYPLPYWNTPVYPPVNPYMNMYGNPYSPSIIPVSPYGVPPYMASTYGNFPVHS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G041650`
TK1151 ID	TkA08G041650
OH-1004 ID	LXL04_017903
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 57.753 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G041650`
位置	Chr08:10603106-10610350 (+)
描述	Similar to At5g47430: E3 ubiquitin ligase PQT3-like
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_017903` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006260 DNA replication 生物过程 GO:0006275 regulation of DNA replication 生物过程 GO:0006397 mRNA processing 生物过程 GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程 GO:0009414 response to water deprivation 生物过程 GO:0009651 response to salt stress 生物过程 GO:0010555 response to mannitol 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0032436 positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT4G17410 ath:AT5G47430 hsa:5930 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.964

排名 1 · TkA08G041650 · TK1151

细胞质0.115

排名 2 · TkA08G041650 · TK1151

细胞膜0.022

排名 3 · TkA08G041650 · TK1151

内质网0.011

排名 4 · TkA08G041650 · TK1151

线粒体0.008

排名 5 · TkA08G041650 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14634zf-RING_52-28 aa

PF13923zf-C3HC4_24-27 aa

PF16685zf-RING_104-32 aa

PF13639zf-RING_24-27 aa

PF18551TackOD18-38 aa

PF00098zf-CCHC23-27 aa

PF13923zf-C3HC4_2129-139 aa

PF18551TackOD1166-193 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G041650	`PF14634`	zf-RING_5	2	28	0.59	10.9
TkA08G041650	`PF13923`	zf-C3HC4_2	4	27	0.0038	17.7
TkA08G041650	`PF16685`	zf-RING_10	4	32	0.088	13.7
TkA08G041650	`PF13639`	zf-RING_2	4	27	3.6	8.6
TkA08G041650	`PF18551`	TackOD1	8	38	0.74	10.1
TkA08G041650	`PF00098`	zf-CCHC	23	27	0.0018	19.0
TkA08G041650	`PF13923`	zf-C3HC4_2	129	139	0.0038	17.7
TkA08G041650	`PF18551`	TackOD1	166	193	0.74	10.1
TkA08G041650	`PF13639`	zf-RING_2	168	185	3.6	8.6
TkA08G041650	`PF14634`	zf-RING_5	169	176	0.59	10.9
TkA08G041650	`PF00098`	zf-CCHC	170	186	0.0018	19.0
TkA08G041650	`PF13923`	zf-C3HC4_2	171	186	0.0038	17.7
TkA08G041650	`PF13696`	zf-CCHC_2	172	187	0.0012	19.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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