TkA08G041530 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G041530

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 10575766-10581886 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3665 bp · TkA08G041530|TK1151|cDNA

ATATAACCGAGGATAATATAGATTTTCGGACAATATAAACGTAAATAAATATTCGGGAGTATTCGCTTTTGGATTCCATCAGTCTCCTCAGCAACATACCCGAAATCAACGTAGAAAGTAACGAAGTTCTCACTTTCTCTCGCACAGAGAAAGCGAGGGATTCAACCTTTTCATTTCTATTTCTGGCCGCCCGCCGATCGACCGTCAACGACGACGAGGAAGATCCGATCCGCTCCGATCTGATCTCAGCTGGAATTTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2889 bp · TkA08G041530|TK1151|CDS

ATGAAGATTTGGTGTTGTTTATGCTTCGGCGAAGAAGAAGAAGAATATAAGAACAAAAGTGCGACGATGGGGGAGAGGGAGGGCATTTTGGGAAATCTTGATTTTGATGATTGTAAGTATGAAGAAATAGGAAGCGATGAGGAATTAGGGTCTGGTAAACAAGATGATGGAGGGGAATTTCGATTGCAGCCTGGGGAGGGCACTTCTAAAAGCAGTGGTGAAGGTAGTACCTTGGAGGTGAATTTGAATTTGAGTTTGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

962 aa · TkA08G041530|TK1151|PROTEIN

MKIWCCLCFGEEEEEYKNKSATMGEREGILGNLDFDDCKYEEIGSDEELGSGKQDDGGEFRLQPGEGTSKSSGEGSTLEVNLNLSLGGESSSSSAVAVLERDGLDRDSHSKRPKVHSLALDCDSFLLSMPFQENMTDNEYERMHNTSSHYLCSASEEDASPLMSNIWRMEEDENVQPEIDDREIRMDLTDDLLHMVFSFLGHIDLCRAAEVCRQWRIASAHEDFWRILNFENRNISPLQFEDMCRRYPNATQVNINGSPA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G041530`
TK1151 ID	TkA08G041530
OH-1004 ID	LXL04_017904
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G041530

位置 Chr08:10575766-10581886 (-)

描述 Similar to FBL15: F-box/LRR-repeat protein 15

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g33210`	F-box/LRR重复蛋白 15。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017904 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009266 response to temperature stimulus 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:1905393 plant organ formation 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0019005 SCF ubiquitin ligase complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G33210

mmu:72194

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.862

排名 1 · TkA08G041530 · TK1151

细胞质0.182

排名 2 · TkA08G041530 · TK1151

细胞膜0.041

排名 3 · TkA08G041530 · TK1151

内质网0.025

排名 4 · TkA08G041530 · TK1151

线粒体0.022

排名 5 · TkA08G041530 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box187-226 aa

PF12937F-box-like190-229 aa

PF23952LRR_EndoS237-276 aa

PF29594LRR_SKP2240-335 aa

PF13855LRR_8250-303 aa

PF24758LRR_At5g56370265-351 aa

PF12799LRR_4269-285 aa

PF23622LRR_At1g61320_AtMIF1269-397 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G041530	`PF00646`	F-box	187	226	2.5e-08	34.2
TkA08G041530	`PF12937`	F-box-like	190	229	3.6e-09	36.9
TkA08G041530	`PF23952`	LRR_EndoS	237	276	7.5e-06	26.9
TkA08G041530	`PF29594`	LRR_SKP2	240	335	1.3e-10	41.7
TkA08G041530	`PF13855`	LRR_8	250	303	6.3e-06	26.6
TkA08G041530	`PF24758`	LRR_At5g56370	265	351	3.4e-14	53.8
TkA08G041530	`PF12799`	LRR_4	269	285	3.6e-16	59.5
TkA08G041530	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	269	397	0.00034	20.8
TkA08G041530	`PF13516`	LRR_6	296	306	0.0015	19.1
TkA08G041530	`PF12799`	LRR_4	310	329	3.6e-16	59.5
TkA08G041530	`PF13855`	LRR_8	340	353	6.3e-06	26.6
TkA08G041530	`PF29594`	LRR_SKP2	347	432	1.3e-10	41.7
TkA08G041530	`PF24758`	LRR_At5g56370	351	439	3.4e-14	53.8
TkA08G041530	`PF23952`	LRR_EndoS	357	396	7.5e-06	26.9
TkA08G041530	`PF12799`	LRR_4	358	371	3.6e-16	59.5
TkA08G041530	`PF25372`	LRR_FBXL15	359	431	7.7e-07	28.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SMY8`	拟南芥	sp\|Q9SMY8\|FBL15_ARATH F-box/LRR-repeat protein 15	64.800%	Swiss-Prot	高置信

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