TkA08G035960 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G035960

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 9172257-9173965 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1498 bp · TkA08G035960|TK1151|cDNA

ACACAAAGTCAATAATCTTTCTCTTTCAATCAAGACTATAATTTTTAAATTTCCCACACAATCCCTCTCATTGAATTCACACCCAAGATCGGGTGTGTTCAATCACGGAATTTGGTGTACTATAACTAGATATTATATATAGATACGTACAGAATATCTATATATCTATAGGTTGAAAGAGATAAAGATTGGAAATTCATAAACAAAAAAAAAATATTACTATATATAAAAAGATGATGACGACGATGATGATGAAGGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1098 bp · TkA08G035960|TK1151|CDS

ATGATGACGACGATGATGATGAAGGTTGATTATTCAAAGTCCAGAAGAAAACATTTTGGAAACCCCCATATAAGGCTTCCTTCTTCTTCTTCCTCTTCATCTTCATCATCCTCCCAAAACACCATTATGGTTGCGGAATCAACGGATATGCAGGAGGTTGTGGATTTGAGTGCCATGTCTTTAGACATCCTCCCTATCAGTCCCTCTTTTAATTTAGCCACCATTCGTGTCTTAGATATCTCCAACAATAATCTCCAGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

365 aa · TkA08G035960|TK1151|PROTEIN

MMTTMMMKVDYSKSRRKHFGNPHIRLPSSSSSSSSSSSQNTIMVAESTDMQEVVDLSAMSLDILPISPSFNLATIRVLDISNNNLQVIPESLAARLLNMVVLDVHSNQLKTLPNSIGCMSKLKSLNVSGNHLQSLPKTIENCRALEDLNANFNQLTTLPDTIGFELINLKKLSVNSNKLIFLPTSTGHLTNLRHLDVRLNRLRSLPDDLESLTNLEILNVSQNFQYLEILPYSVGLLISLVELDVSYNKITALPESVGCL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G035960`
TK1151 ID	TkA08G035960
OH-1004 ID	LXL04_017973
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G035960

位置 Chr08:9172257-9173965 (-)

描述 Similar to PIRL6: Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g19330`	富含亮氨酸的重复蛋白，可能在信号转导的背景下介导蛋白质相互作用。	暂无已核实直接文献
`At4g29880`	富含亮氨酸的重复蛋白，可能在信号转导的背景下介导蛋白质相互作用。	暂无已核实直接文献
`At4g26050`	富含亮氨酸的重复蛋白，可能在信号转导的背景下介导蛋白质相互作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0605300`	富含亮氨酸的重复蛋白，可能在信号转导的背景下介导蛋白质相互作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017973 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0055046 microgametogenesis 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G19330

ath:AT3G11330

ath:AT4G26050

ath:AT4G29880

dosa:Os04g0605300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.399

排名 1 · TkA08G035960 · TK1151

细胞核0.323

排名 2 · TkA08G035960 · TK1151

细胞质0.317

排名 3 · TkA08G035960 · TK1151

质体0.049

排名 4 · TkA08G035960 · TK1151

内质网0.042

排名 5 · TkA08G035960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30675FAM1339-39 aa

PF23952LRR_EndoS38-83 aa

PF23598LRR_1443-173 aa

PF00560LRR_153-65 aa

PF23211LRR_LRWD154-86 aa

PF13516LRR_673-86 aa

PF13855LRR_875-132 aa

PF12799LRR_475-113 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G035960	`PF30675`	FAM133	9	39	0.57	11.2
TkA08G035960	`PF23952`	LRR_EndoS	38	83	0.015	16.2
TkA08G035960	`PF23598`	LRR_14	43	173	1.9e-19	70.4
TkA08G035960	`PF00560`	LRR_1	53	65	3.5e-17	59.5
TkA08G035960	`PF23211`	LRR_LRWD1	54	86	0.00017	22.0
TkA08G035960	`PF13516`	LRR_6	73	86	0.0025	18.4
TkA08G035960	`PF13855`	LRR_8	75	132	4.6e-26	91.1
TkA08G035960	`PF12799`	LRR_4	75	113	4.2e-24	84.7
TkA08G035960	`PF00560`	LRR_1	75	93	3.5e-17	59.5
TkA08G035960	`PF23286`	LRR_13	82	121	0.0024	18.3
TkA08G035960	`PF24048`	LRR_NXF1-5	83	155	0.086	13.2
TkA08G035960	`PF23211`	LRR_LRWD1	97	177	0.00017	22.0
TkA08G035960	`PF00560`	LRR_1	99	119	3.5e-17	59.5
TkA08G035960	`PF13516`	LRR_6	99	109	0.0025	18.4
TkA08G035960	`PF23286`	LRR_13	116	171	0.0024	18.3
TkA08G035960	`PF23952`	LRR_EndoS	118	148	0.015	16.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O64566`	拟南芥	sp\|O64566\|PIRL6_ARATH Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 6	57.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q5G5D8`	拟南芥	sp\|Q5G5D8\|PIRL7_ARATH Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 7	58.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q8RWE5`	拟南芥	sp\|Q8RWE5\|PIRL8_ARATH Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 8	69.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7XNY1`	水稻	sp\|Q7XNY1\|PIRL1_ORYSJ Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 1	60.200%	Swiss-Prot	低置信

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